Fiche TD avec le logiciel tdr79

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• fiche - matière potentielle : td avec le logiciel

Fiche TD avec le logiciel : tdr79 ————— Les exemples des fonctions graphiques de haut niveau J.R. Lobry ————— Table des matieres 1 Introduction 2 2 MASS 7.2-27 3 2.1 boxcox : Box-Cox Transformations for Linear Models . . . . . . 3 2.2 eqscplot : Plots with Geometrically Equal Scales . . . . . . . . 3 2.3 hist.scott : Plot a Histogram with Automatic Bin Width Selec- tion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2.4 ldahist : Histograms or Density Plots of Multiple Groups . . . . 3 2.5 logtrans : Estimate log Transformation Parameter . . . . . . . . 3 2.6 pairs.lda : Produce Pairwise Scatterplots from an 'lda' Fit . . . 4 2.7 parcoord : Parallel Coordinates Plot . . . . . . . . . . . . . . . 4 2.8 plot.lda : Plot Method for Class 'lda' . . . . . . . . . . . . . . . 4 2.9 plot.mca : Plot Method for Objects of Class 'mca' . . . . . . . . 4 2.10 truehist : Plot a Histogram . . . . . . . . . . . .

• divisive hierarchical


• hierarchical clustering


• common bivariate


• scatter plot


• monothetic divisive


• bivariate cluster


• plots


• cluster


• quantile-quantile plots

Sujets

• Object
• Mosaic
• Series
• Hierarchical clustering
• Scatter plot

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Extrait

Fiche TD avec le logiciel : tdr79 ————— Les exemples des fonctions graphiques de haut niveau J.R. Lobry —————

Tabledesmati`eres 1 Introduction 2 2 MASS 7.2-27 3 2.1 boxcox : Box-Cox Transformations for Linear Models . . . . . . 3 2.2 eqscplot : Plots with Geometrically Equal Scales . . . . . . . . 3 2.3 hist.scott : Plot a Histogram with Automatic Bin Width Selec- tion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2.4 ldahist : Histograms or Density Plots of Multiple Groups . . . . 3 2.5 logtrans : Estimate log Transformation Parameter . . . . . . . . 3 2.6 pairs.lda : Produce Pairwise Scatterplots from an ’lda’ Fit . . . 4 2.7 parcoord : Parallel Coordinates Plot . . . . . . . . . . . . . . . 4 2.8 plot.lda : Plot Method for Class ’lda’ . . . . . . . . . . . . . . . 4 2.9 plot.mca : Plot Method for Objects of Class ’mca’ . . . . . . . . 4 2.10 truehist : Plot a Histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3 boot 1.2-24 5 3.1 glm.diag.plots : Diagnostics plots for generalized linear models . 5 3.2 jack.after.boot : Jackknife-after-Bootstrap Plots . . . . . . . . . 5 3.3 plot.boot : Plots of the Output of a Bootstrap Simulation . . . 6 4 cluster 1.10.5 7 4.1 bannerplot : Plot Banner (of Hierarchical Clustering) . . . . . . 7 4.2 clusplot : Cluster Plot - Generic Function . . . . . . . . . . . . 7 4.3 clusplot.default : Bivariate Cluster Plot (clusplot) Default Me- thod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.4 clusplot.partition : Bivariate Clusplot of a Partitioning Object . 9 4.5 ellipsoidhull : Compute the Ellipsoid Hull or Spanning Ellipsoid of a Point Set . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 4.6 plot.agnes : Plots of an Agglomerative Hierarchical Clustering . 10

