Programme Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011

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  • cours - matière potentielle : présidée
Programme du Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011 28-29-30 Novembre Ecole Centrale de Lyon   Une initiative conjointe   du Réseau Génomique Environnementale (RTP‐GE) de l'InEE ‐ CNRS    et du Réseau Ecologie Microbienne (EcoMic) de l'INRA      avec le soutien de   l'Ecole Centrale de Lyon et l'Université Claude‐Bernard Lyon1          et la contribution de    Eurofins‐MWG, Genoscreen, et Initiative Structurante Ecosphère Continentale et  Côtière (EC2CO)      Ecosphère Continentale et Côtière
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Publié le : mercredi 28 mars 2012
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Source : cnrs.fr
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Programme
du
Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011
28-29-30 Novembre
Ecole Centrale de Lyon
 
Une initiative conjointe  
du Réseau Génomique Environnementale (RTP‐GE) de l’InEE ‐ CNRS 
http://www.cnrs.fr/inee/recherche/actionsincitatives‐RTP‐Genoenvironnementale.htm 
 
 et du Réseau Ecologie Microbienne (EcoMic) de l’INRA 
http://www2.dijon.inra.fr/ecomic/ 
 
avec le soutien de  
l’Ecole Centrale de Lyon et l’Université Claude‐Bernard Lyon1 
 
 
 
 
et la contribution de 
 
Eurofins‐MWG, Genoscreen, et Initiative Structurante Ecosphère Continentale et 
Côtière (EC2CO) 
 
Ecosphère
Continentale et  
Côtière Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011
28-29-30 Novembre


Le comité d’organisation  Le comité scientifique    
     
Denis Faure  Marc Buée  Christophe Mougel 
Dominique Joly  Colomban De Vargas  Xavier Nesme que Mouchiroud  Christine Dillmann   Guy Perrière 
Xavier Nesme  Michael DuBow   Eric Pelletier 
Guy Perrière  Denis Faure  Pierre Peyret 
Pierre Peyret   Dominique Joly  François Pompanon 
François Pompanon  Mathieu Joron   Jean‐Christophe Simon 
Pascal Simonet   Line Le Gall  Pascal Simonet  
Denis Le Paslier  Pierre Taberlet 
Francis Martin  Philippe Vandenkoornhuyse 
Dominique Mouchiroud  Xavier Vekemans 
 
 
 
Le comité d’organisation remercie  
 
CNRS – Institut Ecologie et Environnement 
INRA – Département Ecologie des Forêts, Prairies, et milieux Aquatiques 
INRA – Département Environnement et Agronomie 
INRA – Département Santé des Plantes et Environnement 
Ecole Centrale de Lyon  
Université Claude Bernard Lyon 1 
Eurofins MWG‐operon  
Genoscreen 
Initiative structurante Ecosphère Continentale et Côtière 
 
et 
 
Artur Almeida, Sylvie Apruzzèse‐Sérazin, Odile Beauvallet, Jocelyne Brancotte,  
Fabienne Garcia, et les membres du laboratoire Ampère de l’Ecole Centrale de Lyon 


Programme du colloque Génomique Environnementale Lyon 2011


LUNDI 28 NOVEMBRE MARDI 29 NOVEMBRE MARDI 29 NOVEMBRE MERCREDI 30 NOVEMBRE



13H ACCUEIL A L’ECL

13H55 MOTS DE BIENVENUE

14H SESSION 1- P. Simonet 8H30 SESSION 4- P. Peyret 14H SESSION 7- C. Mougel 8H30 SESSION 9- R. Marmeisse

Francis Quétier Christine Gaspin Pierre Renault Pierre-Alain Maron

Axel Strittmatter Guy Perrière Purification Lopez-Garcia Samuel Mondy
Ivan Moszer Stéphane Le Crom Aurore Coince Thomas Pommier
Simon Roux Michael DuBow Armelle Marais
15h30 SESSION 2- D. Joly Xavier Nesme
François Pompapon

