Cette publication est uniquement disponible à l'achat
Achetez pour : 14,99 €

Téléchargement

Format(s) : PDF

avec DRM

Vous aimerez aussi

MÉMO VISUEL DEBIOCHIMIE L’ESSENTIEL EN FICHES
Xavier Coumoul Professeur à l’unîversîté Parîs Descartes Frédéric Dardel Professeur et présîdent de l’unîversîté Parîs Descartes Étienne Blanc Maïtre de conférences à l’unîversîté Parîs Descartes
Unîformîsatîon des îllustratîons : Bernadette Coléno
Photographîes de couverture : En haut à droîte : Émulsîon d’huîle dans de l’eau © Cobalt – Fotolîa.com En haut à gauche : Tubes à essaîs © î-stock/luchschen En bas à gauche : Coenzyme Q 10 ou ubîquînone (îcî sous forme de crîstaux) ©Bîosphoto/Alfred Pasîeka/Scîence Photo Lîbrary En bas à droîte : Répresseur de l’opéron lactose ixé au sîté opérateur © Frédérîc Dardel
© Dunod, 2016 5 rue Laromiguière, 75005 Paris www.dunod.com ISBN 978-2-10-074226-4
Fiche 1 Fiche 2 Fiche 3
Fiche 4 Fiche 5 Fiche 6 Fiche 7 Fiche 8 Fiche 9 Fiche 10 Fiche 11 Fiche 12 Fiche 13
Fiche 14 Fiche 15 Fiche 16 Fiche 17 Fiche 18 Fiche 19 Fiche 20
Fiche 21 Fiche 22 Fiche 23
Fiche 24 Fiche 25 Fiche 26
OMMENT UTILISER CET OUVRAGEC PRÉFACEBRÉVIATIONSA
Table des matières
Chapitre 1– La cellule et ses constituants
L’EAUETLESIONS L’eau et le vivant Les ions et le vivant La structure des glucides
LESGLUCIDES Les aldoses Les cétoses Les dérivés d’oses Les dérivés d’oses Les dérivés d’oses Les oligosaccharides Les homopolysaccharides Les homopolysaccharides Les glycoprotéines Les protéoglycanes
LESACIDESAMINÉSETPROTÉINES Les acides aminés Les acides aminés La liaison peptidique Le diagramme de Ramachandran La structure primaire des protéines La structure secondaire des protéines La structure tertiaire des protéines
LESLIPIDES Les acides gras – convention Les acides gras Les lipides membranaires
LESACIDESNUCLÉIQUESETDÉRIVÉSDENUCLÉOTIDES La structure des nucléotides La structure des polynucléotides L’ATP
X XI XIII
2 3 4
5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
15 16 17 18 19 20 21
22 23 24
25 26 27 III
I
V
Fiche 27 Fiche 28 Fiche 29
Fiche 30 Fiche 31 Fiche 32 Fiche 33 Fiche 34 Fiche 35 Fiche 36 Fiche 37 Fiche 38
Fiche 39 Fiche 40 Fiche 41
Fiche 42 Fiche 43 Fiche 44 Fiche 45
Fiche 46 Fiche 47 Fiche 48 Fiche 49
Fiche 50 Fiche 51 Fiche 52
Table des matières
La structure de l’ARN Les coenzymes principaux d’oxydoréduction Les coenzymes principaux de transfert L’ORGANISATIONDELACELLULE L’organisation de la cellule Les membranes plasmiques Les transports membranaires (passif et diffusif) Les transports membranaires (actif) Le pore nucléaire Les transports nucléocytoplasmiques La taille des génomes La taille des objets biologiques La classification des organismes
Chapitre 2– Les enzymes, des catalyseurs biologiques
LESGRANDESCLASSESDENZYMESETLESPRINCIPESDELACATALYSE La classification des enzymes La catalyse enzymatique Site actif et état de transition
LESENZYMESMICHAELIENNES Le modèle de MichaelisMenten L’inhibition compétive L’inhibition non compétive L’inhibition suicide
LESENZYMESALLOSTÉRIQUES Allostérie et coopérativité Les systèmes K Systèmes K et représentation de Hill Les systèmes V
Chapitre 3– Le métabolisme cellulaire
LESGRANDSPRINCIPESDESRÉGULATIONSMÉTABOLIQUES Le bilan métabolique Les effets des substrats et des produits La chaîne linéaire métabolique
28 29 30
