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Etude des interactions hôte/parasite chez l’huître plate Ostrea edulis et son parasite Bonamia ostreae, Study of host/parasite interactions in the flat oyster Ostrea edulis and the parasite Bonamia ostreae

De
363 pages
Sous la direction de Tristan Renault
Thèse soutenue le 28 septembre 2010: La Rochelle
L’histoire de l’ostréiculture française met en évidence la fragilité de cette production face à la surexploitation des stocks et l’apparition de maladies. En particulier, la production d’huître plate, Ostrea edulis, a fortement diminué suite à l’apparition de deux maladies parasitaires dont la bonamiose. Les moyens de lutte contre la bonamiose sont relativement restreints. Ils sont essentiellement basés sur la surveillance de la santé des huîtres afin de limiter la dissémination et la propagation de la maladie. Cependant l’utilisation de modèles prédictifs de l’évolution de la maladie en zone infectée permettrait d’optimiser la gestion des stocks et minimiser l’impact des agents pathogènes. De plus, le développement d’animaux résistants à l’infection pourrait permettre de relancer cette production. Ces différentes approches nécessitent des outils diagnostiques adaptés, une bonne connaissance du cycle de vie de l’agent pathogène, et, plus particulièrement des interactions du parasite avec son hôte. Dans ce contexte, l’objectif principal du travail de thèse proposé est de comprendre les interactions entre l’huître plate Ostrea edulis et son parasite Bonamia ostreae, et, plus particulièrement les bases moléculaires de la résistance au parasite. Dans un premier temps, la réalisation d’une banque soustractive d’ADNc a permis d’identifier des ESTs différentiellement exprimées chez des hémocytes en réponse au parasite. L’expression de certains gènes dont une galectine a été mesurée en PCR en temps réel dans le contexte d’infections in vitro. En complément, la réponse cellulaire a été étudiée par cytométrie en flux et l’infection contrôlée en microscopie. Ces expériences ont montré une multiplication parasitaire dans les hémocytes au cours du temps associée à une diminution de la production d’EOR et d’estérases. Dans un second temps, il a été entrepris une étude comparative entre une population d’huîtres plates résistantes à la bonamiose et une population naturelle. Les résultats obtenus tendent à montrer qu’une modulation de l’apoptose et une diminution de la phagocytose seraient impliquées dans les mécanismes liés à la résistance à la bonamiose. Ce travail est le premier à étudier la réponse des hémocytes d’huîtres plates à une infection par le parasite Bonamia ostreae au niveau cellulaire et moléculaire.
-Huître plate
-Ostrea edulis
-Hémocytes
-Bonamia ostreae
-Expression
-Interaction hôte-parasite
-Résistance
-Bonamiose
The history of the French oyster production highlights the fragility of this production against overexploitation and disease outbreaks. In particular, the production of flat oyster, Ostrea edulis, has decreased following the emergence of two parasitic diseases including bonamiosis. The means to fight against bonamiosis are relatively limited. They are mainly based on oyster health surveillance to limit the spread of the disease. However, the use of predictive models of disease progression in infected area would help to improve stock management and minimize the impact pathogens. Moreover the development of resistant animals could help to revive this production. These different approaches require appropriate diagnostic tools, a good knowledge of the life cycle of the pathogen, and the interactions between the parasite and its host. In this context, the main objective of the phD work is to understand the interactions between the flat oyster Ostrea edulis and the parasite Bonamia ostreae, and particularly the molecular basis of the resistance to the parasite. In a first step, a subtractive cDNA bank allowed the identification of ESTs differentially expressed in haemocytes in response to the parasite. Expression of some genes, among which a galectin, was measured by Real Time PCR in the context of in vitro infections. In addition, the cellular response was investigated by flow cytometry and the infection was checked by microscopy. These experiments showed a multiplication of the parasite inside haemocytes associated with a decreased of esterases and of the production of ROS. In a second step, a comparative approach was carried out between a population of oysters resistant to bonamiosis and a natural population. Results suggest that modulation of apopotosis and decrease of phagocytosis could be involved in mechanisms related to resistance to bonamiosis. This work is the first study on the response of haemocytes of flat oysters to an infection with the parasite Bonamia ostreae at the cellular and molecular levels.
-Flat oyster
-Ostrea edulis
-Bonamia ostreae
-Bonamiosis
-Interaction host-parasite
-Expression
-Resistance
-Haemocytes
-Suppressive subtractive hybridization
Source: http://www.theses.fr/2010LAROS305/document
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Université de La Rochelle
ED0523

