Des poissons sous influence ? : une analyse à large échelle des relations entre les gradients abiotiques et l’ichtyofaune des estuaires tidaux européens, Fish under influence? : a large-scale analysis of relations between abiotic gradients and fish assemblages of European tidal estuaries

Delphine Nicolas

Description

Sous la direction de Philippe Boët
Thèse soutenue le 02 juillet 2010: Bordeaux 1
Cette thèse cherche à déterminer l’influence de l’environnement abiotique sur la structure des assemblages de poissons dans les estuaires européens tidaux à partir d’une approche macroécologique. L’environnement abiotique de 135 estuaires, du Portugal à l’Ecosse, est caractérisé par une quinzaine de descripteurs en utilisant une approche écohydrologique. Les assemblages de poissons d’une centaine d’estuaires sont caractérisés par les données de pêche acquises au cours de campagnes scientifiques conduites dans le cadre de la Directive-Cadre européenne sur l’Eau (DCE). Néanmoins, ces données sont souvent hétérogènes du fait des différences entre les protocoles d’échantillonnage utilisés. Afin de limiter cette hétérogénéité, une sélection rigoureuse et une procédure de standardisation des données ont été effectuées. Les assemblages de poissons sont décrits à l’aide d’indices globaux ou fonctionnels relatifs à la richesse spécifique et à l’abondance. A l’aide de modèles linéaires généralisés, des relations sont établies entre des attributs de l’ichtyofaune et des gradients abiotiques à large échelle et au sein de l’estuaire. La richesse spécifique totale, et en particulier celle des espèces marines et migratrices amphihalines, augmente avec la taille de l’estuaire. De plus, elle apparaît plus élevée dans les estuaires associés à un large plateau continental. Les plus fortes densités totales et, en particulier, celles des espèces résidentes et marines, sont associées aux estuaires présentant une grande proportion en zones intertidales. Les assemblages de poissons estuariens apparaissent fortement structurés par le gradient de salinité à la fois en termes de richesse spécifique et de densité. En parallèle, cette thèse apporte des éléments témoignant d’un décalage vers le Nord de plusieurs espèces de poissons estuariens dans le contexte du réchauffement climatique global. Les résultats de cette thèse contribueront à l’amélioration des indicateurs biotiques basés sur l’ichtyofaune qui sont actuellement développés dans le contexte de la DCE.
-Assemblages de poissons
-Filtres environnementaux
-Estuaires tidaux
-Modèles linéaires généralisés
-Europe
-Macroécologie
Based on a macroecological approach, this thesis aims at determining the influence of the abiotic environment on the structure of fish assemblages among European tidal estuaries. The abiotic environment of 135 North-Eastern Atlantic estuaries from Portugal to Scotland was characterised by fifteen descriptors using an ecohydrological approach. The fish assemblages of about a hundred estuaries were characterised by fish data collected during scientific surveys conducted in the context of the European Water Framework Directive (WFD). Nonetheless, differences among sampling protocols resulted in highly heterogeneous datasets. To limit this heterogeneity, a rigorous selections and standardisation processes were carried out. Fish assemblages were described by total or functional indices related to species richness or abundance. Relationships were identified between large-scale and intra-estuarine abiotic gradients and fish attributes by fitting generalised linear models. Results showed that the total number of species, and more especially of marine and diadromous species, increased with the estuary size. Moreover, the total species richness appeared higher in estuaries associated to a wide continental shelf. The greatest total densities, and more particularly total densities of resident and marine species, were associated to estuaries with a great proportion of intertidal areas. Fish assemblages appeared also strongly structured by the salinity gradient in terms of both species richness and density. Furthermore, this thesis brought some evidence of northward migration of estuarine fish species in the context of the global warming. The results of this thesis will contribute to improve the fish indicators that are currently developed in the context of the European WFD.
-Fish assemblages
-Tidal estuaries
-Europe
-Macroecology
-Environmental filters
-Generalised linear models
Source: http://www.theses.fr/2010BOR14045/document

Informations

• Publié par: Thesee
• Nombre de lectures: 60
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 5 Mo