31 32 33 34 35 36 37 38 39
42 43 44
45 46 47 48
49 50 51 52
54 55 56
Fiche 53 Fiche 54 Fiche 55 Fiche 56 Fiche 57 Fiche 58 Fiche 59 Fiche 60 Fiche 61 Fiche 62 Fiche 63 Fiche 64 Fiche 65 Fiche 66 Fiche 67 Fiche 68 Fiche 69 Fiche 70 Fiche 71 Fiche 72 Fiche 73 Fiche 74 Fiche 75 Fiche 76 Fiche 77 Fiche 78 Fiche 79 Fiche 80 Fiche 81 Fiche 82 Fiche 83 Fiche 84 Fiche 85 Fiche 86 Fiche 87 Fiche 88 Fiche 89 Fiche 90
La chaîne ramifiée métabolique La régulation par des protéines de contrôle La régulation par modification covalente La régulation par protéolyse
Table des matières
LEMÉTABOLISMEGLUCIDIQUE La glycolyse : phase de préparation La glycolyse : phase de restitution La régulation de la glycolyse Les points clés de la glycolyse La néoglucogenèse La régulation de la néoglucogenèse Structure et fonction du glycogène La synthèse du glycogène La dégradation du glycogène La voie des pentoses : phase oxydative La voie des pentoses : phase non oxydative LEMÉTABOLISMERESPIRATOIRE Le carrefour du pyruvate La mitochondrie La structure de la pyruvate déshydrogénase (PDH) La régulation de la pyruvate déshydrogénase (PDH) Le cycle de Krebs – réactions La régulation du cycle de Krebs L’ATP synthase : moteur de la cellule La chaîne respiratoire : couplage avec le cycle de Krebs La chaîne respiratoire : aspects énergétiques Cataplérose et anaplérose Les navettes mitochondriales LEMÉTABOLISMELIPIDIQUE Le catabolisme des acides gras : activation et transport mitochondrial Le catabolisme des acides gras : la bêtaoxydation Le catabolisme des acides gras à C impair ou insaturés La régulation du métabolisme des acides gras L’anabolisme des acides gras : du citrate au malonylCoA L’acide gras synthase L’acide gras synthase Le métabolisme des triglycérides Le métabolisme des triglycérides Le métabolisme du cholestérol Le métabolisme du cholestérol Le métabolisme des phospholipides
57 58 59 60
61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71
72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82
83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 V
Fiche 91 Fiche 92 Fiche 93 Fiche 94
Fiche 95 Fiche 96 Fiche 97 Fiche 98 Fiche 99
Table des matières
Fiche 100 Fiche 101 Fiche 102 Fiche 103
Fiche 104 Fiche 105 Fiche 106 Fiche 107
Le métabolisme des stéroïdes La glycéronéogenèse La cétogenèse La cétolyse LEMÉTABOLISMEAZOTÉ Introduction au métabolisme azoté Les transaminations Le cycle de l’urée L’anabolisme des acides aminés Le catabolisme des acides aminés QUELQUESMÉTABOLISMESPARTICULIERS Le métabolisme des purines Le métabolisme des pyrimidines Folates et métabolisme L’autophagie PARTICULARITÉSDUMÉTABOLISMEÉNERGÉTIQUEVÉGÉTAL La photophosphorylation Le cycle de Calvin Le métabolisme C4 Le métabolisme CAM
Chapitre 4– Réplication de l’ADN et division cellulaire
Fiche 108 Fiche 109
Fiche 110 Fiche 111 Fiche 112
Fiche 113 Fiche 114 Fiche 115
Fiche 116 Fiche 117 Fiche 118 Fiche 119 VI
STRUCTUREDESACIDESNUCLÉIQUESETDELACHROMATINE La chromatine La topologie de l’ADN
L’ORGANISATIONDESGÈNES Les topoisomérases L’organisation du génome Le contenu du génome
LARÉPLICATIONDELADN Les ADN polymérases La réplication La relecture
LESMÉCANISMESDECOMBINAISONETDERÉPARATION La recombinaison La recombinaison Les lésions de l’ADN Les lésions de l’ADN
95 96 97 98
99 100 101 102 103
104 105 106 107
108 109 110 111
