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THÈSE

En vue de l'obtention du

DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ DE TOULOUSE

Délivré par l'Institut National Polytechnique de Toulouse
Discipline ou spécialité : Microbiologie et Biocatalyse industrielles


Présentée et soutenue par

Gwénaëlle JARD

Le 3 décembre 2009


Etude de différents modes d'élimination biologique
de la zéaralénone, mycotoxine présente dans les
céréales: Adsorption et Biotransformation


JURY

Sevastianos ROUSSOS, Directeur de recherches IRD Marseille, Rapporteur
Sabine GALINDO, Professeur, Polytech’ Montpellier, Rapporteur
Florence FORGET, Directeur de recherches, INRA Bordeaux
Isabelle OSWALD, Directeur de recherches, INRA Toulouse
Alain GUYONVARC'H, Responsable R&D Evialis, Vannes
Thierry LIBOZ, Maître de conférences ENSAT
Ahmed LEBRIHI, Professeur et Directeur de l'ENSAT




Ecole doctorale : Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques, Bioingénieries (SEVAB)
Unité de recherche : Laboratoire de Génie Chimique (UMR n°5503), Toulouse
Directeurs de thèse : Thierry LIBOZ, Ahmed LEBRIHI




« Dans un domaine de recherche en pleine expansion comme
la biologie, on constate que toute avancée des connaissances
génère autant d’interrogations qu’elle apporte de réponses. »
Pierre Joliot

Avant-propos


Le travail présenté dans le document suivant a été réalisé au sein du « Laboratoire de Génie
Chimique » (UMR 5503, CNRS/INPT/UPS) dans le département « Bioprocédés et Systèmes
Microbiens » à l’ « Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie de Toulouse ». Il a été financé par
« Evialis », une compagnie spécialisée dans la fabrication et la commercialisation d’aliments pour
animaux, de prémix ou mélanges d’additifs et de produits de santé et d’hygiène pour les animaux.
Une Convention Industrielle de Formation par la Recherche (CIFRE) a été menée pendant 3 ans. Ce
travail a donné lieu à deux publications, une publiée et une acceptée (cf Annexe I et II).


Remerciements

Ecrire les remerciements… Ce n’est finalement pas la partie la plus facile à
rédiger. J’ai d’ailleurs repoussé leur écriture jusqu’à la toute fin de peur de ne pas
trouver les mots justes. Je m’y attèle cependant maintenant que le pavé est terminé.

Tout d’abord, je tiens à remercier Sevastianos ROUSSOS, directeur de
recherche à l’IRD de Marseille, Sabine GALINDO, professeur à l’université de
Montpellier pour avoir évalué ce travail en tant que rapporteurs. Je voudrais
également remercier Isabelle OSWALD, directrice de recherche de l’INRA de
Toulouse et Florence FORGET-RICHARD, directrice de recherche à l’INRA de
Bordeaux pour avoir accepté de participer au jury de thèse. Un grand merci à Marcel
DELAFORGE, directeur de recherche au CEA de Saclay qui m’a énormément aidé
par ses conseils avisés et son aide au moment crucial de la détermination du
composé de transformation. Il m’a ainsi permis de rebondir après une petite « série
noire ». Je tiens à remercier Pierre GALTIER pour son implication dans le projet,
notamment par sa présence aux comités de pilotage tout au long de ma thèse. Il
nous a fait part de son expérience pour mieux orienter le travail à chaque étape. Je
tiens aussi à remercier très chaleureusement Alain GUYONVARC’H, responsable R
et D d’Evialis pour son implication sans faille au projet et pour sa réactivité dans les
moments critiques. Vous m’avez permis de présenter mes travaux dans de
nombreux congrès et je vous en suis très reconnaissante. Pour finir, merci aux deux
derniers membres du jury, et non les moindres, mes encadrants de thèse, Thierry
LIBOZ, maître de conférences au Laboratoire de Génie Chimique et Ahmed
LEBRIHI, professeur et directeur de l’ENSAT. Merci Thierry pour ton implication
au quotidien et surtout pour avoir corrigé le pavé sous la chaleur de l’été. Merci
Ahmed pour les conseils scientifiques avisés. Merci également à Florence
MATHIEU, professeur et responsable de l’équipe pour son aide.

Merci à tous pour la confiance que vous m’avez accordée.

Je tiens également à exprimer ma gratitude à Benoît VAN DER REST et
David ROUZINEAU pour leur bonne humeur et leurs bons conseils en matière
d’enseignements, bouffée d’air frais durant la thèse. J’ai beaucoup apprécié votre
compagnie ainsi que celles des étudiants de l’ENSAT.

