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Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprtation de lexamen cyto-bactriologique des urines(ECBU)
ED Infections Urinaires Diagnostic, Techniques et Interprtation de lExamen Cyto-Bactriologique des Urines (ECBU) Objectifs 1. Dfinir les termes : leucocyturie, hmaturie, bactriurie, cystite, pylonphrite 2. Expliquer les principaux mcanismes physiopathologiques de linfection urinaire 3. Citer les principales indications de lECBU 4. Dcrire les conditions de prlvement dun ECBU 5. Argumenter les intrts et les limites de la bandelette urinaire 6. Expliquer le principe de lECBU 7. Interprter un compte-rendu dun ECBU 8. Connatre les principales bactries responsables dinfections urinaires chez lhomme :  Bactries  Gram positif :S. aureus, Enterococcusspp. Bactries  Gram ngatif : Entrobactries (E. coli+++),P. aeruginosa Plan de cours I- Introduction .........................................................................................................................2 II- Physiopathologie des infections urinaires ......................................................................2 II.1- Infection ascendante ................................................................................................................ 2 II.2- Infection hmatogne ............................................................................................................... 2 II.3- Infections iatrognes nosocomiales ....................................................................................... 2 III- Indications de l'ECBU .......................................................................................................2 IV- Prlvements ....................................................................................................................3 V- La Bandelette Urinaire.......................................................................................................3 VI- L'ECBU...............................................................................................................................4 VI.1- Cytologie urinaire .................................................................................................................... 4 VI.2- Culture, Interprtation des Rsultats .................................................................................... 4 VI.3- Bactries responsables des Infections Urinaires ................................................................ 5VII- Antibiotiques oraux pour Infections Urinaires .............................................................6 VIII- Ouvrages et site de rfrence .......................................................................................6 Annexe 1 .................................................................................................................................7 Annexe 2 .................................................................................................................................8 Annexe 3………………………………………………………………………………………………9
J.P. LAVIGNE
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Facult de Mdecine Montpellier-Nmes
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprtation de lexamen cyto-bactriologique des urines(ECBU)
I- Introduction L'urine est strile en dehors de toute infection. Elle peut tre souille lors de la miction par les microorganismesdelapeauetdesmuqueusesetlesscrtionsurtrales.Leserreursdi'nterprtationsont nombreuses si le prlvement est incorrect. II- Physiopathologie des infections urinaires Ilexiste3typesprincipauxdi'nfectionsurinaires:II-1 Infection ascendante: les facteurs favorisants sont : - les anomalies de l'arbre urinaire, congnitales ou acquises, - la contamination du mat urinaire par les bactries commensales d'origine fcale ou prinale, - plus frquente chez la femme en raison de l'urtre court (proximit du vagin avec risque de contamination par la flore vaginale). II-2 Infection hmatogne:fait suite  une bactrimie. II-3Infections iatrognes - nosocomiales:  la suite de manœuvres endoscopiques, de sondages, de cathtrismes. *Les facteurs prdisposantsont: - la prsence de calculs rnaux et vsicaux - l'existence d'un reflux urtral - la grossesse - l'hypertrophie prostatique - les problmes neurologiques retentissant sur la vessie par perte du contrle sphinctrien - l'urtre court chez la femme - le cathtrisme de la voie urinaire *Les facteurs de virulence bactrienssont: - l'adhsion de la bactrie  l'pithlium vsical (rle des pili chezE. coli), - au niveau rnal: l'existence d'une capsule bactrienne, la production d'une hmolysine ou d'une urase(Proteusspp.), - la colonisation du mat urinaire. III- Indications de lECBU Un examen des urines est ncessaire :  en cas de signes decystite(infection superficielle de la paroi vsicale induisant brlures mictionelles, envie imprieuses et frquentes, pollakiurie, dysurie…), depylonphrite(infection du bassinet avec envahissement intersticiel du rein entranant la mme symptomatologie que la cystite associe  de la fivre et des douleurs lombaires) ou de prostatite(fivre, frisson, douleurs pelviennes, tnesme rectal et troubles fonctionnels urinaires) la si bandelette urinaireest positive, ou en cas depyurieou dhmaturie lors defivre suprieure  39C(notamment chez le nourrisson) de lors contrledun traitement antibiotique aprs une infection urinaire dans certainescirconstancescliniques : femme enceinte, diabte sucr, immunodpression, malformation urologique, sondage urinaire, tat grabataire…
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IV- PrlvementsLors de la miction, l'urine peut tre souille par les microorganismes et les produits des scrtions dcolles au niveau du segment terminal de l'urtre et du mat. Le sondage vsical, longtemps considr comme indispensable, doit tre cart comme mthode courante en raison du risque infectieux (jusque 4 %).
