La lecture à portée de main
Découvre YouScribe en t'inscrivant gratuitement
Je m'inscrisDécouvre YouScribe en t'inscrivant gratuitement
Je m'inscrisDescription
Sujets
Informations
Publié par | Thesee |
Nombre de lectures | 118 |
Langue | English |
Poids de l'ouvrage | 45 Mo |
Extrait
Université de la Méditerranée – Aix-Marseille II
Faculté des Sciences de Luminy
THESE DE DOCTORAT
Présentée par
Guillaume LUXARDI
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE AIX-MARSEILLE II
Spécialité : Biologie des Eucaryotes
Fonctions biologiques et intégration des signaux BMP, FGF, Nodal et Notch au
cours de la différenciation et la morphogenèse de l’embryon de xénope.
Soutenue Publiquement le 3 décembre 2010, devant le jury composé de :
Christine VOLA Présidente du jury
Frédéric ROSA Rapporteur
Eric BELLEFROID Rapporteur
Thierry LEPAGE Examinateur
Laurent KODJABACHIAN Directeur de thèse
1 2
« On a toujours cherché des explications quand c’était des representations qu’on pouvait
seulement essayer d’inventer »
Paul Valéry
« Pour Juger des apparences que nous recevons des sujets, il nous faudrait un instrument
judicatoire ; pour vérifier cet instrument, il nous y faut de la demonstration ; pour vérifier la
demonstration, un instrument : nous voilà au rouet »
Montaigne
« It is not birth, marriage, or death, but gastrulation which is truly the most important time in
your life”
« Ce n'est pas la naissance, le mariage, ou la mort, mais la gastrulation qui est vraiment le
moment le plus important dans votre vie »
Lewis Wolpert
3 4 Remerciements
Je tiens tout d’abord à remercier Laurent KODJABACHIAN, mon directeur de thèse, qui m’a
aceuilli dans son equipe et qui m’a permis de réalisé ce travail, qui m’a encadré et parfois
« recadré », et grace à qui j’ai pu m’épanoullir, grandir et progrésser.
Je remercie aussi les membres du jury, Christine VOLA, Frédéric ROSA, Eric BELLEFROID et
Thierry LEPAGE qui ont accepté sans ésitation de juger ce travail.
Merci aussi au membre de mon Comité de thèse, Denis PUTIER et particuliérement Harold
CREMER et Sebastien DARRAS qui m’ont suivant tout au long de cette thèse et qui m’ont
permis d’eprouver mes idées farfelues.
Un grand merci au membre présent et passé de l’équipe, Leslie MARCHAL, Virginie THOME,
PierLuigi SCERBO, Céline GUICHARD, Sabrina BEYER, Laure LO RE, Alexandre ALTIE, Marie
CIBOIS qui m’ont supporté en tant que collègue de travail, collaborateur ou encadrant.
Merci au membre de l’instituts, chercheurs, étudiant et IATOS avec qui j’ai pu interagir et
faire évoluer mes idées.
A ma famille, mes amis, mes collègues, mes enseignant, encadrant et au personnes que j’ai
eu l’occasion de rencontrer sans qui je n’aurais pu arrivé jusque la, qui ont permis la
construction de l’esprit qui m’habite aujourd’huis au travers des diverses influences
consciente ou inconscientes que j’ai pu recevoir.
5 6 A. Introduction générale ............................................................................................23
1. Les communications cellulaires et les voies de signalisations ..................................................... 23
1.1 Mise en évidence des communications cellulaires .................................................................... 25
1.2 Principes généraux des communications cellulaires ................................................................. 29
2. Mécanisme universel du développement animal ....................................................................... 63
3. Le Xénope comme modèle d’étude. .......................................................................................... 95
3.1. Vue d’ensemble des grandes étapes du développement précoce ............................................ 97
3.2. Aspects morphologiques du développement précoce : La segmentation et le stade blastula ... 99
3.3. Aspects moléculaires de la mise en place et de la régionalisation des feuillets germinaux ..... 103
3.4 La gastrulation ....................................................................................................................... 119
3.4.1. Dynamique cellulaire pendant la gastrulation..................................................................... 119
3.4.2 Contrôle moléculaire de la gastrulation ............................................................................... 127
3.4.3 Comparaison du développement précoce des vertébrés ..................................................... 141
3.5 Formation des dérivés neuraux .............................................................................................. 149
3.5.1 La neurulation ..................................................................................................................... 149
3.5.2 Différenciation du système nerveux central ........................................................................ 151
3.5.3 Différenciation et mouvement des crêtes neurales ............................................................. 163
3.6 Différenciation de l’épiderme de xénope, un modèle d’étude des épithéliums muco-ciliaires.
.................................................................................................................................................... 169
B. Résultats .............................................................................................................. 177
1. Stratégie développée pour l’étude des fonctions des voies de signalisation au cours du
développement précoce du xénope. ........................................................................................... 177
1.1 Découvrir de nouvelles fonctions biologiques des voies de signalisation ................................ 179
1.2 Comprendre l'intégration des voies de signalisation pour contrôler un processus biologique . 179
1.3 Intégrer la fonction des voies de signalisation dans le temps et dans l'espace. ....................... 181
2. Étude du transcriptome contrôlé par les voies de signalisation BMP, FGF et Nodal au début de la
gastrulation................................................................................................................................. 183
7
8 2.1 Procédure expérimentale et analyse statistique .................................................................... 183
Réalisation de l'expérience de puces à ADN: ................................................................................ 183
Normalisation: ............................................................................................................................. 185
Statistique: .................................................................................................................................. 187
Annotation des gènes : ................................................................................................................ 187
Comparaison des gènes significativement dérégulés par les différents traitements entre eux : .... 189
Regroupement des gènes en fonction de leur variation d'expression: ......................................... 191
Le choix des méthodes d’analyse : ............................................................................................... 191
Validation expérimentale et identification de gènes de réponse immédiate : ............................... 193
2.2 Description globale des résultats de l'analyse et de la validation des puces ............................ 195
Les gènes régulés par BMP, FGF et Nodal partagent certaines fonctions cellulaires et se distinguent
par d’autres. ................................................................................................................................ 197
L'activation de la voie BMP dérégule plutôt des gènes neuraux et son inhibition des gènes
épidermiques :............................................................................................................................. 199
Une comparaison directe des conditions où la voie de signalisation est activée ou inhibée est plus
performante qu'une comparaison avec le contrôle: ..................................................................... 199
2.3 Comparaisons des jeux de données de notre expérience entre eux et avec des jeux
publiés. 201
Le SB431542 affecte préférentiellement les gènes connus pour être régulés par Nodal par rapport à
ceux connus pour être régulés par l'Activine : ..............................................................