Un calcul de réécriture de graphes : applications à la biologie et aux systèmes autonomes, A rewriting calculus for graphs : applications to biology and autonomous systems

De
Publié par

Sous la direction de Hélène Kirchner
Thèse soutenue le 05 novembre 2008: INPL
L'objectif de cette thèse est d'explorer des descriptions formelles pour la structure et le fonctionnement des systèmes biologiques, ainsi que des outils formels pour raisonner au sujet de leur comportement. Cette thèse s'inscrit dans les travaux étudiant les modèles informatiques sûrs où les calculs sont exprimés par l'intermédiaire de la réécriture, et où nous pouvons compter sur la vérification formelle pour exprimer et valider les propriétés des modèles. Dans cette thèse nous développons un calcul de réécriture d'ordre supérieur pour décrire des molécules, des règles de réaction, et la génération des réseaux biochimiques. Le calcul est basé sur la métaphore chimique en décrivant les calculs en termes de solutions chimiques dans lesquelles les molécules représentant des données agissent l'une sur l'autre librement selon des règles de réaction. Ainsi nous avons obtenu un Calcul Biochimique Abstrait étendant le modèle chimique d'ordre supérieur en considérant des molécules structurées. Le calcul est équipé d'une spécification naturelle de la concurrence et des mécanismes de contrôle grâce à l'expression des stratégies de réécriture sous forme de molécules. La description des complexes moléculaires ou des réactifs chimiques appartient à une classe spécifique de graphes. Nous définissons la structure des graphes avec ports et nous montrons que les principes du calcul biochimique instanciés pour les graphes avec ports sont assez expressifs pour modéliser des systèmes autonomes et des réseaux biochimiques. En plus, les techniques de la réécriture stratégique ouvrent la voie au raisonnement basé sur les calculs et à la vérification des propriétés des systèmes modélisés
-Calcul de réécriture
-Réseaux biochimiques
-Systèmes autonomes
-Stratégies de réécriture
-Réécriture de graphes
The objective of this thesis is to explore formal descriptions for the structure and functioning of biological systems, as well as formal tools for reasoning about their behavior. This work takes place in the overall prospective to study safe computational models where computations are expressed via rewriting, and where we can rely on formal verification to express and validate suitable properties. In this thesis we develop a higher-order calculus rewriting for describing molecules, reaction patterns, and biochemical network generation. The calculus is based on the chemical metaphor by describing the computations in terms of chemical solutions in which molecules representing data freely interact according to reaction rules. This way we obtained an Abstract Biochemical Calculus as an extension of the higher-order chemical model by considering structured molecules. The calculus is provided with a natural specification of concurrency and of controlling mechanisms by expressing rewrite strategies as molecules. The description of molecular complexes or chemical reactants belong to specific classes of graphs. We define the structure of port graphs and we show how the principles of the biochemical calculus instantiated for port graphs are expressive enough for modeling autonomous systems and biochemical networks. In addition, strategic rewriting techniques open the way to reason about the computations and to verify properties of the modeled systems
-Rewriting calculus
-Autonomous system
-Biochemical networks
-Graph rewriting
-Strategic rewriting
Source: http://www.theses.fr/2008INPL058N/document
Publié le : mercredi 26 octobre 2011
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http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm
Departement de formation doctorale en informatique
Institut National Ecole doctorale IAEM Lorraine
Polytechnique de Lorraine
Un calcul de reecriture de graphes :
applications a la biologie et aux systemes
autonomes
THESE
presentee et soutenue publiquement le 5 Novembre 2008
pour l’obtention du
Doctorat de l’Institut National Polytechnique de Lorraine
(specialite informatique)
par
Oana Andrei
Composition du jury
Rapporteurs : Jean-Pierre Ban^atre Professeur, Universite de Rennes 1, France
Jean-Louis Giavitto Directeur de Recherche, IBISC, CNRS, France
Examinateurs : Paolo Baldan Professeur, Universite de Padova, Italie
Horatiu Cirstea Ma^ tre de Conferences, Universite Nancy 2, France
Marie-Dominique Devignes Chargee de Recherche CNRS, Habilitee, Nancy, France
Helene Kirchner Directeur de Recherche, INRIA Bordeaux, France
Dorel Lucanu Professeur, Universite \Al.I.Cuza", Iasi, Roumanie
Jean-Yves Marion Ecole des Mines de Nancy, France
Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications | UMR 7503T
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.
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.
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.
.
.
.
.
.
.
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.
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.
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.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
11.2
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.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
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.
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.
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.
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.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
69
.
10.3.2
11.2.2
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.
.
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.
.
.
.
93
.
Conclusions
.
.
.
.
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.
10.4
.
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.
.
.
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.
.
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.
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.
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.
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.
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.
.
111
Stru
12.2.2
F
Bio
.
c
.
hemical
.
Net
.
w
.
ork
.
Generation
.
b
and
y
orm
Strategic
.
Rewritin
.
g
.
.
.
.
.
.
.
.
b
.
in
.
-Calculus
113
y
12.2.3
.
Comparisons
.
with
Syn
Related
.
F
.
o
.
rmalisms
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
138
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
141
.
in
.
Autonomous
115
.
12.3
.
Conclusions
.
.
Conclusions
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
149
.
of
.
P
.
Relation
.
.
.
Bibliographie
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
126
.
Op
.
Corresp
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
116
.
13
.
T
.
erm
.
Rewriting
.
Seman
.
tics
.
for
127
P
Relation
ort
the
Graph
-Calculus
Rewriting
.
119
.
13.1
.
T
.
erm
.
Enco
.
di
.
ng
.
of
.
P
.
ort
.
Graphs
.
.
.
.
128
.
Conclusions
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
129
.
Run
.
V
.
in
120
TOM
13.1.1
-Calculus
An
14.1
Algebraic
for
Signature
ort
for
and
P
ort
ort
Rewriting
Graphs
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
14.1.1
.
ort
.
Expressions
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
120
.
13.1.2
.
A
.
T
.
erm
.
Algebra
.
for
14.1.2
P
c
ort
ral
Graphs
orm
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
133
.
State
.
P
.
F
.
ulas
.
.
120
.
13.2
.
pg-Rewrite
.
Rules
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
135
.
Em
.
edding
.
erication
.
the
.
ragmen
.
:
.
F
.
a
.
.
.
.
.
.
.
.
.
14.2.1
.
tax
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
122
.
13.3
.
Extending
.
the
.
pg
.
-Rewrite
.
Rules
14.2.2
.
tics
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
14.2.3
.
lication
.
Mo
.
g
.
Systems
.
.
.
.
122
.
13.4
.
Auxiliary
.
Op
1
erations
14.3
and
.
Reduction
.
Relations
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
123
tation
13.5
the
The
Signaling
pg
ath
-R
ewriting
.
pg