114 115
116 117 118
119 120 121
122 123 124 125
Fiche 120 Fiche 121 Fiche 122 Fiche 123 Fiche 124 Fiche 125
Fiche 126 Fiche 127 Fiche 128
Fiche 129 Fiche 130 Fiche 131 Fiche 132 Fiche 133 Fiche 134 Fiche 135 Fiche 136 Fiche 137 Fiche 138 Fiche 139 Fiche 140 Fiche 141 Fiche 142 Fiche 143 Fiche 144 Fiche 145 Fiche 146 Fiche 147 Fiche 148 Fiche 149
Les mécanismes de réparation de l’ADN La réparation directe La réparation des mésappariements La réparation par excision de nucléotides La réparation par excision de base La réparation par recombinaison
LECYCLECELLULAIRE Les phases du cycle cellulaire Le contrôle du cycle cellulaire L’apoptose
Table des matières
Chapitre 5– L’expression des gènes
LASYNTHÈSEDESARN Les ARN polymérases Les promoteurs La transcription
LAMATURATIONDESARNMESSAGERS Maturation : la coiffe Maturation : la queue poly (A) Épissage des ARN Épissage des ARN Épissage des ARN La régulation de l’expression génétique La régulation de l’expression génétique
TRANSCRIPTIONINVERSEETRÉTROVIRUS La transcription inverse Les rétrovirus
L’EXPRESSIONDESPROTÉINES Le code génétique L’ARN de transfert La traduction des protéines La traduction des protéines La traduction des protéines La traduction des protéines Peptide signal et excrétion Le protéasome
LECONTRÔLEDEXPRESSIONÉPIGÉNÉTIQUE Épigénétique : méthylation de l’ADN
126 127 128 129 130 131
132 133 134
136 137 138
139 140 141 142 143 144 145
146 147
148 149 150 151 152 153 154 155
156 VII
Table des matières
Fiche 150 Fiche 151
Fiche 152 Fiche 153 Fiche 154 Fiche 155 Fiche 156 Fiche 157 Fiche 158 Fiche 159 Fiche 160 Fiche 161 Fiche 162 Fiche 163 Fiche 164
Fiche 165 Fiche 166 Fiche 167 Fiche 168 Fiche 169 Fiche 170 Fiche 171 Fiche 172 Fiche 173 Fiche 174 Fiche 175 Fiche 176 Fiche 177 Fiche 178 VIII
Épigénétique : code des histones Épigénétique : les miARN
Chapitre 6– La signalisation cellulaire
Introduction à la signalisation cellulaire La signalisation AMPc La signalisation calcique La signalisation NO La signalisation Notch La signalisationβcaténine La signalisation RTK La signalisation STAT La signalisation des intégrines La signalisation TGFβLa signalisation des récepteurs nucléaires La signalisation NFκB La signalisation des xénobiotiques
Chapitre 7– Les techniques d’étude biochimique
PRINCIPESGÉNÉRAUX Le couplage des techniques Les détergents La spectrophotométrie Les radioisotopes Électrophorèse – principe de séparation Électrophorèse – type de gel et analyse Électrophorèse en champ pulsé
LAPURIFICATIONDESPROTÉINES Séparation physique : l’ultracentrifugation Séparation physique : précipitation/solubilisation Séparation physique : dialyse/ultrafiltration La chromatographie liquide La chromotographie liquide
ANALYSEDELEXPRESSION,DELASTRUCTUREETDELAFONCTIONDESPROTÉINES Protéomique/Spectrométrie de masse La spectrométrie RMN
157 158
160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172
174 175 176 177 178 179 180
181 182 183 184 185
186 187
Fiche 179 Fiche 180 Fiche 181 Fiche 182 Fiche 183 Fiche 184 Fiche 185 Fiche 186 Fiche 187 Fiche 188 Fiche 189 Fiche 190 Fiche 191 Fiche 192 Fiche 193 Fiche 194 Fiche 195 Fiche 196 Fiche 197 Fiche 198 Fiche 199 Fiche 200 Fiche 201 Fiche 202 Fiche 203 Fiche 204 Fiche 205 Fiche 206 Fiche 207 Fiche 208 Fiche 209 Fiche 210 Fiche 211
Table des matières