Catherine Hänni
Elisabeth Navarro

16H30 PAUSE ET POSTERS 10H20 PAUSE 15H35 PAUSE et POSTERS 10H25 PAUSE

17H30 SESSION 2- D. Joly 11H SESSION 5- X. Nesme 16H35 SESSION 8- G. Perrière 11H SESSION 9- P-A Maron
Mathieu Joron Lionel Ranjard Pierre Peyret Colomban De Vargas

Armel Salmon Tom Delmont Philippe Bertin Stéphane Uroz
Laurence Desprès Pascale Mosoni Achim Quaiser
Laurence Garczarek Olivier Zemb

Jean-Marc Bonneville Jean-Michel Monier

18H30 SESSION 3- M. Buée 11H35 SESSION 6-TABLE RONDE 18H30 RESEAU ECOMIC 12H40 MOTS DE CONCLUSION
Ecosphère
Patrick Robe Pascal Simonet
Continentale et
Julien Varaldi
Côtière Roland Marmeisse

SOIREE LIBRE 13H FIN DU COLLOQUE
19H30 APERITIF DINATOIRE* 12H35 DEJEUNER *

* Apéritif dînatoire et déjeuner offerts à l’Ecole Centrale de Lyon (ECL)

Origine géographique et institutionnelle des participants :



Belgggiiiqqquuueee


Allemagnnneee

Entrepriseprises NC
IRD CIRAD  CEACEA 

INRIA Institut Pasteur 

CNRS
6
MNHN Génonoscope

88
INSERM
30



100%
GuGuGuyanne
33
Univerersisitéstés
21
INRAColloque Génomique Environnementale Lyon 2011 

Centres d’intérêt des participants :
Données recueillies (n=228) sur la base d’un questionnaire à réponses multiples rempli par les participants lors de l’inscription.

Réponsee aff affirmative (%) p) paar question p poosée:sée: Associaation des réppoonnsses:
(si >50% en ren rougouge)
61%
EcologiEcologie fonctionnellelle
E. Fonct.. Biiodivodiveers.
Biodiversititéé 47% 53%
Champs
thématiques
38% 61%
Evolution
Adaptatioonn Evoluttiioonn AdAdaappt.
48%
00%% 20% 40%% 6060% 80% 100%%
Eucaryotes
Organismes
Eucaryyoott.. MicrMicrooroorg.
42%
Microorganismeess
00%% 20% 40%% 6060% 80% 100%%
Ecosyst.
Ecosystèmeess
6060%% 4545%%
Niveaux
d’approche
Communautésés
52%
Commun. PPopulat.opulat.
Populationsns
00%% 20% 40%% 6060% 80% 100%%
Code barrerre
Code-bar-barrree GéGén.n. Co Comp.
Méthodologiieess
27%
Métagénomiquuee
GGéénominomique comparativvee
3636%% 5555%%
Métagén.
00%% 20% 40%% 6060% 80% 100%%
 Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011 
Lundi 28 Novembre : Les Acteurs et Actions en Génomique Environnementale
13h00 ACCUEIL à l’ECL minutes
13h55 BIENVENUE 5
14h SESSION 1 : Les outils NTS et la Bioinformatique 90
Présidée par Pascal Simonet
Francis Quétier - Génoscope 25+10
Génomique et métagénomique: les nouvelles technologies de
séquençage à haut-débit
Axel Strittmatter – Eurofins MWG 15+5
Some latest aspects about PacBio RS Third Generation Sequencing
Ivan Moszer - Institut Pasteur 25+10
Bio-informatique du séquençage haut débit au sein de plates-formes
intégrées en réseau
15h30 SESSION 2 : La GE en action, Evolution et Biodiversité 60
Présidée par Dominique Joly
François Pompanon – CNRS-Univ. Grenoble 15+5
Barcoding, métabarcoding et biodiversité
Catherine Hänni – ENS-CNRS-Univ. Lyon 15+5
Génomique et Environnements archéologiques, quelques exemples
Elisabeth Navarro - IRD 15+5
Adaptation des communautés microbiennes des sols miniers :
Approche metagénomique
16h30 PAUSE et POSTERS 60
17h30 SESSION 2 : La GE en action, Evolution et Biodiversité 60
Présidée par Dominique Joly
Mathieu Joron – MNHN-CNRS 15+5
Patrons génomiques de différentiation et d’adaptation locale chez les
papillons mimétiques Heliconus
Armel Salmon – CNRS-Univ. Rennes 15+5
Spéciation et évolution des génomes dupliqués
Laurence Després – CNRS-Univ. Grenoble 15+5
Approche multi-omics d’un caractère complexe : la résistance au bio-
insecticide Bti chez le moustique

