Structural insights into RNA binding by NusA and interaction studies of Nun with E. coli Nus factors [Elektronische Ressource] / vorgelegt von Pagadala Santhanam Sujatha

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Structural insights into RNA binding by NusA and interaction studies of Nun with E. coli Nus factorsDissertationZur Erlangung des Doktorgradesder Fakultät Biologie, Chemie und Geowissenschaftender Universität Bayreuthvorgelegt vonM. Sc.Pagadala Santhanam SujathaBayreuth 2008Die vorliegende Arbeit wurde von August 2005 bis Juli 2008 a m Lehrstuhl für Struktur undChemie der Biopolymere der Universität Bayreuth unter der Leitung von Prof. Dr. Paul Röschangefertigt.Vollständiger Abdruck der von der Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften derUniversität Bayreuth genehmigten Dissertation zur Erlangung des akademischen Grades einesDoktors der Naturwissenschaften (Dr. rer. Nat.).Promotionsgesuch eingereicht am : 16.07.2008Tag des wissenschaftlichen Kolloquiu22.10.2008ms:Erster GutachtePr :rof. D r. Paul RöschZweiter GutachtPer: r. Matthias UllmannVorsitzender: Prof. Dr. Andreas FeryPr. Rainer Schobert With fond memories of my mom CONTENTS I Contents1. Introduction......................................................................................................................1 1.1 Bacteriophages................................................................................................................1 1.
Publié le : mardi 1 janvier 2008
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Structural insights into RNA binding by NusA
and interaction studies of Nun with E. coli Nus factors
Dissertation
Zur Erlangung des Doktorgrades
der Fakultät Biologie, Chemie und Geowissenschaften
der Universität Bayreuth
vorgelegt von
M. Sc.
Pagadala Santhanam Sujatha
Bayreuth 2008Die vorliegende Arbeit wurde von August 2005 bis Juli 2008 a m Lehrstuhl für Struktur und
Chemie der Biopolymere der Universität Bayreuth unter der Leitung von Prof. Dr. Paul Rösch
angefertigt.
Vollständiger Abdruck der von der Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften der
Universität Bayreuth genehmigten Dissertation zur Erlangung des akademischen Grades eines
Doktors der Naturwissenschaften (Dr. rer. Nat.).
Promotionsgesuch eingereicht am : 16.07.2008
Tag des wissenschaftlichen Kolloquiu22.10.2008ms:
Erster GutachtePr :rof. D r. Paul Rösch
Zweiter GutachtPer: r. Matthias Ullmann
Vorsitzender: Prof. Dr. Andreas Fery
Pr. Rainer Schobert
With fond memories of my mom CONTENTS I
Contents
1. Introduction......................................................................................................................1
1.1 Bacteriophages................................................................................................................1
1.2 Life cycle of lambda bacteriophage................................................................................2
1.3 Transcription mechanism................................................................................................5
1.4 nut – RNA of bacteriophaλ.........................................................................................9ge
1.5 Transcription antiterminatiEon. c aoli...............................................nd termination in 11
1.5.1 Phage λ N antitermination....................................................................................11
1.5.2 Mechanism of Nun mediated termination............................................................12
1.6 Elongation factor NusA................................................................................................15
1.7 Thes..............................................................is objectives .............................................21
2. Materials and Methods..................................................................................................22
2.1 Culture media................................................................................................................22
2.1.1 Luria Bertani medium..........................................................................................22
2.1.2 Minimal medium (M9).........................................................................................22
2.1.3 P-5052 medium....................................................................................................23
2.2 Estimation of protein concentration..............................................................................24
2.3 SDS – polyacrylamide gel electrophoresis...................................................................24
2.4 Schagger and Jagow gel electrophoresis.......................................................................25
2.5 HK022 Nun protein.......................................................................................................26
2.5.1 Expression of Nun................................................................................................26
2.5.2 Cell lysis and purification of HK022 Nun...........................................................26 II CONTENTS
2.6 Nun carboxy terminal domain (Nun CTD)...................................................................28
2.6.1 Cloning and expression of Nun CTD...................................................................28
2.6.2 Cell lysis and purification of Nun CTD...............................................................31
2.7 NusA full length............................................................................................................32
2.7.1 Expression of NusA.............................................................................................32
2.7.2 Cell lysis and purification of NusA......................................................................33
2.8 NusA acidic repeat 1 (NusA ar1)..................................................................................34
2.8.1 Expression of NusA ar1.......................................................................................34
2.8.2 Cell lysis and purification of NusA ar1................................................................34
2.9 NusA acidic repeat 2 (NusA ar2)..................................................................................35
2.9.1 Expression of NusA ar2.......................................................................................35
2.9.2 Cell lysis and purification of NusA ar2................................................................36
2.10 S1+KH1+KH2 domain of NusA (SKK).....................................................................37
2.10.1 Expression of SKK.............................................................................................37
2.10.2 Cell lysis and purification of SKK domain........................................................38
2.11 NusG...........................................................................................................................39
2.11.1 Expression of NusG...........................................................................................39
2.11.2 Cell lysis and purification of NusG....................................................................40
2.12 NusB............................................................................................................................41
2.12.1 Expression of NusB...........................................................................................41
2.12.2 Cell lysis and purification of NusB....................................................................41
2.13 RNA oligonucleotide...................................................................................................42
2.14 NMR spectroscopy......................................................................................................43
2.14.1 NMR sample preparation...................................................................................43
2.14.2 NMR spectrometers and measurements.............................................................44
2.14.3 NMR data processing and analysis....................................................................44

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