U´ MII A M´ S T L THÈSE PrésentéeauLaboratoired’Informatique,deRobotiqueetdeMicroélectroniquedeMontpellier pourobtenirlegradede D ’U´MII Discipline :BiologieInformatique FormationDoctorale :BiologieSanté EcoleDoctorale :InformationStructureSystème R B ´ ´ ´ ´ ´ par SB Soutenuele5novembre2007devantlejurycomposéde: M.OG DirecteurdeRecherche,LIRMM Directeurdethèse M.NL Chargéde co Directeurdethèse M.H´ P DirecteurdeRecherche,UniversitédeMontréal Rapporteur M.MGdeUniversitédeLyonI Rapporteur M.NG DirecteurdeRecherche,UniversitédeMontpellierII Examinateur M.PPdeUniversitéd’Aix MarseilleIR B ´ ´ ´ ´ ´ R´ ´ Deux nouveaux modèles pour la reconstruction phylogénétique probabiliste ont été développés, non station nairesetnonparamétriques. Seloncesmodèles,unprocessusstochastiquecontinuintroduitdesvariationsdespro babilités stationnaires des processus Markoviens de substitution, induisant de manière inédite une dimension nalité libre. Le second modèle combine cette composante non stationnaire avec un modèle de mélange dé finisurlespositionsdel’alignementdeséquenceshomologues.Cettecombinaisonmodéliseconjointementlesva riations du processus d’évolution, au cours ...