La lecture en ligne est gratuite
Le téléchargement nécessite un accès à la bibliothèque YouScribe
Tout savoir sur nos offres

Partagez cette publication

PLANIFICATION EXPERIENCES (http://genome.jouy.inra.fr/ssb/) PRE−TRAITEMENT / NORMALISATION CLASSIFICATION (http://migale.jouy.inra.fr/formations) ) ) Expérience 8600 gènes humains, mesures d’expression sur échantillons de fibroblastes en fonction du temps. Méthode de classification hiérarchique métrique = coeff. de corrélation, méthode d’agrégation = lien moyen (average linkage). ref : Cluster analysis and display of genome wide expression patterns, Eisen et al, PNAS 98 (x;y) E E +s : E E7!R s(x;y) =s(y;x) s(x;x) =s(y;y) =s x;y E x =ymax + d : E E7!R d(x;y) =d(y;x) vd(x;x) =d(y;y) = 0 x;y E x =y u n uX t 2d(x;y) = (x y )s d i i i=1 d(x;y) =s s(x;y)max nX d(x;y) = jx yji i i=1 Pn xyi ii=1d(x;y) = 1 q q P Pn n2 2x yi=1 i i=1 i 2d(x;y) = 1 r(x;y) 1 r(x;y) Pn (x x )(y y )i i i ii=1r(x;y) =p pP Pn n2 2(x x ) (y y )i i i ii=1 i=1 q k q G1 G2 G3 G4 G5 E d +d :E E7!R d(x;y) = 0 x =y d(x;y) =d(y;x) * * **d(x;y) d(x;z) +d(y;z) **Classe A * d(x;y)5 * maxd(x;z);d(y;z) () Classe B * * ** **Classe A * C CK L * X(C ) (C )K L 2D(C ;C ) = (G G )K L K Li iClasse B (C ) + (C )K L i GKi CK complete single mat.d mat.d hclust (*, "complete") hclust (*, "single")g1 average ward g2 g3 g4 g5 (n 1)2 Height Height 0 2 4 6 8 0 2 4 6 8 10 g5 g5 g4 g1 g3 g2 g1 g3 g2 g4 Height Height 0 2 4 6 8 10 12 1 2 3 4 5 6 g5 g5 g1 g4 g2 g3 g3 g1 g4 g2 NAD(P) NAD(P)H D−Glucose D−glucono−1,5 D−Gluconate PEP gdh ycdF lactone ATPtransport PTS gntK PYR ADP zwf beta−D Glucose−6P D−glucono−1,5− 6P−D−Gluconate lactone−6P pgi NAD(P) yqjI (gndA) NADP NADP NADPH gntZ NAD NAD(P)Hbeta−D Fructose−6P CO2 yqrC NAD ATP pfk fbp ADP D−Ribulose−5P Fructose−1,6 biphosphate rpe ywlF fbaA D−Ribose−5P D−Xylulose−5P tkt Glycérone−P D−Glycéraldéhyde−3P tpiA NAD gapA NADPH D−Sédoheptulose−7P D−Glycéraldéhyde−3P gapBNADH NADP 3−phospho−D−Glyceroyl−P D−Xylulose−5Pbeta−D−fructose−6P ywjH D−Erythrose−4P ADP pgk ATP tkt 3P−Glycerate D−Glycéraldéhyde−3P beta−D−fructose−6P pgm 2P−Glycérate eno Phosphoenolpyruvate (PEP) ADP pykA ATP Pyruvate (PYR) yqjI fbaA, fba, fba1,tsr ywjH gdh gntK gntR gntP gntZ speD, ytcF ywlF, ipc−32d, rpiB sdhC sucD sucC pdhC, aceC rpe, yloR pfk pdhB, aceB pgi, yugL pgk odhB, citM odhA, citK ytzA sdhB pdhD, citL, aceD eno gapA, gap cggR, yvbQ pdhA, aceA pgm pykA gapB yugM yugN citZ, citA2 ywlG, ipc−33d sdhA, citF citC yqjI fbaA, fba, fba1,tsr ywjH gdh gntK gntR gntP gntZ speD, ytcF ywlF, ipc−32d, rpiB sdhC sucD sucC pdhC, aceC rpe, yloR pfk pdhB, aceB pgi, yugL pgk odhB, citM odhA, citK ytzA sdhB pdhD, citL, aceD eno gapA, gap cggR, yvbQ pdhA, aceA pgm pykA gapB yugM yugN citZ, citA2 ywlG, ipc−33d sdhA, citF citC Height 0.0 0.5 1.0 1.5 yqjI fbaA, fba, fba1,tsr ywjH gdh gntK gntR gntP gntZ speD, ytcF ywlF, ipc−32d, rpiB sdhC sucD sucC pdhC, aceC rpe, yloR pfk pdhB, aceB pgi, yugL pgk odhB, citM odhA, citK ytzA sdhB pdhD, citL, aceD eno gapA, gap cggR, yvbQ pdhA, aceA pgm pykA gapB yugM yugN citZ, citA2 ywlG, ipc−33d sdhA, citF citC gntP gntK gdh gntR gntZ k k expression Control −2 −1 0 1 2 3 4 ex0000258 ex0000259 ex0000260 ex0000261 ex0000262 ex0000263 ex0000264 ex0000265 ex0000266 ex0000267 ex0000268 ex0000269 ex0000270 ex0000271 ex0000272 ex0000273 ex0000274 ex0000275 ex0000276 ex0000277 ex0000278 ex0000279 ex0000280 ex0000281 ex0000282 ex0000283 ex0000284 ex0000285 ex0000286 ex0000340 ex0000358 ex0000360 ex0000369 ex0000370 ex0000377 ex0000381 ex0000395 ex0000659 ex0000660 ex0000661 ex0000744 ex0000745 ex0000746 ex0000747 ex0000748 ex0000749 ex0000758 ex0000782 ex0000785 ex0000798 ex0000818 ex0000940 ex0000941 ex0000942 ex0000943 ex0000944 ex0000945 ex0001360 ex0001437 ex0001438 ex0001439 ex0001440 ex0001597 ex0001598 ex0001599 ex0001600 ) Y Y 2 1;:::;K G GX = (X1;:::;X )2RG Y X =x Y = G k k k x k x =P(Y =k)k p (x)k k Pp(kjx) = p (x)l ll p (x) =P(xjY =k)k p(kjx) L(h;l) Yh l C C
Un pour Un
Permettre à tous d'accéder à la lecture
Pour chaque accès à la bibliothèque, YouScribe donne un accès à une personne dans le besoin