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Exercices avec le logiciel ´ EpreuveBiologie&Mod´elisation-Controˆle terminal-10d´ecembre2008 M. Bailly-Bechet & S. Mousset Dure´e1h30
Tousdocumentsautoris´es-´echangesstrictementinterdits . Taille des gonopodes de Gambusia .
1R´epondredirectementsurlafeuille Nom : Prenom : ´ Numerocarte´etudiant: ´ 2 Statistiques : Taille des gonopodes de Gam-busia . 2.1 Introduction Un´equipedechercheursame´ricainssestre´cemmentinte´resse´eauxeets delatailledesgonopodeschezuneespe`cedepoissons, Gambusia affinis [1]. Legonopd´ntuniquementchezlesmˆales,estunenageoireanalequi o e, prese a´evolu´edefa¸cona`devenirunorganedins´eminationdesfemelleslorsdela copulation(voirgure1).Lesfacteursauxquelssesontinte´ress´esceschercheurs sontlesliensentrelataillerelativedesgonopodes(normalis´eeparrapporta`la tailletotaledelindividu),lattractionprovoque´esurlesfemelles,lanaturede lenvironnementetlavitesseded´emarrage(lorsduneattaque)des Gamubsia males.Lesdonne´esonte´te´recueilliessur300poissonsmaˆles´equitablement ˆ r´epartisen6populations. Lesdonn´ees 1 sontimport´eesdansaveclinstructionsuivante: gambusi <- read.table("gambusi.txt", header = TRUE) gambusi[1:10, ] index log.taille predation pop vitesse 1 1 1.301130 0 AU 22.47150 2 2 1.293406 0 AU 21.88925 3 3 1.271140 0 AU 24.50346 4 4 1.283246 0 AU 23.52495 5 5 1.282712 0 AU 25.28887 6 6 1.260804 0 AU 21.18545 7 7 1.272864 0 AU 22.96189 1 lesdonn´eesoriginellesnesontpasdisponibles,ilsagiticienfaitdunereconstitution`a partirdesre´sume´sstatistiquesdelarticle.
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Fig. 1Photographiededeuxmaˆlesdelesp`ece Gambusia affinis provenant dunenvironnementsanspre´dation(A)ouavec(B).Lesgonopodessontindique´s pardese`ches.Letraitenhaut`agauchemesure5mm.Cettephotographieest extraite de l’article [1].
8 8 1.295631 0 AU 23.18245 9 9 1.294437 0 AU 22.77196 10 10 1.271855 0 AU 22.38695 ` A quoi sert la fonction read.table() ci-dessus ? Reponse : ´
Queveut-onfaireen´ecrivant gambusi[1 :10,] plutˆotquesimplement gam-busi ?Quelr´esultatobtiendrait-onenenlevantlavirgulenaledanslescro-chets ? Reponse : ´
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Danslalisteci-dessus,lacolonnepr´edationindiquesilespoissonssontsoumis ounon`alapr´edation.Chaquepopulationdanssonentieralamˆemevaleur, `asavoir0siellevitdansunenvironnementsanspre´dationet1danslecas contraire. Quelle commande permet-elle de compter combien de poissons sont soumisa`lapr´edation? [1] 150 Re´ponse:
Comment calculeriez-vous la taille moyenne des gonopodes des individus soumis na`l´edation? ou no a pr [1] 1.200105 [1] 1.310055 R´eponse:
2.2Tailledesgonopodesetpre´dation L´equipedechercheursatrace´ungrapherepre´sentantlatailledesgonopodes en fonction de leur population d’origine.
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Quelle commande leur a permis d’obtenir ce graphe ? Re´ponse:
Dapre`slegraphiqueci-dessus,peut-ondirequilyaunedi´erencesignicative delatailledesgonopodeschezlespopulationssoumisesounona`lapr´edation? Lespopulationssoumises`alapr´edationsont KR , RSB et U N . Re´ponse:
Ond´esiremaintenantcomparerlestaillesdesgonopodesdespopulations soumisesounona`lapre´dationa`laidedunteststatistique,ense´lectionnant unrisquedepremi`ereesp`ece α = 5%. Donnezlad´enitiondurisquedepremi`ereespece: ` Reponse : ´
Dansnotrecas,lhypoth`ese H 0 estLatailledesgonopodesestind´ependante delapr´edation.Lhypothe`se H 1 estLatailledesgonopodesd´ependdela pre´dation.LetestcorrespondantestletestditdeStudent.Lesr´esultatsdu tests sous sont : Welch Two Sample t-test data: gambusi$log.taille[gambusi$predation == 0] and gambusi$log.taille[gambusi$predation == 1] t = 30.1617, df = 293.788, p-value < 2.2e-16 alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 95 percent confidence interval: 0.1027750 0.1171235 sample estimates: mean of x mean of y 1.310055 1.200105 Sionaccepteunrisquedepremi`ereesp`ecede5%,quelleseranotreconclusion suitea`cetest? LogicielRversion2.8.0(2008-10-20)exbm200812.rnwPage4/12Compil´ele2008-12-10 Maintenance : S. Penel, URL : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pdf / exbm200812.pdf
Reponse : ´
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2.3Tailledesgonopodesetvitessedede´marrage Onveutmaitenant´etudierlacorre´lationentrelatailledesgonopodeset lavitesseded´emarragedespoissons.Cettedernie`rea´ete´mesur´eeenlmant despoissonsquelonsurprenda`laidedunobjetquelonlaissetomberjuste a`cˆotedeuxdasleurbassin.Onsaitque,dansdesconditionsnaturelles,une ´ grandevitessedede´marrageestunfacteurcrucialpoure´chappera`lapr´edation. Quellecommandeva-t-onutiliserpourcalculerlecoecientdecorr´ela-tionentrelavitessedede´marrageetlataillenormalise´edesgonopodes? Reponse : ´
Cecoecientdecorr´elation,surnosdonn´ees,vaut-0.751,etunteststa-tistiquemontrequilestsignicativementdi´erentde0.Quepouvez-vousen conclure sur l’impact de la taille des gonopodes sur la survie dans un milieu ou ` lespoissonssontsoumisa`lapre´dation? Reponse : ´
2.4Tailledesgonopodesetattractivit´esexuelle. Finalement,onveute´tudierlare´actiondefemelles Gambusi a`desmaˆles ayant des gonopodes plus ou moins grands. Pour cela, on place les femelles dans unaquariumfacea`deux´ecrandvid´eo,quirepresententdes Gambusi mˆales ´ lme´sdurantleurparadeamoureuse(quipr´ec`edelaccouplement).Onsassure quelaseuledie´renceentrelesdeuxlmsestlatailledesgonopodesdesdeux mˆaleslm´es,cesta`direquelanaturedeladanseettouteslesautresconditions
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