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OFFRE DE THESE : Cryptosporidiose chez les ruminants domestiques en France :
épidémiologie moléculaire et potentiel zoonotique

Nom et prénom de l’encadrant de thèse : PARAUD Carine/CHARTIER Christophe
Entité d’accueil :…Laboratoire d’Etudes et de Recherches Caprines. Agence Française de
Sécurité Sanitaire des Aliments Site de Niort
Date prévue pour le début de la thèse :…septembre 2010

Résumé du projet

Cryptosporidium sp. est un protozoaire parasite du tube digestif de nombreux vertébrés y
compris l’homme et les ruminants domestiques. Son cycle comprend une phase
parasitaire au cours de laquelle des multiplications intenses conduisent { l’émission dans
les matières fécales des éléments infectieux, les oocystes. La transmission se fait par voie
fécale-orale par contact direct entre hôtes ou de façon indirecte via l’eau ou les aliments
souillés.
La maladie qui résulte de l’infection, appelée cryptosporidiose, s’exprime par une
atteinte digestive (entérite) aussi bien chez l’homme que chez l’animal.
Cette maladie est ubiquitaire et revêt une importance en santé publique et en santé
animale, ces 2 aspects étant liés par l’existence d’espèces zoonotiques. L’espèce
zoonotique prépondérante est Cryptosporidium parvum et les ruminants nouveaux-nés
sont considérés comme la source la plus importante d’isolats zoonotiques de C. parvum.
Les données sur la cryptosporidiose abondent au niveau international mais sont limitées
dans la situation française tant ...
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OFFRE DE THESE: Cryptosporidiose chez les ruminants domestiques en France: épidémiologie moléculaire et potentiel zoonotique Nom et prénom de l’encadrant de thèse: PARAUD Carine/CHARTIER Christophe Entité d’accueil:…Laboratoire d’Etudes et de Recherches Caprines. Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments Site de Niort Date prévue pour le début de la thèse:…septembre 2010Résumé du projet Cryptosporidiumsp. est un protozoaire parasite du tube digestif de nombreux vertébrés y compris l’homme et les ruminants domestiques. Son cycle comprend une phase parasitaire au cours de laquelle des multiplications intenses conduisent { l’émission dans les matières fécales des éléments infectieux, les oocystes. La transmission se fait par voie fécale-orale par contact direct entre hôtes ou de façon indirecte via l’eau ou les aliments souillés. La maladie qui résulte de l’infection, appelée cryptosporidiose, s’exprime par une atteinte digestive (entérite) aussi bien chez l’homme que chez l’animal.Cette maladie est ubiquitaire et revêt une importance en santé publique et en santé animale, ces 2 aspects étant liés par l’existence d’espèces zoonotiques. L’espèce zoonotique prépondérante estCryptosporidium parvum etles ruminants nouveaux-nés sont considéréscomme la source la plus importante d’isolats zoonotiques deC. parvum. Les données sur la cryptosporidiose abondent au niveau international mais sont limitées dans la situation française tant au niveau humain qu’animal. Le rapport de l’AFSSA « Rapportsurles infections { protozoaires liées aux aliments et { l’eau: évaluation scientifique des risques associés à Cryptosporidium sp. »paru en septembre 2002 en faisait déjà le constat et proposait 6 axes de recherche prioritaires, avec en particulier un axesur l’émission et la diffusion du danger dans lequel s’inscrit le présent projet.L’objectif est de fournir des données d’épidémiologie descriptive et moléculaire sur la cryptosporidiose des ruminants qui permettront de développer des moyens rationnels deprévention et de contrôle. Au travers d’études épidémiologiques descriptives et analytiques réalisées parallèlement par l’équipe de parasitologie, la caractérisation quantitative et qualitative de l’émission d’oocystes deCryptosporidium spsera réalisée par des approches longitudinale et transversale, principalement chez les bovins, mais intégrera également de manière plus ponctuelle les ovins et les caprins. Plus précisément, la caractérisation moléculaire des isolats deCryptosporidiumhébergés sp par les ruminants permettra de mieux cerner la circulation des différentes espèces au sein des populations de ruminants et de déterminer le potentiel zoonotique des oocystes émis en s’attachant en particulier au génotypage infraspécifique deC. parvum. Les caractéristiques génétiques ainsi déterminées seront rapprochées des caractéristiques des isolats humains collectés dans le même temps via le réseau humain de surveillance de la cryptosporidiose, Crypto-Anofel/InVS afin de déterminer la diversité et la structure génétique des populations deC. parvumen France.
Objectifs Objectif 1 : Epidémiologie moléculaire de la cryptosporidiose en élevages de ruminants -Etablir la dynamique d’excrétion deCryptosporidiumplan quantitatif et qualitatif au (génotypage au niveau spécifique) en fonction de l’hôte, de l’âge et du statut clinique.- Définir le rôle de réservoir joué par les ruminants adultes vis-à-vis des nouveau-nés. Objectif 2 : Génotypage infraspécifique des isolats deC. parvum- Caractériser le potentiel zoonotique des isolats deC. parvum retrouvéschez les ruminants domestiques. - Décrire la diversité génétique deC. parvum chezles ruminants en France par une approche de génotypage multilocus. Explorer la structure génétique des populations de C. parvum chezces mêmes animaux et établir le rôle structurant de la géographie, de l’espèce hôte et des manifestations cliniques.Profil recherchéformation M2R en Microbiologie/parasitologie, diplôme obtenu en 2010 compétences techniques en biologie moléculaire : extraction ADN, (q)PCR, optimisation des méthodes PCR, bioinformatique L’inscription en thèse de doctorat se fera auprès de l’ED n°523, Université de Poitiers.Candidatures (CV+lettre de motivation) :à adresser avant le 31/07/2010 par mail à : Dr. Carine Paraud (c.paraud@afssa.fr),  Dr.Christophe Chartier (c.chartier@afssa.fr).
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