La qualit du prlvement conditionne la qualit de l'examen.
3 situations de recueil: *Miction normale:jet (Le 2 milieu du jet) est recueilli lematindans unrcipient strile; le 1 jet peut tre conserv en cas de suspicion d'urtrite ou de prostatite. Unetoilette soigneuse doit prcder le recueil avec un antiseptique doux ou de leau savonneuse suivi dun rinage  leau. - Femme: toilette vulvaire, position accroupie ou gyncologique, grandes lvres cartes. Sil y a des pertes vaginales, mme minimes, la mise en place dune protection vaginale est indispensable - Homme: toilette du gland et du mat urinaire - nouveau-n: mise en place d'une poche adhsive aprs toilette soigneuse du prine. Le risquedi'ntroduiredesgermesfcauxestimportant.Lesacnedoitpastrelaissenplaceplus de 20 min. Renouveler le sac au-del de ce temps. *Sonde  demeure: Ne jamais prlever dans le sac collecteur.Clamper la sonde pendant 10 min. Dsinfecter la sonde et ponctionner la sonde. Ne pas ouvrir la tubulure. *Ponction sus-pubienne:idal pour recueillir une urine strile. L'urine, recueillie dans un pot strile, doit tre transmise au laboratoire dans les 2h suivant le prlvement ou conserve  + 4 C. Un dlai maximum de 24 h  + 4 C permet de conserver toute la validit de l'examen cytologique. Un dlai plus long entrane des modifications de la population bactrienne. V- La Bandelette Urinaire Lintrt essentiel du dpistage par les bandelettes urinaires rside dans sa possibilit de ralisation au lit du malade et dans sa valeur prdictive ngative (VPN> 95%).
Le prlvement est identique  celui dun ECBU.
La bandelette urinaire sert  dpister :
une leucocyturie, par la dtection de lactivit estrasique
une bactriurie, par la dtection de nitrites
La bandelette urinaire ne peut pas tre utilise pour le dpistage dune bactriurie chez un patient porteur de sonde. La prsence de nitrites est une caractristique des entrobactries qui transforme le nitrate en nitrite. Les autres bactries nont pas cette capacit et ne sont donc pas dtectes par la bandelette (Ex :Pseudomonas aeruginosa,Staphylococcus aureus…)
Lutilisation de la bandelette chez le sujet g non sond est une mthode fiable sous rserve du respect des conditions dutilisation de la bandelette.
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Lors dun premier pisode de cystite aigu non complique (chez une jeune fille), une bandelette urinaire positive suffit pour le diagnostic dinfection urinaire sans faire dECBU.
