Demande de renouvellement du GDR 1928 Année 2011 ...

Xavier_V

Description

• cours - matière potentielle : des réunions annuelles du gdr
• cours - matière potentielle : des trois mandats
• exposé - matière potentielle : des recherches en cours et d' abondantes discussions

1 Demande de renouvellement du GDR 1928 Année 2011 Génomique des populations et génomique évolutive ( Rapport scientifique Sommaire: 1. Champ thématique du GDR. p. 2 2. Bilan du GDR 1928 pour 1999-2010 p. 3 3. Projet d'activité du GDR 1928 pour 2011-2014 p. 5 4. Annexes p. 8 Annexe 1. Tableau d'utilisation des crédits du GDR Annexe 2. Liste des 15 nouvelles équipes se proposant de rejoindre le GDR 1928 Annexe 3.

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Sujets

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Extrait

Demande de renouvellement du GDR 1928 Année 2011
Génomique des populations et génomique évolutive
(http://gepv.univ-lille1.fr/GDR1928/acc.htm)

Rapport scientifique


Sommaire:

1. Champ thématique du GDR. p. 2

2. Bilan du GDR 1928 pour 1999-2010 p. 3

3. Projet d'activité du GDR 1928 pour 2011-2014 p. 5

4. Annexes p. 8
Annexe 1. Tableau d'utilisation des crédits du GDR
Annexe 2. Liste des 15 nouvelles équipes se proposant de rejoindre le GDR 1928
Annexe 3. Liste non exhaustive de financements obtenus en collaboration par des
équipes du GDR 1928
Annexe 4. Sélection de publications récentes des équipes du GDR 1928 illustrant la
thématique du GDR et les collaborations entre équipes






Participants à la conférence Jacques Monod "Génomique évolutive", mai 2007 à Roscoff


11. Champ thématique du GDR.

La génomique des populations, champ thématique initial du GDR 1928, est la discipline qui
étudie simultanément l'effet de plusieurs locus, à l'échelle de régions génomiques ou de
génomes entiers, pour mieux comprendre le rôle des processus évolutifs qui déterminent la
variation entre individus et populations et leur adaptation aux pressions
environnementales. C'est en quelque sorte une extension de la génétique des populations à
une échelle génomique, qui intègre les outils et concepts de l'évolution moléculaire.
La génomique évolutive, axée essentiellement sur des comparaisons entre espèces à
l'échelle de génomes entiers, tente d'appréhender la diversité du vivant et les mécanismes
évolutifs d'évolution structurale et fonctionnelle des génomes.
Les caractéristiques essentielles de la communauté du GDR 1928 sont de confronter les
travaux théoriques et empiriques en génomique des populations et en génomique évolutive,
et d'embrasser une très large diversité de modèles biologiques: microorganismes
(picoalgues, bactéries, champignons unicellulaires), plantes (sauvages et domestiquées), et
animaux (insectes, mollusques, batraciens, rongeurs, primates incluant l'homme); qui
couvrent eux-mêmes une diversité de situations biologiques (modes de reproduction,
structure des populations, capacités d'adaptation, organismes pathogènes).

Ces deux disciplines connaissent actuellement un essor considérable lié à une révolution
technologique des méthodes de séquençage conduisant à la production massive de données
issues du séquençage de nouveaux génomes, ou du re-séquençage de génomes et
transcriptomes entiers et de génotypage SNP à l'échelle du génome. Ceci constitue un défi
considérable pour la communauté du GDR, pour l'accès aux plateformes technologiques
performantes, pour le financement de projets ambitieux et compétitifs sur le plan
internationaltraitement bioinformatique de ces masses de données, et enfin pour
le développement de méthodes d'inférences évolutives appropriées et l'accès à des
plateformes de calcul numériques adaptées.





