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Université Victor Segalen Bordeaux 2


2009

Thèse n°1679


THÈSE

pour le

DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ BORDEAUX 2

Mention : Sciences, Technologie, Santé

Option : Interface chimie biologie


Présentée et soutenue publiquement

Le 17 Décembre 2009

Par Benoît BAPTISTE



Foldamères d’oligoamides aromatiques :
des doubles hélices artificielles aux ligands de G-quadruplex






Membres du Jury


M. Philippe Karoyan Professeur, Université Paris 6 rapporteur
M. Philippe Le-Grel Maître de conférence, HDR, Université Rennes 1 rapporteur
M. Ivan Huc Directeur de recherche, CNRS examinateur
M. Jean-Michel Léger Professeur, Université Bordeaux 2 examinateur
M. Alain Dautant Chargé de recherche, CNRS invité
M. Gilles Guichard Directeur de recherche, CNRS invité















à Jeanne et Lison, Remerciements


Je remercie tout d’abord l’ensemble des membres du jury pour avoir accepté d’évaluer mon
travail, Philippe Le-Grel, Philippe Karoyan (mes rapporteurs) ainsi que Gilles Guichard et
Alain Dautant.
J’adresse ensuite un remerciement particulier à Jean-Michel Léger et Ivan Huc pour m’avoir
proposé ce sujet de thèse. Je retiendrai la confiance qu’ils m’ont accordée au cours de ces trois
années ainsi que la qualité de leur enseignement, leur rigueur et leur disponibilité. J’ai
beaucoup appris à leur coté.
J’ai eu la chance pendant ces trois années de travailler à l’interface de plusieurs disciplines et
dans différentes équipes de recherche : celle dirigée par Christian Jarry (mon équipe
d’accueil) pour la résolution des structures cristallographiques, celle d’Ivan Huc pour la
chimie et celle de Bernard Gallois pour la cristallogenèse. Une occasion d’échanger de riches
discussions sur de multiples aspects.
Je remercie donc les membres du labo de chimie physique (Bordeaux 2) : Stéphane pour tous
les services qu’il m’a rendu et sa disponibilité, Solène pour sa bonne humeur inébranlable,
Isabelle pour toutes ces discussions autour de l’enseignement, Jean, Christian, Jean-Jacques,
un post-doc vétéran, avec qui j’ai découvert la rando, le ski et le canyoning ainsi que Mathieu,
le nouveau, un renfort côté cristallo.
Merci également à toute l’équipe d’Ivan Huc : Fred et Yann, les piliers (pas seulement de la
machine à café), Jiang, Reddy, Zeyuan, qui ont travaillé à mes côtés sur divers aspects,
Tracey, Jone, Marine, Amol et Ting.
Merci à toutes les personnes qui m’ont initié à la recherche sur le terrain et avec lesquelles j’ai
pu avancer dans ce projet : Céline pour la synthèse et tout le reste, Béatrice pour la
cristallogenèse et ces dewars d’azote qu’on a rempli de cristaux, Alain pour l’utilisation du
robot de cristallisation, Brice pour les voyages au synchrotron le jour, la nuit, le week-end,
Katell pour m’avoir aidé à dompter ces molécules multichargées avec son spectromètre de
masse et Axelle pour son investissement en RMN.
Merci aussi à toutes celles et ceux que j’ai côtoyé et qui ont rendu mon quotidien agréable
Céline D., Marion, Mélanie D., Manu, Céline C., Mélanie M., Gaëlle, Chloée, Stéphane L.,
Stéphane C., Mouss, Rémi et j’en oublie certainement.
Merci à mes proches et particulièrement ma belle famille qui me soutient depuis le début de
mes études ainsi que mon frère Julien avec qui discuter remonte toujours le moral. Enfin,
merci à Jeanne pour son calme et sa patience illimitée, une source d’énergie inépuisable. Un
clin d’œil à ma fille, Lison, née fin Avril, qui a fait ses nuits rapidement. Abbréviations

HPLC : chromatographie liquide à haute performance
LC-MS : chromatographie liquide à haute performance couplée à la spectrométrie de masse
RMN : résonance magnétique nucléaire
COSY : Correlation Spectroscopy
NOESY : Nuclear Overhauser Enhancement Spectroscopy
ROESY : Rotating-frame Overhauser Spectroscopy
TOCSY : Total Correlation Spectroscopy
HMBC : Heteronuclear Multiple Bond Correlation
HMQC : Heteronuclear Multiple Quantum Coherence
THF : tétrahydrofurane
ACN : acétonitrile
DCM : dichlorométhane
DMSO : diméthylsufoxyde
AcOH : acide acétique
TFE : trifluoroéthanol
DIEA : di-isopropyléthylamine
PyBOP : benzotriazol-1-yl-oxytripyrrolidinophosphonium hexafluorophosphate
HOBt : hydroxybenzotriazole
HBTU
TIS : tri-isopropylsilane
Boc : t-butyloxycarbonyle
Fmoc : Fluorénylméthyloxycarbonyle
Z ou Cbz : carbamate de benzyle
SPPS : synthèse peptidique en phase solide
H : hydrogène
iBu : isobutoxy
4-mer : tétramère ; on appellera x-mer un oligomère constitué de x monomères


Logiciels

Les figures ont été réalisées avec Chemdraw ultra 10 (CambridgeSoft®), Coreldraw 10
(Corel®), la suite logicielle libre Blender (http://www.blender.org) et Discovery Studio
Visualizer 2.5 (Accelrys®).
Nomenclature