VILECBU VI-1CYTOLOGIEURINAIRE(SCHMAI) Le comptage des cellules seffectue  ltat frais, dans une cellule  numration (Kova slide). La prparation est observe au microscope avec lobjectif X25. *Hmaties - leucocytes4 normalement:hmaties < 10 /ml 4 leucocytes < 10 /ml * Cellules pithliales - il existe quelques cellules pithliales rnales et vsicales  l'tat normal, - leur prsence est augmente en cas de nphropathies tubulo-interstitielles aigus. * Cylindres Les cylindres sont forms dans la lumire du nphron par prcipitation de la muco-protine de Tamm-Horsfall scrte par ces mmes cellules pour tre limines dans l'urine. .c. hyalins: normal, sans signification pathologique, .c. leucocytaires: signe une raction inflammatoire aigu du parenchyme rnal,  .c. pithliaux: forms des cellules de l'pithlium tubulaire lors d'une desquamation massive du nphron, .c. granuleux: agglomrat de dbris cellulaires, .c. cireux: stade ultime de la dgnrescence des cylindres granuleux aprs une stase prolonge:encasdi'nsuffisancernalechroniqueavance.* Cristaux - l'urine est normalement sature en sels de calcium, phosphate, acide urique. - leur prsence n'a pas de signification pathologique sauf: .a.urique:encasdi'nsuffisancernaleaigudonnantunehyperuricmie..cystine : en cas de cystinurie. VI-2CULTURE-INTERPRTATION DESRSULTATS(SCHMAII) - il est conseill de dnombrer les bactries prsentes dans l'urine afin de distinguer les germes contaminants des germes potentiellement responsables d'une infection urinaire. Le seuil significatif est 5 fix 10 bactries/ml. Un milieu densemencement CPS (bioMrieux) permet cette numration des germes.Une ou deux espces isoles sont  lorigine de linfection urinaire. Au del, le prlvement est considr comme contamin par une flore polymicrobienne. Il doit tre effectu  nouveau. - la numration bactrienne est prise en dfaut : . lors des mictions nombreuses et rptes, empchant la multiplication massive des bactries dans la vessie. .lorsqueli'nfectionestailleursquedanslavessie(bassinet,prostate,tissupara-urtral).. en cas de pH basique des urines. . en cas de prsence de substances antibactriennes dans les urines. . lors des infections par des bactries  croissance lente -unrsultatd'urinesi'nterprteenassociantlacytologieetlabactriologie.
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*Exemples de rsultats:4 Cas 1 : leucocyturie: < 10 /ml 4 bactriurie:10 /ml Etiologie : urine normale, ne pas refaire l'ECBU 4 Cas 2 : leucocyturie: < 10 /ml 5 bactriurie10 /ml 1 espce = - infection dbutante, refaire ECBU aprs un traitement ATB (J3)  -terrain immuno-dprim : infection urinaire  - infection chronique  - infection sur sonde plusieurs espces (> 2): contamination 4 Cas 3 : leucocyturie: > 10 /ml 5 bactriurie > 10 /ml 1 espce ou 2 espces dans 2 prlvements Etiologie : infection urinaire 4 Cas 4 : leucocyturie: > 10 /ml 4 bactriurie:10 /ml Etiologies : infection urinaire traite et  poursuivre  tuberculose urinaire  infection urtrale: 1jet (gonocoque,Chlamydia trachomatis,  Mycoplasme)  souillure vaginale:  refaire  causes non bactriennes: mdicaments(= phnactine: leucocyturie interstitielle chronique) malformations urologiques maladie nphrologique avec rein inflammatoire ou traumatique leucmie, tumeur infection virale ou parasitaire (candidurie) VI- 3 BACTRIES RESPONSABLES D'INFECTIONSURINAIRES*Milieu Hospitalier : Escherichia coli(40%)Proteusindole + Providencia, Klebsiella, Serratia, S. aureus Pseudomonas *Milieu Communautaire : E. coli(80%)Proteus mirabilis Entrocoques *Femme en priode d'activit gnitale: Streptocoque BStaphylococcus saprophyticus*Recherches particulires  signaler au laboratoire: - leptospires - B.K. - anarobies - gonocoque