Je vais maintenant passer à ceux qui ont participé de près ou de loin à mon
travail de recherche mais qui ont toujours été présents au laboratoire. Un énorme
merci à Patricia NOUVET alias « Pat », la petite maman de tous les thésards


passant par là, toujours prête à rendre service. Que serait le labo sans toi ? Merci
pour ton implication dans l’organisation du travail, pour tes conseils (et pas que
scientifiques n’est-ce pas…) et ta disponibilité à toute épreuve. Je garderai en
mémoire tous ces moments de convivialité passés ensemble. Merci à Marie-Carmen
MONJE, maître de conférences dans l’équipe qui a su faire régner la bonne humeur
tout en travaillant. Merci pour ta disponibilité, ta serviabilité et ton
dynamisme MCM.

Merci également aux stagiaires que j’ai martyrisés pendant ma thèse à savoir
Florent BRUNAUD et Jessica BOUAFIA, sans qui j’aurais du élaguer tout un pan
de ma recherche. Allez, vous avez survécus ! En tout cas, ce fut un plaisir pour moi
de vous bichonner. Merci à vous d’avoir amené du sang neuf et de nous avoir bien
fait rigoler.

Un grand merci à Anne-Claire CHORIN, ma compagne de labo pendant 3
ans (et de bien avant, ça ne nous rajeunit pas dis donc !). Merci pour ton aide au
quotidien et pour nos discussions interminables sur la thèse and co. Une petite
pensée à nos amis respectifs, obligés d’entendre parler d’HPLC, de spores et de
Saccharotrix sans pouvoir en placer une. Merci également à Muriel THULLIER qui
a également joué un grand rôle au début de ma thèse. Merci pour ton amitié et ta
bonne humeur à toute épreuve.

Je tiens à remercier les personnes présentes au laboratoire durant ces 3 ans.
D’abord, merci aux anciens, Ali ATOUI et André EL KHOURY qui nous ont passé
la main pour voguer vers la recherche libanaise. Merci à Nafees BACHA, doctorant
de la même fournée 2009. Merci de nous avoir fait découvrir la nourriture
pakistanaise avec Hussnein SIDDIQUE. Merci à Caroline STRUB pour les
discussions sur l’avenir et à Rafik ERRAKI… Merci à la belle brochette de
stagiaires : Céline, Nesrine, Diana, Aurélie, Florence, Samia, Slim, Rim, Hella,
Amina ... Merci à la bande algérienne Riba, Abdelghani, Farida, Rabiaa, Attika et
j’en oublie, pour les pauses cafés agrémentées de gâteaux tous meilleurs les uns que
les autres. Je voudrais également souhaiter une bonne retraite à notre
Gérard VIGNAU national ! Merci également aux autres membres du laboratoire,
José RAYNAL, Annie LEZSKOWICZ…
Merci aux « filles d’en face », Marianna POZLAVNU, Kheira HADJEBA et Virginie
FAUCET pour votre aide en culture cellulaire et en dépannage divers. Merci aux
thèsards et autres d’Ecolab (Bertrand, Geff, Timothée, Gaëlle, Laure, Sylvain,
Sophie…) pour les pique-niques en été et les bonnes rigolades dans le couloir. Merci
également à Jérôme SYLVESTRE et Georges MERLINA pour les dépannages de

tout ordre (odeur, matériel…). Même si je n’ai pas eu beaucoup le temps de faire
connaissance, je souhaite bonne route à Philippe et Stéphane au sein du labo.
Comme vous le voyez la liste est longue mais pas exhaustive. Je suis sûre d’en
oublier certains. Merci également à Gérard SURAN, toujours prêt à rende service.

Pour qu’une thèse se passe bien, il faut savoir décompresser. Merci donc à mes
amis pour les parties de rigolade et pour votre intérêt pour ce truc bizarre qui est la
thèse.

Je voudrais enfin remercier du fond du cœur ma famille et en particulier mes
parents, Christine et Claude, pour m’avoir toujours soutenue et pour m’avoir portée
jusque là. Merci notamment de m’avoir chouchoutée pendant ma rédaction. Merci à
mes sœurs, Anne-Laure et Florence, toutes tristes de ne pas voir leurs noms en gras
dans les remerciements dans la version provisoire. Allez, ça y est vous y êtes et
vous le méritez bien !! Pour finir, un énorme merci à Olivier pour m’avoir
soutenue et motivée et ce surtout dans la dernière ligne droite.



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