Bioinformatique et données biologiques

Laurent Noé

Description

• cours - matière potentielle : introduction

Bioinformatique et données biologiques Cours d'introduction à la bioinformatique et de présentation des banques de séquences. 1ère partie Laurent Noé (2009-2012) Maude Pupin (2007-2009)

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•   centre de recherche
• bioinformatique
•   création de banques publiques
•   conception de logiciels pour l'analyse
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• données biologiques
• logiciels
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Sujets

• Introduction
• Institut européen de bio-informatique
• Touzet
• Banque
• Bioinformatics
• Logiciel
• Nouvelles

Informations

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Extrait

Bioinformatique et données biologiques
Cours d’introduction à la bioinformatique et de
présentation des banques de séquences.
ère1 partie
Laurent Noé (2009-2012)
Maude Pupin (2007-2009) QUELQUES MOTS SUR LA BIOINFO
Connaissances
2 Définition de la bioinformatique
Un domaine de recherche qui analyse et interprète
des données biologiques, au moyen de méthodes
informatiques, afin de créer de nouvelles
connaissances en biologie.
Source : article présentant la bioinformatique, sur le site d’Interstices
Auteur(s) :
Isabelle Quinkal (Journaliste)
François Rechenmann (Chercheur)
3 Définition de la bioinformatique
anglais : distinction entre
« Bioinformatics » et « Computational Biology »
  « Bioinformatics »
applique des algorithmes, modèles statistiques dans l’objectif
d'interpréter, classer et comprendre des données biologiques.
  « Computational Biology »
développer des modèles mathématiques et outils associés
pour résoudre des problèmes biologiques.
4 Qu’est-ce que la bioinformatique ?
  L’approche in silico de
la biologie
  Trois activités
principales :
  Acquisition et organisation
des données biologiques
  Conception de logiciels
pour l’analyse, la
comparaison et la
modélisation des données
  Analyse des résultats
produits par les logiciels
5 Quelques conseils
  Méfiez-vous des résultats donnés par les logiciels :
  La qualité des résultats est parfois diminuée au profit de la rapidité
  Certains problèmes admettent un ensemble infini de possibilités
  Ce n’est pas toujours la solution la meilleure qui est trouvée
  Beaucoup de logiciels ne font que de la prédiction
  Prédiction : dire ce qu’on prévoit, par raisonnement, devoir
arriver. (wiktionnaire)
  Méfiez-vous des banques de données :
  Les données se sont pas toujours fiables
  La mise à jour n’est pas toujours récente
La réalité mathématique n’est pas la réalité biologique :
Les ordinateurs ne font pas de biologie, ils calculent … vite !
6 Quelques liens utiles en bioinformatique
La Société Française de Bio-Informatique (SFBI)
http://sfbi.impg.prd.fr/
Logiciels pour la biologie de l’Institut Pasteur
http://bioweb.pasteur.fr/
Le Pôle Bioinformatique Lyonnais (PBIL)
http://pbil.univ-lyon1.fr/pbil.html
http://npsa-pbil.ibcp.fr/
L’Institut Européen de Bioinformatique (EBI)
http://www.ebi.ac.uk/
Les outils de protéomique d’ExPASy
http://www.expasy.org/tools/
Le centre national de bioinformatique (NCBI, USA)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
7 En Europe : EBI
  European Bioinformatics Institut
http://www.ebi.ac.uk/
  Organisation académique à but non lucratif fondée en 92
  Centre de recherche et services en bioinformatique qui
gère des banques de données biologiques (ADN-ARN,
protéines, structures 3D)
  Met dans le domaine publique et rend accessible
gratuitement les informations issues de la recherche en
biologie moléculaire et génomique afin de promouvoir le
progrès scientifique
8 Aux états-Unis d’Amérique : NCBI
  National Center for Biotechnology Information
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
  Ressource nationale pour l’information en biologie
moléculaire fondée en 1988
  Création de banques publiques et recherche en
bioinformatique
  Développe des outils informatiques pour analyser les
données de génome et diffuser l’information médicale pour
mieux comprendre les processus moléculaires touchant la
santé humaine et la maladie
9 Mes principales sources d’inspiration
  Sites généralistes
  Un dictionnaire : http://fr.wiktionary.org/
  Une encyclopédie : http://fr.wikipedia.org/
  Sites français sur la Bioinformatique
  Infobiogen (fermé maintenant) : http://www.infobiogen.fr/
  Autoformation (Paris V) : http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/
  Interstices (culture scientifique) : http://interstices.info/
  Sites en anglais sur la bioinformatique
  2can (tutoriels de l’EBI) : http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/
  Les aides fournis par les logiciels
  Les articles scientifiques
  Les cours de mes collègues du LIFL
  Jean-Stéphane Varre, Hélène Touzet, Maude Pupin
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