IFREMER
Laboratoire de Génétique et Pathologie (La Tremblade)

THÈSE
présentée par :
Benjamin MORGA


soutenue le 28 Septembre 2010
pour l’obtention du grade de Docteur de l’Université de La Rochelle
Discipline : Océanologie biologie et environnement marin


Étude des interactions hôte/parasite chez l’huître plate
Ostrea edulis et son parasite Bonamia ostreae





JURY :

Paco BUSTAMANTE Professeur, Université de La Rochelle
Christine COUSTAU Chargé de recherche CNRS, Sophia Antipolis, Rapporteur
Christine PAILLARD Chargé de recherche CNRS, LEMAR, Brest, Rapporteur
Didier BOUCHON Professeur, Université de Poitiers, Examinateur
Sarah CULLOTY College Lecturer, University College Cork, Examinateur
Tristan RENAULT Cadre de recherche III IFREMER La Tremblade, Directeur de thèse
Isabelle ARZUL Cadre de recherche I IFREMER La Tremblade, Directrice scientifique

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Remerciements

Je tiens particulièrement à remercier Monsieur le Docteur Tristan Renault, Directeur du
laboratoire génétique et pathologie de La Tremblade pour m’avoir accueilli et encadré dans son
laboratoire pendant ces trois années de thèse. Je tiens également à remercier Monsieur Jean Prou,
Directeur de la station de La Tremblade, pour son accueil chaleureux et sa bonne humeur
quotidienne.

Je remercie l’Ifremer et la région Poitou-Charentes qui m’ont offert la possibilité de financer cette
thèse, sans oublier l’école doctorale de La Rochelle (particulièrement Jennifer et Brigitte). Je tiens
également à remercier Madame Sophie Le Boursicot, responsable de l’école de la Mer, grâce à qui,
la soutenance a pu se réaliser dans l’amphithéâtre « René Coutant » de l’aquarium de La Rochelle,
sous l’œil de Paul le poulpe …mais non de la tortue, Maïté.

Je tiens à remercier Monsieur le Professeur Paco Bustamente d’avoir accepté de participer à mon
Jury de thèse. Je remercie également Mesdames le Docteur Christine Coustau et le Docteur
Christine Paillard d’avoir accepté d’être les rapporteurs de mon manuscrit. Je remercie Monsieur le
Professeur Didier Bouchon d’être examinateur de cette thèse. Enfin, merci à Mrs Sarah Culloty
d’être examinatrice de cette thèse ; «Thank you very much for your come in La Rochelle for my
PhD defence, it’s very grateful for me ».

Cependant, mes plus vifs remerciements sont destinés à mes encadrants de thèse. Tout d’abord,
Monsieur le Docteur Tristan Renault qui a été mon directeur de thèse. Tristan, merci pour ton
implication, tes corrections et tes conseils qui ont été toujours riches et pertinents. Je n’oublierai
pas les nombreuses discussions que nous avons eues. C’est une chance pour moi de t’avoir eu
comme encadrant. Tu as toujours su trouver les mots pour me guider dans mon travail. Ce fut un
immense plaisir de travailler à tes côtés. Et malgré tes nombreuses activités, tu as toujours trouvé
le temps de répondre à mes questions. Tu as su me transmettre tout ton dévouement pour la
recherche. Pour tout cela, je te remercie énormément.

