TP Biojava Exercices 1 Alphabets 2 Codons

Laurent Tichit

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TP Biojava Exercices 1 Alphabets 2 Codons

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• Publié par: ibytadah
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• Langue: Français

Extrait

TP Biojava M2 BBSG Laurent Tichit

Biojava est une API open-source Java permettant de manipuler des objets couramment utilisés en bio- 1 informatique . 2 3 Il existe un tutoriel en anglaiset un autre en français .

L'API Biojava est en perpétuelle évolution. La version stable actuelle est la 1.7.1. Certaines parties du tutoriel se réfèrent malgré tout parfois à des versions antérieures (1.4, 1.5) ou postérieures (la version de développement, future 1.8).

Biojava1.7 nécessite l'installation de Java 5 au minimum. Si vous n'avez accès qu'à Java1.4, il faudra vous limiter à Biojava1.5. La version de Biojava disponible par défaut sur Ubuntu10.04 est la version 1.7.1.

4 Pour ce TP vous aurez besoin de vous servir de façon extensive de l'API Java et BioJava!!

Compilation: Pour compiler avec un package externe, il vous faut modifier le CLASSPATH (i.e. indiquer au compilateur d'utiliser, en plus de l'API Java, l'API Biojava). Pour cela : javac -cp /usr/share/java/biojava.jar MaClasse.java Exécution: Pour exécuter, il vous faudra ici aussi modifier le CLASSPATH (i.e. indiquer à la machine virtuelle Java le chemin vers les classes Biojava ainsi que les vôtres). Pour cela : java -cp /usr/share/java/biojava.jar:. MaClasse Exercices Dans les exercices suivants, les pages référencées sont celles du documentBioJavaAPI.pdf 1 Alphabets 1. Récupérezle code deAlphabetExamplep.27, compilez-le exécutez-le. 2. Créezune fonction d'affichage desSymbol d'unFiniteAlphabet. Vous aurez besoin de vous servir d'unIterator. 3. Modifiezle code deAlphabetExample pour faire afficher le contenu 4 alphabets.

2 Codons 1. Récupérezle code deMakeATGp.48, compilez-le. 2. Vousdevez avoir uneError« Note: MakeATG.java uses unchecked or unsafe operations » : Recompilez en suivant les instruction que javac vous donne : il vous indiquera desWarnings.

1 .Pour plus d'informations, voir le site web :http://biojava.org 2iBJova:agrw/ki/iiojava.o://www.bptthkooBkooC 3ookFookbhrencikB//giwavC:oiaJbiw.ww//ora.avoj:ptth 4.ova/drgs/oci/apptthw//:b.wwajoi