pg
v pg pgiv
T
mati?res
able
desduction
In
1
troGamma
La
Gamma
Motiv
e
ation
les
:
eu
des
ten
Calculs
a
Chimiques
t
aux
solution
Calculs
et
Bio
t
c
?le
himiques
l
Depuis
puissance
les
comme
pr?misses
de
de
qu'une
l'informatique,
t
des
c?de
c
x
herc
duisen
heurs
ar
se
d?les
son
os?
t
ail
in
d'une
t?ress?s
L
aux
une
mo
p
d?les
n
in-
plus
formatiques
himique
inspir?s
de
par
c
la
a
nature,
mol?cules
ces
Ce
tra
consomme
v
des
aux
d
on
Plusieurs
t
si
men?,
les
par
m
exemple,
fondamen
aux
himiques.
r?seaux
himique
n
utilisan
e
de
u
l'in
ro-
comme
naux
v
[MP43],
sur
aux
r?gles
automates
d'une
cellulaires
latoire.
[Neu66],
structur?s
et
?tre
aux
syn
syst?mes
donn?es
d
t
e
man?uvran
Lindenma
La
y
[BB92]
er
duisan
[Lin
une
6
comme
8].
(p
T
que
andis
des
qu
r
e
apr?s
le
r?gles
d?v
l
elopp
r??criture,
emen
?l?men
t
pro-
de
ea
l'informatique
o
th?orique
r?g
a
p
ac
se
c?l?r?,
en
la
ne
simplicit?
p
des
donn?es.
prin-
t
cip
bles
es
la
de
des
base
calcul
de
mo
la
culatoire
c
?t?
himie
[BM86]
on
le
t
Le
p
tra
ouss?
de
les
du
c
u
herc
olution
heurs
lection
?
atomiques
abstraire
t
un
libremen
paradigme
g?n?ralit?
informatique
une
p
e
our
?on
programmer
ersalit?
en
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termes
ulti-ensem
de
dans
mol?cules,
en
s
u
o
y
l
p
utions
l'organisation
de
et
mol?cules
notation
et
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r?actions,
niv
ce
des
qui
plus
a
hine
?t?
(CHA
app
le
el?
in
mo
la
d?le
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de
brane,
programmation
des
c
r?gles
himique