Enfin, le Docteur Isabelle Arzul qui fut ma responsable scientifique. Isabelle, c’est avec un petit
pincement au cœur que j’écris ces quelques lignes. Tu comprendras aisément qu’il m’est difficile de
trouver les mots exacts pour exprimer tous mes remerciements. Cela va bientôt faire quatre ans que
l’on travaille ensemble. Tout a commencé par mon stage de DEA, puis la thèse. Je te remercie,
d’avoir cru en moi et de m’avoir jugé capable de réaliser ce travail. Tu as su faire de cette thèse un
vrai moment de bonheur, en étant toujours présente, en me faisant confiance et en sachant me
guider dans les moments importants. Tu as été pour moi bien plus que ma responsable, j’ai
découvert une personne très attentionée. Il va m’être difficile de couper ce lien qui nous uni. Je
pourrai écrire de longues pages te concernant car j’aurai beaucoup de choses à dire. Mais je vais
résumer en t’adressant un immense MERCI. J’espère que l’on sera encore amené à travailler
ensemble dans le futur. Dans tous les cas, je te souhaite une bonne continuation tant dans ta vie
professionnelle que dans ta vie personnelle.
Ce fut un réel plaisir de travailler au sein du laboratoire génétique et pathologie de La Tremblade
et je remercie ici l’ensemble de l’équipe du LGP.

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Merci à Jean-Pierre, Céline, Cyrille, Emmanuelle, Bruno et Maeva pour leurs accueils au sein du
LCR. Emmanuelle, bonne continuation dans la petite maison Ifremer, merci pour ton aide en
histologie. Jean-Pierre merci pour tes nombreux conseils en microscopie ! Céline merci pour tes
conseils et ton accueil dans la cellule analytique et surtout pour la gestion de mes « lots ». Cyrille
merci, pour tes conseils en informatique ce fut un plaisir de partager quelques moments en ta
compagnie pendant une pause ou autre. Je n’oublierai pas non plus Maeva, mon petit rayon de
soleil tahitien ! Ce fut un plaisir de partager ces trois années en ta compagnie. Enfin, mon petit
Bruno ! Je ne sais pas quoi écrire à ton sujet… Déjà je ne te remercie pas tu n’as jamais voulu
couper mes blocs de microscopie électronique !!! Non, blague à part « t’as raison ma Brenda »,
comment ne pas te remercier mon petit Bruno « le roi de tous les kiki’s ». Je suis très heureux
d’avoir travaillé avec toi, je n’oublierai pas les manips ponctuées par de nombreuses blagues. Merci
pour tous ces moments de joie qui m’ont permis de connaître une personne formidable. Je ne les
oublierai pas.

Je tiens également à remercier les personnes de l’équipe pathologie Nicole, Philippe H., Denis et
Jean-François. Denis et Philippe merci pour vos conseils et votre aide. Jean-François mon brin
d’air Corse aux odeurs de maquis de figatelli et de Casa, merci pour toutes les discussions que nous
avons eu, conseils, magagnes et autres. Ce fut un énorme plaisir de t’avoir rencontré et d’avoir
travaillé avec toi. Enormes remerciements pour ton aide dans tous les domaines. Juste un petit
souvenir, je n’évoquerai que : Grado…A dopu,
Ah ! Nicole, il m’est difficile d’écrire les remerciements te concernant car les quelques lignes que je
vais écrire ne suffiront pas. Je n’ai qu’une chose à dire merci, je pense que tu es l’une des personnes
qui a contribué à la réalisation de ce travail en m’apportant ton aide technique, ton savoir et ta
gestion du laboratoire. Au delà, de tes compétences j’ai rencontré une personne humaine qui donne
toujours de son temps et qui fait de son mieux pour que tout se passe bien dans le laboratoire. « Le
petit ou ton petit lapin doré » comme tu m’as si bien surnommé te remercie énormément.

Merci également à l’équipe génétique du LGP, et notamment à Sylvie L. et Serge pour votre
expérience en génétique sur l’huître plate ainsi que pour le bon déroulement des infections.
Abdellah, merci pour les discussions que nous avons pu avoir et se fut toujours un plaisir de te
croiser dans les couloirs du labo. Lionel bonne continuation dans le petit monde des huîtres, ce fut
un plaisir de partager quelques moments.

Un grand merci à toute l’équipe de l’écloserie, et notamment : Raphaël, les Pascal(s), Jean
Christophe, Florence C. Philippe et Christophe, (Vous avez toujours réussi à trouver de la place
pour mes petites bêtes …).

