Lettre d'information iBiTec-S

Description

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• cours - matière potentielle : du cycle de transport
• exposé - matière potentielle : des doctorant

Je m'adresse à vous une dernière fois en tant que Chef de l'institut puisque, comme je vous l'avais annoncé, au 1er mai 2011 Jean-Marc GROGNET me remplacera. Mon arrivée à la tête de ce jeune Institut fut conjointe au lancement du projet BioΔelta, initié par Pierre LEGRAIN, qui devait définir la future identité de l'institut. Ce projet trop axé sur l'institut ne fut pas financé par l'opération Grand Campus de Saclay mais fut néanmoins l'occasion de nombreuses discussions interne et externe qui portèrent leurs fruits plus tardivement.

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• intérêt de la métabolomique du globule rouge pour le suivi de maladies hématologiques

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Extrait

Je m'adresse à vous une dernière fois en tant que Chef de l'institut puisque, comme je vous l'avais annoncé, au 1er mai 2011 Jean-Marc GROGNETme remplacera.

Mon arrivée à la tête de ce jeune Institut fut conjointe au lancement du projetBioΔelta, initié parPierre LEGRAIN, qui devait définir la future identité de l'institut. Ce projet trop axé sur l'institut ne fut pas financé par l'opération"Grand Campus de Saclay" mais fut néanmoins l'occasion de nombreuses discussions interne et externe qui portèrent leurs fruits plus tardivement. En effet, il me semble que les succès remportés par les équipes de l'iBiTec-S dans le cadre des Investissements d'Avenir (infrastructure FRISBI et labex LERMIT et VRI) résultent, en partie, de la réflexion menée depuis ces quatre dernières années. Je ne doute pas non plus que les idées développées lors de l'élaboration dulabex CHARMMet plus encore dulabex MolCellinfluenceront le devenir des services concernés. Cette période a été également l'occasion de multiplier avec des équipes extérieures à l'Institut des contacts scientifiques qui ont déjà débouché sur de fructueuses collaborations. L'arrivée récente de laFRE 3377au sein du SBIGeM témoigne de cette ouverture et la constitution d'une UMR est en cours. 2012 verra ainsi la naissance d'une nouvelle UMR 2 et la réorganisation de l'URA 2096/SBSM.

Ces années passées à la tête de l'Institut ont constitué une expérience humaine passionnante et très enrichissante et je remercie Pierre de m'avoir donné suffisamment confiance pour accepter de lui succéder. Je souhaite remercier très chaleureusement celles et ceux avec qui j'ai assuré, au quotidien, la marche de l'Institut et, tout particulièrement, les chefs des 5 services ainsi que mes adjointes scientifique et administrative. Je souhaite bonne chance à l'iBiTec-S à l'aube du Campus Paris-Saclay ainsi qu'àJean- Marcqui reprend le flambeau.

Michel Riva

E TUDE DES SITES DE LIAISON DE LIGANDS COMMUNS À SUR ETÀLA P- GLYCOPROTÉINE .

Fig.1: Modèles structuraux, insérés dans la membrane lipidique, de trois conformations de la P-gp supposées intervenir successivement dans son cycle enzymatique, suivant qu'elle lie l'ATP ou non, et qu'elle capte son substrat de transport dans le compartiment cytosolique ou qu'elle le libère dans le compartiment exoplasmique.

En associant modélisation moléculaire et mesures enzymatiques, une équipe de l'iBiTec-S décrit les états conformationnels caractérisant le cycle de fonctionnement d'une protéine membranaire impliquée dans le transport de nombreux médicaments, y compris des anti- cancéreux.

La P-gp (P-glycoprotéine), une protéine ABC membranaire responsable chez l'homme du transport actif de nombreuses molécules pharmacologiques, est impliquée aussi bien dans les phénomènes (salutaires) de détoxication cellulaire contre des molécules exogènes potentiellement toxiques, que dans celui (délétère) de la résistance des cellules tumorales aux drogues utilisées en chimiothérapie anti-cancéreuse. Comprendre au niveau moléculaire sa propriété caractéristique de reconnaissance "multi- spécifique" de ligands structuralement très variés est fondamental pour concevoir de nouvelles molécules modulant sa fonction. Une équipe de l'iBiTec-S a construit des modèles structuraux qui sont les premiers à décrire les sites potentiels de liaison des ligands de la P-gp, et leur devenir au cours du cycle de transport, grâce à une validation par des mesures enzymatiques réalisées en comparant deux protéines de la famille ABC. Cette modélisation structurale montre l'importance fonctionnelle des domaines transmembranaires de la protéine, et révèle des similarités inattendues entre la P-gp et une autre protéine de la famille ABC qui n'est pourtant pas un transporteur.

Fig.2: Comparaison des modèles structuraux de la P-gp et de SUR (récepteur aux sulfonylurées, ou ABC C8/9) montrant les analogies dans leurs sites de liaison de leurs ligands communs.