Participants au colloque annuel du GDR, octobre 2009 à l'Institut Pasteur, Paris

22. Bilan du GDR 1928 pour 1999-2010

2.1. Premier exercice du GDR Génomique des populations. 1999-2002

Le GDR a été créé après que le CNRS eût exprimé le souhait d’aider au développement de
thèmes émergents en biologie évolutive. Bien que la communauté française des généticiens
des populations soit numériquement importante, elle se vouait plutôt jusque là à des études
empiriques d’écologie génétique, et manquait de réflexion en théorie et en bioinformatique,
deux approches essentielles en génomique des populations.
Dans son premier exercice, le GDR, dirigé par Michel VEUILLE (CNRS-MNHN-
EPHE), s’est donné pour but de rapprocher huit équipes travaillant sur l’évolution des
systèmes génétiques en France et dans les pays voisins : à Montpellier : Bonhomme-Boursot,
Raymond ; à Gif: Cariou ; à Paris : Veuille, Montchamp-Atlan, Radman-Taddei ; en
Belgique : Vekemans ; en Suisse : Excoffier. Les financements du GDR ont été utilisés pour
(1) favoriser la circulation des doctorants entre les équipes ; (2) financer des recherches à
deux partenaires ; (3) organiser une réunion annuelle axée sur l’exposé des recherches en
cours et d’abondantes discussions. Ce GDR a eu un rôle fédérateur important. Il a
immédiatement agrégé de nombreuses équipes nouvelles : bio-informaticiens de Lyon,
généticiens des populations humaines (Crouau-Roy, Heyer). Il a même pris une initiative de
politique scientifique en aidant financièrement l’équipe Crouau-Roy à réussir son transfert,
depuis le CHU de Purpan vers l’université de Toulouse (UMR EDB).
Ce GDR privilégiait les questions et se voulait transversal par rapport aux matériels
d’études : il a donc refusé de financer des recherches « toutes drosophiles », « toutes souris »,
ou « toutes moustiques ». Pour cette raison aussi, Il est resté indépendant du GDR « éléments
transposables » qui s’est créé un an après lui sur un thème proche, bien qu'il y ait eu des
réunions communes entre les deux GDR.
Créé en 1999 par la section n° 23 « Génomique » du CN (la commission n° 30
« Biodiversité » s’étant abstenue), le GDR a surtout fédéré des équipes de la 30 (aujourd’hui
29), et aidé à leur passage à la génétique des populations moléculaire et aux modèles
théoriques. Ce premier exercice s’est conclu par l’organisation à Paris d’un colloque
international de trois jours (1999) en l’honneur de Gustave Malécot, avec invitation de dix
théoriciens étrangers (Felsentein, Slatkin, Kingman, Hudson, Ohta, Nagylaki, Griffiths,
Ewens, Epperson). C’était le premier colloque international de théorie en génétique des
populations jamais tenu sur le territoire français depuis 1930. Il a attiré une centaine de
participants français et étrangers. Un ouvrage inspiré de ce colloque, et étendu à d’autres
théoriciens, a été publié à Oxford University Press (Slatkin and Veuille edt. 2002. Modern
developments in theoretical population Genetics. Oxford University Press. 264 p).

2.2. Deuxième exercice du GDR 1928: 2003-2006

Le premier exercice avait créé une communauté dynamique et solidaire. Fort de ce succès, le
GDR, toujours dirigé par Michel VEUILLE, a facilement obtenu son renouvellement par ses
deux sections de rattachement (Génome et Biodiversité), passant de huit à dix-huit équipes, et
de vingt-cinq à cinquante membres. Mais la crise de financement du CNRS a touché les GDR
de plein fouet, et son activité des deux premières années s’est limitée à l’organisation de son
colloque annuel. Cependant, cela n’a fait qu’augmenter le rôle des discussions scientifiques,
et attiré l’attention sur un point sensible : la nécessité du développement d’une génération de
théoriciens en génétique évolutive en France.
Par rapport au premier exercice, celui-ci a en effet été marqué par l’arrivée dans la
recherche de jeunes chercheurs, ayant fait un post-doc à l’étranger et revenus en France avec
des projets ambitieux. Le GDR était là pour les accueillir et leur offrir un lieu d’échange.
3Notre analyse a été que l’on assistait à la création d’une communauté scientifique dynamique,
ayant noué des liens forts avec des professeurs étrangers, mais composée en majorité de
chercheurs dans la tranche des 30-40 ans. Enfin, les contacts établis au travers de ce deuxième
exercice ont mené à la soumission de plusieurs projets dans le cadre d'appels d'offre ANR
(programmes "jeune chercheur", "blanc", et "biodiversité").

2.3. Troisième exercice du GDR 1928: 2007-2010

Le troisième exercice du GDR a été marqué par un changement de directeur, c'est Xavier
VEKEMANS (CNRS-Université Lille 1) qui a pris les rênes du groupement. A cette occasion,
quatorze équipes ont rejoint le GDR (pour un total de 33 équipes, dont 4 équipes partenaires à