Je remercie également Florence R. pour son aide et son accueil, je crois que cela va faire
maintenant huit ans que l’on s’est rencontré. Venir te voir dans ton bureau c’est toujours du
bonheur, n’oublies pas « la braderie d’Hossegor c’est toujours pour le week-end de Pâques ».
Martine merci à toi aussi, pour ton aide dans les commandes ainsi que les petites rigolades que
nous avons eues. Maryse et Véro, merci pour votre sourire et votre aide au cours de ces trois
années. Je tiens également remercier l’équipe du LERPC, merci de m’avoir accueilli pendant six
mois dans le bureau des « Mickeys », merci à Philippe G., Patrice & Annick, Jean-Luc, Oliver,

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Sylvie T., Patrick, Stéphane G. Stéphane R., et Daniel. Enfin, merci également aux personnes qui
animent le laboratoire de microbiologie de la station : Cyrielle, Jean-côme, Mathilde et Olivier.

Je remercie mes deux stagiaires que j’ai encadré durant ma thèse, Amélie et Sophie. Je remercie
également les nombreux stagiaires, thésard, Post doc ; Justine, Géraldine, Imma, Pilar, Sheila,
Maria, Antoine, Pierrick, Dimitri, Sophie, Céline, Manu. Yann, merci de m’avoir initié à
l’ultimate, merci aussi pour les petits conseils que tu as pu me donner, bonne continuation. Sophie,
merci pour ces moments passés dans le bureau, je te souhaite une bonne soutenance et aussi bonne
continuation. Julien petit pêcheur d’eau douce !, merci pour tes petits dessins remplis de talent
bonne continuation cela a été un plaisir de partager ces quelques années au laboratoire. Delphine
merci pour les petits moments que nous avons partagés notamment ceux partagés autour « des
gradients de percoll ».
Enfin, comment ne pas parler de mes « chtimis ». Christopher, merci pour tes précieux conseils, très
heureux d’avoir partagé une partie de ma thèse à tes cotés, sans oublier la vue de notre idole alias
« le Moscato ». Allez une petite pour la route ! « ces tennismans, ils sont chauds du réchaud c’est
des vrais baraques à frites ». Le Doc « alias David », ce fut vraiment un plaisir de partager ces
quelques mois avec toi, j’ai vécu de très bons moments. Je ne sais comment te remercier. En parlant
de toi, je ne peux oublier Delphine, merci de m’avoir accueilli chez vous avec mon doudou alias
mon torchon aux formidables odeurs de poiscaille. Merci à vous deux pour votre accueil et votre
soutien, mais n’oubliez pas attention aux confettis... En vous souhaitant une longue vie et puis
nous avons rendez vous dans peu de temps pour un heureux événement. Estelle bon courage pour
la fin de te thèse ! Tu vois on y arrive un jour !

Merci à tous mes fradés pour votre soutien et les bons moments que nous avons passé ensemble de
Wellington à Ouarzazate en passant par Corté puis Dax et Mimizan-Plage.

Merci à tous mes fradés pour votre soutien et les bons moments que nous avons passé ensemble de
Wellington à Ouarzazate en passant par Corté puis Dax et Mimizan-Plage.

Je tiens à remercier Micheline, Jean-Luc et Ludo pour votre soutien.


Je ne serais bien sûr jamais arrivé là sans l’aide et le soutien de ma famille, Kilou, Chantal,
Christine, Jean-Paul, Max, Marie-Claire, Elodie et Maxime, merci pour votre soutien et votre
amour. Merci à mes parents pour avoir toujours cru en moi, merci de m’avoir soutenu dans cette
voie, merci de votre présence, de vos encouragements, de vos conseils, de vos attentions constantes,
merci d’avoir parcouru des milliers de kilomètres pour venir me voir. Une grande émotion va à mes
deux grand-mères, je suis heureux de vous avoir eu à mes cotés et très heureux de vous offrir ce
travail qui est le fruit de tout votre soutien que vous m’avez donné depuis que j’ai vu le jour.

Mes derniers mots et pensées s’adressent à ceux qui nous ont quittés (trop tôt) et avec qui j’aurais
eu un énorme plaisir de partager ce moment privilégié.



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Pour conclure, j’adresse une tendre pensée à celle qui est dans mon cœur, Amélie, je tiens
profondément à te remercier pour ton soutien au quotidien, tes encouragements, et tes attentions
qui ont largement contribué à la réalisation de ce travail. Je t’en remercie de tout cœur.

Merci à vos tous
Adishat’s









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« La science consiste à passer d'un étonnement à un autre »
Aristote


















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