18h30 SESSION 3 : La GE en action, Ecologie fonctionnelle des 60
organismes aux écosystèmes
Présidée par Marc Buée
Patrick Robe – Libragen 15+5
Apports de la métagénomique fonctionnelle
Julien Varaldi – CNRS-Univ. Lyon 15+5
Interactions insecte/virus : génomique, métagénomique et génomique
fonctionnelle
Roland Marmeisse – CNRS-Univ. Lyon 15+5
La méta-transcriptomique des communautés eucaryotes
19h30 APERITIF DINATOIRE OFFERT à l’ECL

  Ecosphère 
Continentale et 
Côtière Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011 
Mardi 29 Novembre : La GE demain, potentialités et contraintes
8h30 SESSION 4 : Les outils NTS et la Bioinformatique (suite) 110
Présidée par Pierre Peyret
Christine Gaspin – INRA 25+10
Défis pour l'informatique et la bioinformatique dans le domaine des NTS
Guy Perrière – PRABI - CNRS-Univ. Lyon 25+10
Exemples de problèmes statistiques posés par le développement des
méthodes NGS pour l'étude de la biodiversité
Stéphane Le Crom – CNRS-Univ. Paris6 15+5
Eoulsan : a cloud computing-based framework facilitating high throughtput
sequencing analyses
Simon Roux – CNRS-Univ. Clermont-Ferrand 15+5
Analyse des données de séquençage massif par des méthodes
phylogénétiques : outils bioinformatiques dédiés et applications
10h20 PAUSE 35
11h SESSION 5 : Projets structurants 40
Présidée par Xavier Nesme
Lionel Ranjard - INRA 15+5
Le projet ECOMIC-RMQS ou comment faire de la MetaTaxogénomique à
grande échelle
Tom Delmont – CNRS-ECL-Univ. Lyon 15+5
Discoveries from an in-depth soil metagenomic analysis
11h35 SESSION 6 : Table ronde animée par Pascal Simonet 60
Quels besoins et quelles propositions de la communauté GE ?

12h35 DEJEUNER OFFERT à l’ECL 85
14h SESSION 7 : Métagénomique et diversité des écosystèmes 95
microbiens
Présidée par Christophe Mougel
Pierre Renault – INRA 25+10
Nouvelles perspectives dans l'étude des communautés microbiennes
complexes par l'utilisation des technologies de séquençage très haut
débit
Purification Lopez-Garcia – CNRS-Univ. Paris Sud11 15+5
Métagénomique des archées planctoniques de l’océan profond
Aurore Coince – INRA 15+5
Diversité et structure des communautés de champignons
ectomycorhiziens le long de gradients altitudinaux en Europe par des
approches de métagénomique
Michael DuBow – CNRS-Univ. Paris Sud11 15+5
Diversité bactérienne d'échantillons de sable des déserts d'Asie et leur
potentiel de transport à longue distance par les tempêtes de sables
Asiatiques.
15h35 PAUSE et POSTERS 60

  Ecosphère 
Continentale et 
Côtière Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011 

