Le concept de niche écologique associé à la co-existence des espèces végétales : mise en évidence du rôle de la symbiose mycorhizienne et de sa microflore associée dans la structuration de la strate herbacée en milieu tropical, The concept of ecological niche associated with the coexistence of plant species : role of mycorrhizal fungi and their associated microflora in herbaceous layer structuration in tropical ecosystems

Arsène Alain Sanon

Description

Sous la direction de Jacques Berthelin
Thèse soutenue le 12 janvier 2009: Université Cheikh Anta Diop de Dakar (Sénégal), Nancy 1
Des écosystèmes sahéliens ont été étudiés afin de préciser le rôle de la symbiose mycorhizienne et de la flore mycorhizosphérique dans la structuration des communautés végétales. Les expérimentations ont porté sur trois états d’évolution des systèmes sol–microorganismes–plantes : (i) l’implication des champignons mycorhiziens à arbuscules (champignons MA) dans les mécanismes de co-existence végétale dans un écosystème herbacé faiblement anthropisé ; (ii) l’étude de l’influence des champignons MA dans l’atténuation des effets allélopathiques des essences exotiques à croissance rapide [Gmelina arborea, Eucalyptus camaldulensis] sur les organismes natifs (communautés microbiennes et herbacées) et enfin, (iii) l’étude de l’invasion du sol par une herbacée exotique (Amaranthus viridis) sur la structure et le fonctionnement de certaines communautés microbiennes du sol (champignons MA, bactéries totales, rhizobia), la disponibilité dans le sol de C, N, P et la régénération de cinq espèces d’Acacia sahélien. Les résultats indiquent que (i) la présence et l’abondance des champignons MA dans le sol, ainsi que la richesse en phosphore, peuvent fortement influencer la répartition des espèces végétales ; (ii) les champignons MA constituent des agents biologiques qui favorisent la croissance des plantes et permettent de restaurer les sols dégradés et de promouvoir la biodiversité végétale et enfin, (iii) l’invasion de Amaranthus viridis, une espèce végétale peu mycotrophe, modifie profondément certaines caractéristiques biochimiques du sol et réduit significativement les potentiels infectieux mycorhizien et rhizobien dans le sol, compromettant ainsi la survie des plants d’Acacia. Cependant, l’inoculation des plants avec des propagules de champignon MA permet d’atténuer significativement l’effet dépressif de la plante invasive sur le développement des Acacias.
-Endomycorhizes à vésicules et arbuscules ; Mycorhizes ; Plantes envahissantes.
Sahelian ecosystems have been studied to define the role of mycorrhizal symbiosis and mycorrhizospheric flora in plant communities’ structuration. The study concerns three main levels of soil – microorganisms – plant systems evolution: (i) the implication of Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) like Agent-mediated coexistence processes in an herbaceous weakly disturbed ecosystem; (ii) the study of the impact of AMF like Agent-mediated allelopathic effect of exotic fast growing trees [Gmelina arborea Roxb, Eucalyptus camaldulensis] on endogenous organisms (herbaceous and soil microbial communities) and lastly, (iii) the study of soil invasion by an exotic herbaceous plant [Amaranthus viridis] on soil microbial community (AMF, total bacteria, rhizobia) structure and function, on C, N, P availability in soil and, on the regeneration of five sahelian Acacia species. The results indicate that (i) the presence and abundance of AMF in soils, associated with P availability, could strongly mediate plant species coexistence processes and thus, determine plant species partitioning in terrestrial ecosystems; (ii) AMF’s are biological agents which optimize plant growth, restore degraded lands and promote plant biodiversity and finally, (iii) Amaranthus viridis, a very weakly mycotrophic plant species, alters soil chemistry and promotes a reduction in soil mycorrhizal and rhizobial communities after its invasion, thus compromising the survival of Acacia seedlings. Furthermore an increase in soil mycorrhizal propagules could make it possible to mitigate significantly the depressive effect of the invasive plant on the re-establishment of these Acacia species.
Source: http://www.theses.fr/2009NAN10004/document

Sujets

• Mycorhize

Informations

• Publié par: Thesee
• Nombre de lectures: 97
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 2 Mo