Bessadok A, Garcia E, Jacquet H, Martin S, Garrigues A, Loiseau N, André F, Orlowski S, Vivaudou M. (2011). Recognition of Sulfonylurea Receptor (ABCC8/9) Ligands by the Multidrug Resistance Transporter P-glycoprotein (ABCB1): Functional similarities based on common structural features between two multispecific ABC proteins.J Biol Chem. 286, 3552-3569.

L E " NOUVEAU " POTENTIEL REDOX DU CYTOCHROME C 550 DU P HOTOSYSTÈME II.

Figure 1: Structure du cytochrome c550 et de son hème et titration redox du cytochrome c550 attaché au Photosystème II.

Une équipe de l'iBiTec-S démontre que le cytochrome c550 du PSII des cyanobactéries a un haut potentiel redox, lui permettant de participer à des réactions d'oxydo-réduction au sein du Photosystème II.

Le cyt c550 présent uniquement chez les cyanobactéries et les algues rouges est une protéine située à l'interface membranaire du Photosystème II (PSII) ; elle stabilise l'activité de ce dernier en influant sur l'attachement des cofacteurs Ca2+ et Cl- nécessaires à l'hydrolyse de l'eau. Le rôle spécifique de l'hème du cytochrome c550 n'est pas connu. Dans ce travail, une équipe de l'iBiTec- S, en collaboration avec une équipe espagnole, a démontré que le potentiel redox du cytochrome est beaucoup plus élevé que celui publié. Le bas potentiel observé antérieurement était lié à un changement conformationel du PSII dû aux médiateurs redox utilisés. Le potentiel redox est aussi très dépendant de l'intégrité et de la haute activité du PSII. Le nouveau potentiel ouvre la possibilité que le cyt c550 puisse être impliqué dans un mécanisme d'oxydo-réduction dans le PSII. Ce résultat est très important pour élucider le rôle de l'hème dans la fonction de la protéine.

Fernando Guerrero, Arezki Sedoud, Diana Kirilovsky, A. William Rutherford , José M.Ortega, and Mercedes Roncel (2011) A high redox potential form of cytochrome c550 in Photosystem II from Thermosynechococcus elongatusJ Biol Chem. 286, 5985-5994

L A MÉTABOLOMIQUE POUR L ' ANALYSE DES Des chercheurs de l'iRCM (CEA/ MALADIESDESGLOBULESROUGES . Fontenay-aux-Roses) et de l'iBiTec- S (CEA/Saclay) viennent de montrer que l'utilisation de la métabolomique (analyse globale des métabolites, c'est-à-dire des molécules organiques de petite taille, dans un milieu biologique donné) permet d'établir des signatures moléculaires caractéristiques des globules rouges humains en conditions pathologiques. Les chercheurs ont utilisé la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution pour réaliser une analyse comparée du métabolome de globules rouges normaux et de globules rouges de patients atteints de drépanocytose, une maladie génétique très fréquente et invalidante. Ils ont ainsi ont pu mettre en évidence la modification de plusieurs voies métaboliques chez les globules rouges des malades (glycolyse, métabolisme du glutathion, du monoxyde d'azote et de l'arginine, renouvellement membranaire). Ces résultats présentent un intérêt pour le suivi de patients atteints de drépanocytose et indiquent l'intérêt de la métabolomique du globule rouge pour le suivi de maladies hématologiques et non hématologiques.

Crédit photo:Maïté Paternostre. Photo: Christophe Junot & Geoffrey Madalinski Contacts:Christophe Junot(DSV/iBiTec-S/SPI/LEMM) etPaul- Légende : a) Il est possible de discriminer des individus sains de Henri Roméo(DSV/iRCM) patients atteints de drépanocytose sur la base de l'information métabolique contenue dans des extraits cellulaires de globules rouges. b) et c) la signature moléculaire obtenue. Darghouth D, Koehl B,Madalinski G, Heilier J F, Bovee P,Xu Y, Olivier M F, Bartolucci P, Benkerrou M, Pissard S, Colin Y, Galacteros F, Bosman G, Junot C, Romeo P H. (2011). Pathophysiology of sickle cell disease is mirrored by the red blood cell metabolome.Blood.117, E57-E66.

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Messinger J. A Combined

Darghouth D, Koehl B, Madalinski G, Heilier J F, Bovee P, Xu Y, Olivier M F, Bartolucci P, Benkerrou M, Pissard S, Colin Y, Galacteros F, Bosman G, Junot C, Romeo P H. (2011). Pathophysiology of sickle cell disease is mirrored by the red blood cell metabolome.Blood. 117, E57-E66.

