Une collection d'ESTs de la souche FcB1 de Plasmodium falciparum permettant l'analyse

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Une collection d'ESTs de la souche FcB1 de Plasmodium falciparum, permettant l'analyse structurale et polymorphique de gènes spécifiques des stades schizontes 21 janvier 2009 – ANR06 – MDCA - 014 Isabelle FLORENT USM504-EA3335-FRE CNRS-RDDM, Biologie Fonctionnelle des Protozoaires Muséum national d'Histoire naturelle, Paris

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  • gènes spécifiques des stades schizontes

  • validité des modèles de gènes

  • gènes de protéines


Publié le : jeudi 1 janvier 2009
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Unecollection dESTsde la soucheFcB1de Plasmodiumfalciparum, permettantlanalyse structurale et polymorphique de gènes spécifiques des stades schizontes
21 janvier 2009 – ANR06 – MDCA / 014
Isabelle FLORENT USM504/EA3335/FRE CNRS/RDDM, Biologie Fonctionnelle des Protozoaires Muséum national d’Histoire naturelle, Paris
Génome de P. falciparum * 23 Mégabases 14 chromosomes 5268 gènes 3208 hypothétiques (~60%)
PlasmoDB ( http://plasmodb.org ), 012009 5562 gènes de protéines 3168 hypothétiques (~57%) Validité des modèles de gènes ?
Analyse à grande échelle de la banque d’ESTs/ FcB1 de P. falciparum, construite pour étudier la morphogenèse des mérozoites ** ?
* Gardner et al.,2002, Nature
** Florent et al.,2004, Mol BiochemParasitol
Mérozoite = forme (1m) capable de reconnaître, envahir, puis se développer dans un érythrocyte humain
Daprès Schrévelet Gorenflot, MolecularBiologyof the Ce l , 1990
Daprès L. Bannister, 1975
Caractéristiques uniques
Daprès Cowmanet Crabb, Ce l , 2006
La morphogenèse des mérozoites se déroule en quelques heures à la fin du cycle érythrocytaire de 48h
1µm
~42h Daprès Aikawaet al., 1971, ExperimentalParasitology
Mérozoites invasifs (0h)
Mécanismes moléculaires ???
Anneau (0-24h)
Trophozoite (24-36h)
Schizonte mature (42-48h) les mérozoites sindividualisent progressivement
Daprès L. Bannister, 2000, Trends in Parasitology
La morphogenèse des mérozoites se déroule en quelques heures à la fin du cycle érythrocytaire de 48h
au Construction d’une banque h)
cDNA (42/48h) soustraits de phozoite cDNA (0/40h) 24-36h)
par Hybridation Suppressive Soustractive
~42h Daprès Aikawaet al., 1971, ExperimentalParasitology
(42-48h) tes ent ent
Daprès L. Bannister, 2000, Trends in Parasitology
Etude pilote de la banque FcB1/Schizont/ESTs*
13 inserts : rRNAs (loci de type A, Chr. 5 and 7) 23 inserts : ESTs codants : 50 inserts 40 coding genes
11 gènes annotés (27.5%) : MSP1, MSP3, MSP6, EBA... 13 gènes putatifs (32.5%) : dynamin/2**, RhopH3… 16 gènes hypothétiques (40%)
3540 : validés (stade d’expression) par 5 autres analyses de profils (Ben Mamounet al.,2001; Florenset al.,2002; Bozdechet al.,2003; Le Roch et al., 2003 )
4 : polymorphes (FcB1 versus 3D7)
PFC0120w : CLAGRhopH1 PF10 0345 : MSP3 _ PF13_0053 : hypoth. gene PF14_0175 : hypoth. gene
2 : modifications des modèles de gènes PPFF1L10_2091094w  ::  hhyyppootthh..  ggeennee
*Florent et al.,2004, Mol. Biochem. Parasitol.    **Charneauet al., 2007, Microbes and Infection
Analyse à grande échelle
22.125 cDNAs sequencés (=ESTs) 21.805 (98.5%) exploitables 19.459 (93.5%) clusterisés sur le génome (est2genome, score>700) 2346 re/analysés (est2genome, score>500) 447 de plus
60 gènes annotations fonctionnelles (25%) 352 clusters 62 gènes putatifs (25%) 251 locis gènes hypothétiques (50%) 121 8 loci « non/codants » (5%)
4 loci RNA ribosomiques Chr05 et Chr07 (Type A) Chr01 et Chr08 (atypiques)
4 extrémités subtélomériques de chromosomes
Pic d’expression des 243 gènes de protéines correspondant aux FcB1/ schizont/ESTs dans deux études transcriptomiques de référence :
36-42h ?
Bozdechet al., 2003
ES=early schizogony
ER LR ET LT ES LS M G
Le Roch et al., 2003
Known and
putative
candidates on a merozoite
Florent et al.,2004, Mol. Biochem. Parasitol. 
Known and putative candidates on a merozoite
MSP1, MSP3, MSP4, MSP5, MSP6, MSP7, MSP7-like, MSP9-ABRA, MCP, GLURP, Pfemp3, EBA-175, EBA-181 , …
Myosin A, Myosin D, coronin, dynamin-1, dynamin-2, formin-2,
…
3 des 5 CLAG/RhopH1, RhopH2, RhopH3 RAP1, RAP3, RAMA, ~TgRON2
Florent et al.,2004, Mol. Biochem. Parasitol. 
Gene Ontology : sur les 243 gènes identifiés seulement 158 (65%) ont une annotation GO*
 
Biological Entry into host process Interaction with host
Cellular Membrane (organelles) component Actin cytoskeleton
Molecular Actin binding fonction Cytoskeletal protein binding
* Actuellement, 3242 gènes de Pf (sur 5484 =59%) ont des annotations GO Accessibles via GeneDB
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