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VII- Antibiotiques Oraux pour Infections Urinaires(Tableau I)Utilisation dantibiotiques  limination urinaire Ampicilline, amoxicilline: 37  50% des bacilles  Gram ngatif sont rsistants par production deβ-lactamases. Trs utile chez la femme enceinte. Amoxicilline+acide clavulanique: actif contre la plupart des bacilles  Gram ngatif rsistant  l'ampicilline. Trs utile chez la femme enceinte. re e Cphalosporine de 1 et 3 gnration: spectre plus large que l'ampicilline mais inactif vis  vis des streptocoques. Utile chez la femme enceinte. Cotrimoxazole: intressant pour les traitements sans diagnostic bactriologique prcis. Rsistance en nette progression : Ne sont plus utiliss en premire intention. Nitrofurantoine et drivs: antiseptiques actifs  pH acide (pas pour les infections Proteus), pour les infections urinaires non compliques. Utiliss en monodose. Acide nalidixique: pour les infections non compliques  bacilles  Gram ngatif ou aprs un chec dun traitement monodose. Inactif sur les Gram positif. Contre-Indiques chez la femme enceinte. Fluoro-quinolones (+++): trs large spectre. Actif sur la majorit des germes responsables dinfections urinaires, aprs un chec dun traitement monodose, pour les infections svres, dont celles Pseudomonas aeruginosa. Inactif sur les entrocoques (>50% de rsistance). Contre-Indiques chez la femme enceinte. VIII- Ouvrage et site de rfrence PILLY, Ed. 2M2 Abrg de bactriologie, Ed. MASSON Internat 2004, Maladies Infectieuses, Ed. Vernazobres Grego http://lyon-sud.univ-lyon1.fr - Rubrique Cours en ligne DES bactriologie
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Annexe 1 Schma I: Principe de lECBU
                          !       "# $%&' ( %&'  ) ( %&'
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Annexe 2 Schma II: Interprtation dun ECBU * &
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 Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprtation de lexamen cyto-bactriologique des urines(ECBU)
Annexe 3 Tableau I: JP Lavigne, V Le Moing, A Sotto.: Principaux types dinfections urinaires et leur traitement. Tir de Quels antibiotiques utiliser en pratique courante dans les infections urinaires communautaires en France ?. Spectra Biologie. 2005 re1 Formes cliniques Antibiothrapie de 1 intention Dure Commentaires Utilisation dAB  limination urinaire prolonge. Infection urinaire basse non complique de la pfloxacine 800mg Indications : femme de moins de 65 ans, non femme jeune ou ofloxacine 400 mg enceinte, sans fivre ni douleur lombaire, voluant  ou cirpofloxacine 500 mg depuis moins de trois jours, sans antcdents ou fosfomycine-tromtamol 3g monodose- po urologiques ou nphrologiques, en labsence de ou nitrofurantone 50  100 mg pathologie sous-jacente svre (diabte sucr, ou cotrimoxazole 1g immunodpression…) et sans intervention ou endoscopie urologique rcente. norfloxacine 800 mg/jlomfloxacine 400 mg/j 3 jours - po Echec du traitement court, femme > 65 ans, terrain Infection urinaire basse de la femme Quinolone (acide nalidixique 100mg x2) (diabte sucr, immunodpression…) (autres situations) ou FQ (norfloxacine 400mg x2) po 7  10 jours ou C3G (cfixime 200mg x2) po ou AMC (500mg x2) po Pylonphrite non complique C3G (cefotaxime 1g x3/j ou ceftriaxone 1g) iv 10  21 jours  ou FQ (ofloxacine 200 mg x2/j (po ou iv) ou ciprofloxacine 750mg x2/J po ou 200mg x2/j iv) Association dun traitement urologique Pylonphrite complique Aminoside 3  5 mg/kg 1 injection (7  10 jours) 21 jours au moins 2 + C3G inj ou FQ Infection urinaire basse au cours de la grossesse Pni A (500mg x3) ou cphalosporine (cfuroxime Courte : 3 jours  500mg x2) Conventionnelle : 10 jours 3 Traitement initi  lhpital Pylonphrite au cours de la grossesse C3G iv puis po 15  21 jours ECBU 1/mois jusqu laccouchement Prostatite aigu C3G iv ou FQ po  aminosides 4  6 semaines Le choix se porte surtout sur les FQ, Prostatite chronique Fonction de lantibiogramme 12 semaines ventuellement le cotrimoxazole ; les cyclines sont indiques en cas dinfection ChlamydiaCf Confrence de Consensus 2002 Bactriurie asymptomatique Selon le contexte 1 Lantibiothrapie est guide secondairement par lantibiogramme. Lorsque le traitement a t initi par voie intra-veineuse, le relaisper os est habituellement pris aprs 2 3 rmission des signes infectieux. Le choix de la C3G ou de la FQ est le mme que pour la pylonphrite non complique. Le choix de la C3G est le mme que pour la pylonphrite non complique. e iv : administration intra-veineuse ; po : per os ; AMC : amoxicilline + acide clavulanique ; FQ : fluoroquinolone; C3G : Cphalosporine de 3 gnration
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