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J.R. Lobry

4.7 plot.diana : Plots of a Divisive Hierarchical Clustering . . . . . 10 4.8 plot.mona : Banner of Monothetic Divisive Hierarchical Cluste- rings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.9 plot.partition : Plot of a Partition of the Data Set . . . . . . . . 12 4.10 pltree : Clustering Trees - Generic Function . . . . . . . . . . . 12 4.11 pltree.twins : Clustering Tree of a Hierarchical Clustering . . . 13 5 graphics 2.3.0 14 5.1 assocplot : Association Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 5.2 barplot : Bar Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 5.3 boxplot : Box Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 5.4 cdplot : Conditional Density Plots . . . . . . . . . . . . . . . . 18 5.5 contour : Display Contours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 5.6 coplot : Conditioning Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 5.7 curve : Draw Function Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 5.8 dotchart : Cleveland Dot Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 5.9 filled.contour : Level (Contour) Plots . . . . . . . . . . . . . . . 22 5.10 fourfoldplot : Fourfold Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 5.11 hist.POSIXt : Histogram of a Date or Date-Time Object . . . . 24 5.12 hist : Histograms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 5.13 image : Display a Color Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 5.14 matplot : Plot Columns of Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . 27 5.15 mosaicplot : Mosaic Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 5.16 pairs : Scatterplot Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 5.17 panel.smooth : Simple Panel Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 5.18 persp : Perspective Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 5.19 pie : Pie Charts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 5.20 plot : Generic X-Y Plotting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 5.21 plot.data.frame : Plot Method for Data Frames . . . . . . . . . 33 5.22 plot.design : Plot Univariate Effects of a ’Design’ or Model . . . 34 5.23 plot.table : Plot Methods for ’table’ Objects . . . . . . . . . . . 35 5.24 plot.default : The Default Scatterplot Function . . . . . . . . . 36 5.25 plot.factor : Plotting Factor Variables . . . . . . . . . . . . . . . 37 5.26 plot.formula : Formula Notation for Scatterplots . . . . . . . . . 38 5.27 plot.histogram : Plot Histograms . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 5.28 spineplot : Spine Plots and Spinograms . . . . . . . . . . . . . . 39 5.29 stars : Star (Spider/Radar) Plots and Segment Diagrams . . . . 40 5.30 stripchart : 1-D Scatter Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 5.31 sunflowerplot : Produce a Sunflower Scatter Plot . . . . . . . . 43 5.32 symbols : Draw Symbols (Circles, Squares, Stars, Thermometers, Boxplots) on a Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 6 lattice 0.13-8 45 6.1 barchart.table : table methods for barchart and dotplot . . . . . 45 6.2 cloud : 3d Scatter Plot and Wireframe Surface Plot . . . . . . . 46 6.3 histogram : Histograms and Kernel Density Plots . . . . . . . . 47 6.4 levelplot : Level Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 6.5 print.trellis : Plot and Summarize Trellis Objects . . . . . . . . 48 6.6 equal.count : shingles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 6.7 splom : Scatter Plot Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

LogicielVersion2.3.0(2006-04-24)–tdr79.rnw–Page2/70–Compil´ele2006-06-01 Maintenance : S. Penel, URL :noylrf.1f/R/ehcidsthttp://pbil.univ-/tdr79.pdf

J.R. Lobry

6.8 xyplot : Common Bivariate Trellis Plots . . . . . . . . . . . . . 50 7 mgcv 1.3-16 52 7.1 exclude.too.far : Exclude prediction grid points too far from data 52 7.2 vis.gam : Visualization of GAM objects . . . . . . . . . . . . . . 53 8 nlme 3.1-71 54 8.1 plot.lme : Plot an lme or nls object . . . . . . . . . . . . . . . . 54 9 stats 2.3.0 54 9.1 biplot : Biplot of Multivariate Data . . . . . . . . . . . . . . . . 54 9.2 biplot.princomp : Biplot for Principal Components . . . . . . . 55 9.3 cpgram : Plot Cumulative Periodogram . . . . . . . . . . . . . . 55 9.4 dendrogram : General Tree Structures . . . . . . . . . . . . . . 56 9.5 ecdf : Empirical Cumulative Distribution Function . . . . . . . 57 9.6 heatmap : Draw a Heat Map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 9.7 interaction.plot : Two-way Interaction Plot . . . . . . . . . . . 59 9.8 lag.plot : Time Series Lag Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 9.9 monthplot : Plot a Seasonal or other Subseries from a Time Series 61 9.10 plot.acf : Plot Autocovariance and Autocorrelation Functions . 62 9.11 plot.isoreg : Plot Method for isoreg Objects . . . . . . . . . . . 63 9.12 plot.lm : Plot Diagnostics for an lm Object . . . . . . . . . . . 64 9.13 plot.ppr : Plot Ridge Functions for Projection Pursuit Regression Fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66 9.14 plot.spec : Plotting Spectral Densities . . . . . . . . . . . . . . 67 9.15 plot.stepfun : Plot Step Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 9.16 plot.ts : Plotting Time-Series Objects . . . . . . . . . . . . . . . 68 9.17 qqnorm : Quantile-Quantile Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 9.18 termplot : Plot regression terms . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70 10 survival 2.24 70 10.1 plot.survfit : Plot Method for ’survfit’ . . . . . . . . . . . . . . 70 1 Introduction Les fonctions graphiques de haut niveau (High level plotab,egr´e´nehplot pourhelp.search()dtnosegapsee´nnodaesblnickpaunns)dispoar: help.search(package = "graphics", keyword = "hplot", rebuild = TRUE) Lespackagesexplore´sicisontceuxdeladistributionstandard,leurliste peuteˆtreobtenueainsi: pcklist <- installed.packages() pcklist <- pcklist[!is.na(pcklist[, "Priority"]), c(1, 3, 4)] pcklist Package Version Priority KernSmooth "KernSmooth" "2.22-17" "recommended" MASS "MASS" "7.2-27" "recommended" base "base" "2.3.0" "base" boot "boot" "1.2-24" "recommended" class "class" "7.2-27" "recommended" cluster "cluster" "1.10.5" "recommended"