Extrait

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École Doctorale RP2E Université Cheikh Anta Diop de Dakar (Sénégal)
Université Henri Poincaré Faculté des Sciences et Techniques
U.F.R. Sciences et Techniques STMP Département de Biologie Végétale
Faculté des Sciences et Techniques

Thèse
présentée en vue de l’obtention du titre de
Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy I
en Géosciences
(thèse en co-tutelle)

par Arsène Alain SANON

Le concept de niche écologique associé à la co-existence des espèces
végétales : mise en évidence du rôle de la symbiose mycorhizienne
et de sa microflore associée dans la structuration
de la strate herbacée en milieu tropical


Soutenue publiquement le 12 janvier 2009

Membres du jury :

Mme Corinne LEYVAL Directeur de Recherche – CNRS-LIMOS, Nancy Présidente
Mme Monique CARNOL Professeur – Université de Liège Rapporteur
M. Jean Charles MUNCH Professeur – Technical University of Munich Rapporteur
M. Marc-André SELOSSE Professeur – Université de Montpellier II Examinateur
M. Ibrahima NDOYE Professeur – UCAD, Dakar Examinateur
M. Jacques BERTHELIN Directeur de Recherche – CNRS-LIMOS, Nancy Directeur de thèse
M. Robin DUPONNOIS Directeur de Recherche – IRD, Dakar Directeur de thèse
M. Samba Ndao SYLLA Maître de Conférences, HDR – UCAD, Dakar Directeur de thèse
M. Rodolphe SPICHIGER Professeur – Université de Genève Invité




Laboratoire des Interactions Microorganismes – Minéraux – Laboratoire Commun de Microbiologie IRD/ISRA/UCAD
Matière Organique dans les Sols Centre de Recherche de Bel Air
UMR 7137 C.N.R.S. – Nancy Université BP 1386 CP 18524
Faculté des Sciences et Techniques BP 70239 Dakar - Sénégal
54506 Vandoeuvre-lès-Nancy Cedex - France





École Doctorale RP2E Université Cheikh Anta Diop de Dakar (Sénégal)
Université Henri Poincaré Faculté des Sciences et Techniques
U.F.R. Sciences et Techniques STMP Département de Biologie Végétale
Faculté des Sciences et Techniques

Thèse
présentée en vue de l’obtention du titre de
Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy I
en Géosciences
(thèse en co-tutelle)

par Arsène Alain SANON

Le concept de niche écologique associé à la co-existence des espèces
végétales : mise en évidence du rôle de la symbiose mycorhizienne
et de sa microflore associée dans la structuration
de la strate herbacée en milieu tropical


Soutenue publiquement le 12 janvier 2009

Membres du jury :

Mme Corinne LEYVAL Directeur de Recherche – CNRS-LIMOS, Nancy Présidente
Mme Monique CARNOL Professeur – Université de Liège Rapporteur
M. Jean Charles MUNCH Professeur – Technical University of Munich Rapporteur
M. Marc-André SELOSSE Professeur – Université de Montpellier II Examinateur
M. Ibrahima NDOYE Professeur – UCAD, Dakar Examinateur
M. Jacques BERTHELIN Directeur de Recherche – CNRS-LIMOS, Nancy Directeur de thèse
M. Robin DUPONNOIS Directeur de Recherche – IRD, Dakar Directeur de thèse
M. Samba Ndao SYLLA Maître de Conférences, HDR – UCAD, Dakar Directeur de thèse
M. Rodolphe SPICHIGER Professeur – Université de Genève Invité




Laboratoire des Interactions Microorganismes – Minéraux – Laboratoire Commun de Microbiologie IRD/ISRA/UCAD
Matière Organique dans les Sols Centre de Recherche de Bel Air
UMR 7137 C.N.R.S. – Nancy Université BP 1386 CP 18524
Faculté des Sciences et Techniques BP 70239 Dakar - Sénégal
54506 Vandoeuvre-lès-Nancy Cedex - France
Remerciements
Remerciements

