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A n a l y s e s t a t i s t i q u e d u p r o t é o m e : c a s d e d o n n é e s i s s u e s d e s p e c t r o m é t r i e d e m a s s e D . P e c q u e u r - C . T r u n t z e r M a s t e r M I G S – 0 5 / 1 1 / 0 8 L a p l a t e f o r m e p r o t é o m i q u e d e D i j o n P P r o t é o m i i q q u e P r o t é o m m i i q q u e c l a s s i q q u u e c l i n i i q q u u e P l a a a a t t t t e e e e f o r m e e e e P r o t t é é o m i q u u e e I n n o v a t t i i o o n B i o s t a t t i i s s t t i q u e t t e c h n o l o g g i i q u e P l a n • I n t r o d u c t i o n • P r é t r a i t e m e n t d e s s p e c t r e s d e m a s s e • A n n a l y s e e O b j e c t i f : r e c h e r c h e d e b i o m a r q u e u r s • D i a g n o s t i c • C l a s s i f i c a t i o n d e l a p a t h o l o g i e • P r o n o s t i c • R é é p p o n s e t t h h é r a p e e u t i q u e e • M i s e e n é v i d e n c e d ’ u n o u d e s b i o m a r q u e u r s p e r m e t t a n t d e r e m o n t e r à u n ( d e s ) m é c a n i s m e ( s ) m o l é c u l a i r e ( s ) a s s o c i é ( s ) à l a p r o g r e s s i o n t u m o r a l e I N T R O D U C T I O N L e p r o t é o o m e D é f i n i t i o n I n t é r ê t A p p l i c a t i o n s D é f i n i t i o n • P r r o t é o m e e : e n s e m b l e d e s P R O O T T é i n e s e x p r i m é e s p a r l e g é n O M E E d ’ u n e c e l l u l e , à u n m o m e n t e t d a n s u n e n v i r o n n e m e n t d o n n é s . P R O T T T T E E E E O M E T T T T R R R R A N S C R R R R I I I I P T O M E E E E G E N O M E N o y y a a u c e l l u l a i r e A R N A D N C e l l u l e P r o t é i n e s I n t é r ê t • P o u r q u o i é t u d i e r l e p r o t é o m e ? – N i l e d é c r y p t a g e d u g é n o m e n i l ’ a n a l y s e à g r a n d e é c h e l l e d e s A R N m ( t r a n s c r i p t o m e ) n e p e r m e t t e n t d e p r é d i r e l e t a u x d ’ e x p r e s s i o n d e s p r o t é i n e s – L e p r o t é o m e d o n n e u n e i m a g e p l u s c o m p l è t e d e s p r o c e s s u s b i o l o g i q u e s . t r è s g r a n d e d i v e r s i t é d e 1 o r g a n i s m e 1 g é n o m e p r o t é o m e s A p p l i c a t i o n s L o c a l i s a t i o n s u b - c e l l u l a i r e ( o ù r e t r o u v e - t - o n l a p r o t é i n e d a n s Q u a n t i f i c a t i o n l ’ o r g a n i s m e ? ) d i f f é r e n t i e l l e D é t e r m i n a t i o n d e l a f o n c t i o n ( r ô l e d a n s l ’ o r g a n i s m e ) A n a l y s e d i f f é r e n t i e l l e I d e n t i i f f i i c c a t i o n d e e s s p r o t é i n n e e s s A n a l l y y s s e P r o t é é o o m m i q u e ( p r é s e n c e v s a b s e n c e d ’ u n e p r o t é i n e ) I n t e r a c t i o n p r o t é i n e s C a r a c t é r i s a t i o n d e s m o d i f i c a t i o n s a v e c d ’ a u t r e s m o l é c u l e s p o s t - t r a d u c t i o n n e l l e s ( m o d i f i c a t i o n c h i m i q u e d e l a p r o t é i n e ) P r o t é o m i q u e c l i n i q u e P P r r o o t é o m i q u u e e P P r r o t é o m i q q u u e c c l a s s i q u e e c l i n i q u e e P l a t e e e e f f f f o r m e P r o t é o o m i q u e e I I n n n o v a t i o n n B B i i o s t a t i s t t i i q q u e t e e c c h n o l o g i i q q u u e D é r o u l e m e n t d ’ u n e é t u d e G e s t i o n d e s é c h a n t i l l o n s P r é l è v e m e n t s M é d e c i n s S t o c k a g e P a t i e n t s T r a i t e m e n t d e s é c h a n t i l l o n s S t o c k a g e d e s é c h a n t i l l o n s t r a i t é s A n a l y s e S t a t i s t i q u e A n a l y s e d e s é c h a n t i l l o n s T r a i t e m e n t d e s d o n n é e s S t o c k a g e d e s d o n n é e s S t o c k a g e d e s d o n n é e s b r u t e s
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