Extrait

N° d’ordre: 4045
UNIVERSITÉ DE BORDEAUX I
ÉCOLE DOCTORALE SCIENCES & ENVIRONNEMENT
THÈSE
pour obtenir le grade de
DOCTEUR SPÉCIALITÉ ÉCOLOGIE AQUATIQUE
DES POISSONS SOUS INFLUENCE ?
UNE ANALYSE À LARGE ÉCHELLE DES RELATIONS
ENTRE LES GRADIENTS ABIOTIQUES ET L’ICHTYOFAUNE
DES ESTUAIRES TIDAUX EUROPÉENS
Soutenue publiquement le 2 Juillet 2010
par
Delphine NICOLAS
d e v a n t le ju r y c o m p o s éd e:
Rapporteurs : Mike ELLIOTT, Professeur, IECS, Université de Hull, Angleterre
Patrice FRANCOUR, Professeur, ECOMERS, Université de Nice-Sophia Antipolis
Examinateurs : Jan BREINE, Directeur de recherche, INBO, Groenendaal, Belgique
Antoine GRÉMARE, Professeur, EPOC, Université de BordeauxI, Arcachon
Olivier LE PAPE, Professeur, Pôle Halieutique, Agrocampus Ouest, Rennes
Directeur de thèse : Philippe BOËT, Directeur de recherche, Ecosema, Cemagref, Bordeaux
‘Relations’, ‘liens’, ‘interactions’… sont les maîtres‐mots de cette thèse, qui s’intéresse à l’influence d’un 
milieu complexe et dynamique, l’estuaire, sur sa composante ichtyofaunistique, les poissons. L’estuaire, un lieu 
de transition aux multiples facettes, où danse avec plus ou moins d’harmonie une panoplie de processus à 
diverses échelles. Des poissons qui entrent dans cette mouvance, s’enivrent des ressources, jouent avec les flux… 
Au‐delà, cette thèse rime avec ‘relations’ de travail et ‘liens’ de collaboration, non seulement à une 
échelle locale, au sein de mon laboratoire d’accueil, le Cemagref, mais également à une échelle nationale 
(Université de Bordeaux1, Agrocampus Ouest de Rennes, Agences de l’eau) et surtout, à travers la collecte des 
données, à une échelle européenne (Université de Hull, Agence de l’environnement – Angleterre, Université de 
Lisbonne – Portugal, AZTI – Pays Basque Espagnol). De plus, la communication et la publication des résultats ont 
apporté une dimension internationale à ces échanges (participations aux colloques ECSA 44 ‐ Bahia Blanca, 
Argentine – et ECSA 47 – Figueira Da Foz, Portugal).  
Par ailleurs, cette thèse a été pour moi l’opportunité d’explorer la région Aquitaine, sa capitale Bordeaux, 
son estuaire girondin, ses grands espaces landais, ses vagues… « Ma thèse » résonne avec l’univers que je m’y 
suis créé depuis mon arrivée. Trois ans et demi de cheminement, de rencontres et d’expériences qui m’auront 
certainement aidée à devenir une ‘grande’, comme dirait Professeur Le Pape. Tant de personnes qui ont 
compté, de près comme de loin, à qui j’adresse ici mes plus sincères remerciements. 
 
Je voudrais commencer par remercier Paul Gonthier, chef de l’unité de recherche ‘Ecosystèmes estuariens 
et Poissons Migrateurs amphihalins’ (EPBX), pour son accueil amical, sa maîtrise des soucis administratifs et 
plus encore, son impressionnante capacité de travail.  
 
Je tiens également à remercier tous les membres de mon jury de thèse qui ont pris le temps d’évaluer 
mon travail et qui, durant toute la soutenance, ont résisté avec patience à la chaleur… sans ventilo ! Un merci 
tout particulier aux deux rapporteurs de ce manuscrit, Professeur Mike Elliott et son ‘traducteur‐décrypteur’ 
niçois, Professeur Patrice Francour. 
Mike, thank you very much for your welcome in your IECS lab (where I stayed for the two best months of 
the year: February and March 2007). I had a great time with your team (Shona, Daryl, Krysia, Krystal, Nick, Will, 
Chris, Paul…). It was short, freezing but I keep plenty of extraordinary souvenirs: the moody fishing surveys with 
Rafael and Oliver, the seabird survey with Lucas, the wet mountain trip, the Deep, and so many good moments 
with Sue Travers, my lovely host. J’en profite ici pour remercier Steve Coates et toute son équipe pour leur 
accueil ROYAL pendant une semaine dans leur agence de l’environnement à Greenwich. 
Merci à Jan Breine, partenaire belge DCE (Directive européenne Cadre sur l’Eau), pour son humour, sa 
sympathie et ses questions pertinentes. Merci à Antoine Grémare, directeur de la station d’Arcachon, pour sa 
présidence, ses remarques judicieuses et sa proposition pour assurer des cours de stats. 
Merci à Olivier Le Pape. Je garde un excellent souvenir de mon passage à Rennes, où tu m’as lancé avec 
patience sur la voie des stats et de ‘l’halieutisme’. Tes conseils d’organisation ont été appliqués à la lettre 
pendant toute cette thèse. Et un immense merci pour ton suivi à distance avec ta clairvoyance et ta réactivité 
toujours record. 
 
Je  remercie  vivement  Philippe  Boët,  mon  directeur  de  thèse.  Merci  pour  ta  grande  écoute,  ton 
humanisme et ton soutien à toute épreuve. Cette thèse n’aurait pas eu son pareil sans tes grandes idées 
écologiques. Et dorénavant, je ne verrai plus les articulations logiques de la même manière ! 
i 



 
Je remercie chaleureusement Jérémy Lobry, mon assistant particulier de thèse. Merci pour ton regard 
d’écologue avisé, ta plume, ta sensibilité, ton don pour relever les points positifs et ton soutien total. 
Un grand merci à son compère, Hilaire Drouineau, animateur dans l’âme (l’algecon). Merci pour ton 
apport inespéré en statistiques en fin de thèse et tes remarques judicieuses sur le manuscrit.  
Une pensée à Maud Cottet, exilée au Laos, qui fut une récolteuse de données en or. Merci pour ton 
efficacité et ton énergie. 
Merci  à  Aurélie  Chaalali,  ‘ma’  stagiaire  M2,  amatrice  de  stats.  Merci  pour  ton  sérieux  et  ton