ou
r?arranger
m
telle
?taph
r?action
o
oir
re
de
c
o
himique.
er
Dans
u
ce
r?action
qui
ou
suit,
de
nous
3
passons
pro
en
par
revue
qui
ce
des
paradigme
ts
informatique,
en
puis
duit
n
nouv
ous
u
pr?sen
sel
tons
n
une
es
mani?re
l
de
s
d?placer
r?cises.
le
r?actions
mo
pro
d?le
t
?
parall?le
une
elles
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concouren
biologique,
pas
en
our
consid?ran
m?mes
t
P
des
cons?quen
m
les
ol?cu
ulti-ensem
les
repr?sen
stru
t
c
structure
tu
tale
r?es.
mo
Le
de
r?sultat
c
est
Le
u
d
n
cal-
calcul
c
bio
a
c
prop
himique
par
abstrait
en
q
t
u
formalisme
i
.
p
but
eut
ce
?tre
v
instanci?
?tait
p
capturer
our
tuition
di?ren
ca
tes
c
structures
l
et
?v
qui
globale
p
col-
eut
de
?tre
aleurs
?tendu
agiss
a
n
v
l'une
ec
l'autre
d
t.
es
a
?l?men
des
ts
assure
de
grande
v
expressiv
?rication.
et,
La
fa
M?taphore
directe,
Chimique
univ
La
calcu-
m?taphore
Plus
calculatoire
t,
c
m
himique
bles
est
d?nis
utilis?e
[FM98]
dans
euv
la
t
conception
v
d
s
e
mo
paradigmes
ens
de
taxiques
calcul
ermetta
depuis
t
pr?s
des
de
explicites,
30
fournissan
a
une
n
menan
s.
aux
Cette
de
m?taphore
haut
d?crit
eau
le
t
calcul
structures
en
donn?es
termes
complexes.
d
mac
e
c
solution
abstraite
c
M)
himique
?tend
dans
formalisme
laquelle
en
les
tro-
mol?cules
t
repr?sen
notion
tan
sous-solution
t
dans
des
mem
donn?es
ainsi
agissen
classication
t
r?gles
l'u
des
ne
de
sur
hau
l'autre
age
libremen
our
t
une
selon
de
des
sorte
r?gles
la
de
puisse
r?action.
v
Des
lieu),
solutions
r?gles
c
refroidissemen
himiques
(p
son
u
t
enlev
repr?sen
les
t?es
in
par
tiles
des
qu'une
m
ait
ulti-en
lieu),
sem
des
bles
ordinaires
et
r?action.
le
forma-
c
alcu

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