Logiciel Version 2.3.0 (2006-04-24) – tdr79.rnw – Page 3/70 – Compile le 2006-06-01 ´ Maintenance : S. Penel, URL :chesR/fi.fr/yon1dthtl-vinu.libp//:pt/tdr79.pdf

J.R. Lobry

datasets "datasets" "2.3.0" "base" foreign "foreign" "0.8-15" "recommended" grDevices "grDevices" "2.3.0" "base" graphics "graphics" "2.3.0" "base" grid "grid" "2.3.0" "base" lattice "lattice" "0.13-8" "recommended" methods "methods" "2.3.0" "base" mgcv "mgcv" "1.3-16" "recommended" nlme "nlme" "3.1-71" "recommended" nnet "nnet" "7.2-27" "recommended" rpart "rpart" "3.1-29" "recommended" spatial "spatial" "7.2-27" "recommended" splines "splines" "2.3.0" "base" stats "stats" "2.3.0" "base" stats4 "stats4" "2.3.0" "base" survival "survival" "2.24" "recommended" tcltk "tcltk" "2.3.0" "base" tools "tools" "2.3.0" "base" utils "utils" "2.3.0" "base" Lesgraphiquesci-apr`essontceuxquel’onobtientenex´ecutantlesexemples de la documentation, par exemple :example(plot). On peut utiliserpar(ask = FALSE)aphique.ˆnteerrgstrualefesfaourlpenemivssreogpruslpertıˆarappaeri 2 MASS 7.2-27 2.1 boxcox : Box-Cox Transformations for Linear Models

2.2 eqscplot : Plots with Geometrically Equal Scales

2.3 hist.scott : Plot a Histogram with Automatic Bin Width Selection

2.4 ldahist : Histograms or Density Plots of Multiple Groups

LogicielVersion2.3.0(2006-04-24)–tdr79.rnw–Page4/70–Compile´le2006-06-01 Maintenance : S. Penel, URL :tpht.libp//:oyl-vinur/R/n1.festdfich/tdr79.pdf

2.5

2.6

2.7

2.8

J.R. Lobry

logtrans : Estimate log Transformation Parameter

pairs.lda : Produce Pairwise Scatterplots from an ’lda’ Fit

parcoord : Parallel Coordinates Plot

plot.lda : Plot Method for Class ’lda’

LogicielVersion2.3.0(2006-04-24)–tdr79.rnw–Page5/70–Compile´le2006-06-01 Maintenance : S. Penel, URL :r/R/fich-lyon1.fib.lnuvithpt/:p/dtse/tdr79.pdf

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2.9 plot.mca : Plot Method for Objects of Class ’mca’

2.10 truehist : Plot a Histogram

3 boot 1.2-24 3.1 glm.diag.plots : Diagnostics plots for generalized li- near models

LogicielVersion2.3.0(2006-04-24)–tdr79.rnw–Page6/70–Compile´le2006-06-01 Maintenance : S. Penel, URL :htt:pniv-lyon//pbil.u/R/f1.frstdiche/tdr79.pdf

3.2

3.3

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jack.after.boot : Jackknife-after-Bootstrap Plots

plot.boot : Plots of the Output of a Bootstrap Simu- lation

LogicielVersion2.3.0(2006-04-24)–tdr79.rnw–Page7/70–Compile´le2006-06-01 Maintenance : S. Penel, URL :h:pttniv-lyon//pbil.uciehtsd.1rfR/f//tdr79.pdf