Les mots sont souvent insuffisants pour exprimer ses remerciements aux personnes qui vous ont
aidés à grandir et mûrir, et se sentir bien en place dans la vie comme au travail.
Je commencerai par ma famille, ma mère et mon père qui ont toujours cru en moi et toujours donné les
moyens d’aboutir à ce que j’avais décidé de réaliser dans la vie. Jamais je ne vous en remercierai assez.
Mes sœurs, Eugénie, Béatrice et Patricia et mon frère Hervé que je n’ai pas eu l’occasion de voir souvent
depuis que j’ai entamé cette thèse, je sais que vous pensez beaucoup à moi, en témoignent les cadeaux dès
que vous en avez l’occasion. Un très grand merci également à François d’Assise YAMÉOGO (mon beau
frère !!!) pour l’oreille attentive, les conseils et le soutien inestimable. À mes neveux Arold Edson (mon
filleul !!!) et Steve Donald, je ne vous ai pas vu grandir... J’en suis désolé ! À ma sœur Irène, qui fût enlevée
très tôt à notre affection. Je te porte toujours dans mes pensées.
Merci également à Robert COMPAORÉ, son épouse Suzanne et leurs deux fils Elvis et Irwin. Vous connaître
a été fort plaisant !!
Ce travail est le fruit d’un long chemin entamé depuis juillet 2003 au laboratoire de Biopédologie du
centre IRD de Ouagadougou (Burkina Faso) où je réalisais mes premières expériences en microbiologie du
sol dans le cadre de mon stage de DESS. Robin DUPONNOIS a ainsi le mérite de m’avoir initié au monde
oh combien grandiose des mycorhizes. J’ai donc continué ce bout de chemin qui s’est ensuite traduit par la
réalisation de mon stage du DEA National de Sciences du Sol (dont les cours théoriques ont été effectués à
Nancy) encore au laboratoire de Biopédologie de Ouagadougou. Je faisais au cours de ce DEA la rencontre
de Jacques BERTHELIN qui a aussitôt accepté de co-encadrer mon stage de DEA. Grâce à ces deux
encadreurs, l’idée de pouvoir continuer en thèse est devenue une réalité pour moi. À la faveur de
l’affectation de R. DUPONNOIS au centre IRD de Dakar (Sénégal) en 2005, je me retrouvais alors à faire la
thèse entre le Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les Sols
(LIMOS, UMR 7137) de Nancy et le Laboratoire Commun de Microbiologie IRD/ISRA/UCAD (LCM) de
Dakar. Samba Ndao SYLLA de l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar acceptait lui aussi de faire partie de
mon encadrement. J’ai donc eu la chance d’avoir trois directeurs de thèse que je remercie sincèrement et
très vivement pour l’intérêt qu’ils ont toujours porté à mes travaux. Je tiens également à leur exprimer toute
ma gratitude pour leur rigueur scientifique, leur constante disponibilité et pour la qualité des relations
humaines.
Je veux dire toute ma reconnaissance aux membres du jury. Merci à Corinne LEYVAL d’avoir bien
voulu le présider, à Monique CARNOL et Jean-Charles MUNCH d’avoir accepté d’être rapporteurs de ce
travail, à Marc-André SELOSSE, Ibrahima NDOYE et Rodolphe SPICHIGER d’avoir accepté d’y prendre
part en tant qu’examinateurs et chercheur invité respectivement. Remerciements
Je tiens à remercier Corinne LEYVAL, directrice du LIMOS et Samba SYLLA, directeur du LCM à
mon arrivée à Dakar, de m’avoir accepté dans leurs laboratoires respectifs et de m’avoir permis de
travailler dans de bonnes conditions. Ces lignes traduisent toute mon admiration et ma reconnaissance.
J’ai rencontré des personnes de qualité durant mes séjours dans les deux laboratoires. Au LIMOS,
Thierry BEGUIRISTAIN et Aurélie CEBRON m’ont été d’une précieuse aide lors de mes expérimentations
de biologie moléculaire. À mes collègues thésards et post-doc du LIMOS: Norbert, Emile, Jeanne, Paul-
Olivier, Clarisse, Brice, Cécile, Fabien et Goshia, je leur dis merci pour les bons moments à la nancéenne.
Collette (merci grandement d’avoir lu mon man