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• 6juin 2011 - 1er colloque annuel de l'ITMO.Génétique, génomique et bioinformatique. Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris. • Physicancer 2011 : Mathématiciens et physiciens en recherche en cancérologie. Date limite le 16 mai 2011. • 24Juin 2011 - Inauguration de la 'Coordination pour la Biologie Structurale Intégrative' (CISBi)..Une structure de • Universal Biotech - Prix de l'Innovation : Thérapies partenariat, appelée 'Coordination pour la Biologie Structurale innovantes & dispositifs médicaux. Date limite le 31 mai 2011. Intégrative' (Coordination for Integrative Structural Biology (CISBi)) vient d'être créée. Elle regroupe l'ensemble des • Fondation pour la Recherche Médicale :programme unités participant au nœud Paris-Sud de l'infrastructure "Urgences de la recherche". nationale pour la biologie structurale intégrative, ainsi que le synchrotron SOLEIL pour sa part d'études relevant de la Consultez la rubriqueAppel à Projets & Prixde BioDoc : biologie structurale intégrative. Cette structure de partenariat Annonces spécifiques-Portails web généralistes. coordonnera les projets de développements ou d'applications. L'inauguration de CISBi aura lieu lors d'une journée"Biologie Structurale Intégrative Paris-Sud"qui se tiendra à l'Amphithéâtre Bloch, à l'Ormes des Merisiers le • 9mai 2011 - Le contrôle qualité des protéines dans les Vendredi 24 juin de 9h à 17h30. Cette journée s'adresse maladies neurodégénératives, ParisProgramme en particulier aux laboratoires du Grand Campus pour créer les liens entre les équipes des laboratoires de la coordination, • 11et 12 mai 2011 - 6èmes Journées de Biologie Cellulaire du mais est aussi ouverte à l'ensemble des chercheurs Grand Campus.Amphithtre de l'Institut Curie Orsay., Ces intéressés par les approches structurales.Consultez le journées ont pour but de stimuler les collaborations locales programme. ainsi que de partager savoir-faire et connaissances sur des sujets divers ayant trait à la biologie cellulaire. Contact et IMPORTANT : Il est prévu un buffet sur place. Si vous désirez organisation iBiTec-S : Agnès Delaunay-Moisan (SBIGeM). déjeuner il est nécessaire de s'inscrire en envoyant un mail à Site Web. [e-mail] comme objet BSI-PS. • 25mai 2011 - 22e colloque de l'IFSBM : "Nanotechnologies : • 06au 08 juillet 2011 - 47e Rencontres Internationales de applications biomédicales", IGR Villejuif.Programme. Chimie Thérapeutique, Lyon.Site Web.

Retrouvez tous les congrès surBioDoc. • BioDoc Recommandations pour la signature des articles scientifiques dans le domaine des sciences de la vie et de la santé (Aviesan27/03/11)

• Leprochain conseil d'institut aura lieu le 29 avril 2011.Les comptes-rendus.

• Investissementsd'Avenir : retrouvez les appels à projets dans lesquels l'iBiTec-S est impliqué surl'intranet de l'iBiTec-S. Tous les projets.

• Géreret suivre un projet du 7ème PCRD. Une formation destinée à tous ceux qui souhaitent s'investir dans des projets du FP7 : Saclay, le 16 juin 2011. Contact :E. Cousin.

• Journéesdoctorants - Fête de l'institut. Les journées de l'institut réservées aux exposés des doctorant de 3ème année auront lieu cette année les27 et 28 Juin. Elles seront bien sûr suivies du traditionnel barbecue de l'iBiTec-S. Réservez d'ores et déjà cette date.

• SB²SM ◦ L'équipeMarc Le Maire/ Philippe Champeila reçu lePr. José Fuentesde l'Université d'Extrémadura, (Espagne) qui a donné plusieurs cours à l'Université Paris Sud dont il était l'invité du 28 mars au 8 avril 2011.

◦Maïté Paternostreest invitée comme conférencière au "3rd International Conference from Nanoparticles and Nanomaterials to Nanodevices and Nanosystems" (IC4N)qui se déroulera en Crête du 26 au 29 Juin 2011.

◦A.W. Rutherforda reçu leprix du mérite "Wolfson" de la Royal Society en avril 2011.Site Web.

• SBIGeM Michel Wernera été nommé président de la Société Française de Génétique (SFG) pour 4 ans. Il co-organise à ce titre le colloque"Genetics, Epigenetics and Evolution of Sex Chromosomes", Univ.Paris-Diderot, les 9 et 10 juin 2011.Site Web.

•Adeline Gadzinski(SPI) soutiendra son doctorat intitulé " Étude de la propriété adjuvante de la protéine Tat du VIH-1 et utilisation de sa capacité à lier les héparanes sulfates pour évaluer le rôle de cibles ubiquitaires dans les mécanismes de présentation antigénique : Implications dans l'immunogénicité de protéines et applications potentielles en vaccination ", le 25 mai à 14h au SPI, Saclay bât 136. Université Paris XI.

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