Les méthodes de dosages protéiques Les méthodes de dosages protéiques La biologie structurale La biologie structurale La modélisation moléculaire Le western blot L’immunodétection – CoIP L’isoélectrofocalisation et le gel à deux dimensions
CLONAGE,TRANFECTION,TRANSGENÈSE La PCR Les enzymes de restriction Les plasmides L’ADN recombinant/clonage L’expression inductible L’inhibition de l’expression par des ARN interférent Les gènes rapporteurs GFP – applications La méthode de transfection par électroporation Les méthodes de transfection par endocytose La production de virus recombinants Les systèmes d’infection virale La transgenèse par microinjection La transgenèse par modification des cellules ES La sélection des cellules ES par la transgenèse Le système Cre/LoxP Le système CRISPR
L’ANALYSEDESACIDESNUCLÉIQUES Le Southern blot Le northern blot Les puces à ADN Le retard sur gel (EMSA) Le ChIP Le footprint Le séquençage Sanger Le séquençage nouvelle génération
INDEXCRÉDITSPHOTOGRAPHIQUES
188 189 190 191 192 193 194 195
196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212
213 214 215 216 217 218 219 220
221 226
I
X
tra n s c rip tio n in v e rs e m a rq u a g e flu o re s c e n t
A D N c A D N c m é la n g e h y b rid a tio n d e s p u c e s LLanallyssedessacciidessnucclléiiquess
7 chapitres Les grands axes de la bîochîmîe
Comment utiliser cet ouvrage
1
211 fiches réparties en7 chapitres
A R N m 1
A R N m 2
Et aussi… Une lîste des abrévîatîons employées dans l’ouvrage Un îndex complet
G è n e n o n e x p rim é
L’analyse des acides nucléiques
pour îllustrer chaque notîon împortante
G è n e e x p rim é d e m a n iè re é q u iv a le n ted a n s le s d e u x ty p e s d e c e llu le s
215
La cellule et ses constituants
Les notîons essentîelles du cours pour révîser rapîdement
600 schémas et photosen couleur
e x tra c tio n A R N
C e llu le c o n d itio n 1
C e llu le c o n d itio n 2
L ’in te n s ité d e flu o re s c e n c e p e rm e t d e d é te rm in e r le n iv e a u d ’e x p re s s io n d e l’A R N c o rre s p o n d a n t a u p o in t ; la c o u le u r p e rm e t d e fa ire la c o m p a ra is o n e n tre le s d e u x é c h a n tillo n s .
s c a n (flu o re s c e n c e )
X
G è n es o u s -e x p r im éd a n s le s c e llu le s 1 p a r ra p p o rt a u x c e llu le s 2
Il e x is te d e s p u c e s à A D N p e rm e tta n t d ’a n a ly s e r l’e x p re s s io n d u g é n o m e e n tie r d e n o m b re u s e s e s p è c e s (p o u r l’H o m m e la p u c e p e rm e t l’a n a ly s e d ’e n v iro n 2 2 0 0 0 g è n e s ).
G è n es u r -e x p r im éd a n s le s c e llu le s 1 p a r ra p p o rt a u x c e llu le s 2
C h a q u e p o in t c o n tie n t d e s s o n d e s d ’A D N s im p le b rin a y a n t u n e s é q u e n c e n u c lé o tid iq u e s p é c ifiq u e d ’u n g è n e . S e u ls le s A D N c a u x s é q u e n c e s c o m p lé -m e n ta ire s , m a rq u é s p a r le flu o ro p h o re ( ), v o n t s ’h y b rid e r.
FICHE Les puces à ADN 206 C e tte te c h n iq u e p e rm e t d ’a n a ly s e r à g ra n d e é c h e lle le n iv e a u d 'e x p re s s io n d e s g è n e s (v iala d é te c tio n d e s tra n s c rits A R N ) d a n s u n e c e llu le , u n tis s u , u n o rg a n e , u n o rg a n is m e , o u a p rè s u n s tim u lu s p a r ra p p o rt à u n é c h a n tillo n d e ré fé re n c e .