La GE demain, potentialités et contraintes (suite)
16h35 SESSION 8 : Métagénomique et fonctionnement des écosystèmes 115
microbiens
Présidée par Guy Perrière
Pierre Peyret – CNRS-Univ. Clermont-Ferrand 25+10
La capture de la fonction par des approches de séquençage haut débit
Philippe Bertin – CNRS-Univ. Strasbourg 15+5
Diversité métabolique des micro-organismes majoritaires d’un
écosystème riche en arsenic décrypté par protéo- et méta-génomique
Pascale Mosoni – INRA 15+5
Investigating the in vivo interactions between Fibrobacter succinogenes
and cellulolytic ruminococci
Laurence Garczarek – CNRS-Univ. Paris6 15+5
Ecological genomics of the marine cyanobacterium Synechococcus
Jean-Marc Bonneville – CNRS-Univ. Grenoble 15+5
A comparison of the Meta-transcriptomes of two alpine soils
18h30 ASSEMBLEE GENERALE RESEAU ECOMIC

SOIREE LIBRE


Mercredi 30 Novembre
La GE en écologie microbienne : projets en cours

8h30 SESSION 9 : GE et projets en cours 115
Présidée par Roland Marmeisse
Pierre-Alain Maron – INRA 25+10
Apport de la MétaTaxogénomique pour la compréhension du rôle de la
diversité microbienne du sol dans le cycle du carbone
Samuel Mondy - CNRS 15+5
Utilisation des NGS et des omic pour l’étude de l’impact de la production
d’un composé de type octopine chez les OGM et sur la communauté
rhizosphérique associée
Thomas Pommier – CNRS-Univ. Lyon 15+5
La diversité microbienne est-elle étroitement liée à la diversité végétale ?
Armelle Marais - INRA 15+5
Analyse du métagénome phytoviral des plantes cultivées et adventices
associées dans un contexte agricole tempéré
Xavier Nesme – INRA-CNRS-Univ. Lyon 15+5
Species specific ecological adaptation of bacterial genomic species
revealed by comparative and functional genomics in Agrobacterium
tumefaciens
10h25 PAUSE 35
  Ecosphère 
Continentale et 
Côtière Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011 

11h SESSION 9 : GE et projets en cours (suite) 100
Présidée par Pierre-Alain Maron
For the Tara-Oceans consortium, Colomban De Vargas – CNRS-Univ. 15+5
Paris6
Tara-Oceans: a holistic approach to oceanic eco-systems.
Stéphane Uroz – INRA 15+5
Exploration du microbiome des sols forestiers: de la diversité fonctionnelle
au fond métagénomique
Achim Quaiser – CNRS- Univ. Rennes 15+5
Community analysis of a microbial mat involved in the oxydation of iron by
metatranscriptomics
Olivier Zemb – INRA 15+5
Improvement of RNA-SIP by pyrosequencing to identify putative 4-n-
nonylphenol degraders in activated sludge
Jean-Michel Monier – CNRS- ECL- Univ. Lyon 15+5
Metagenomic analysis of electroactive biofilms responsible for electricity
production in microbial fuel cells
12h40 MOTS de CONCLUSION 15
12h55 FIN du COLLOQUE



Stands des sponsors :


en présence de Mme Nathalie Potier



en présence de Mme Sophie Honvault






  Ecosphère 
Continentale et 
Côtière Services en génomique
Séquençage – Génotypage - Bioinformatique – R&D
Sponsor du Colloque Génomique
Environnementale, Genoscreen est
heureux de vous proposer des solutions
en génomique adaptées à vos besoins
d’analyse.
N’hésitez pas à rendre visite à notre
équipe qui se tient à votre disposition
sur notre stand.
Métagénomique 454 à partir de tous types d’échantillons: eaux, milieux
lacustres et marins, sols, sédiments, boues…
Etude de la diversité de l’ensemble de la flore de micro-organismes présents dans un
échantillon.
Egalement disponible : séquençage d’amplicons
Geno Sat : Production de banques de microsatellites
Engagement de résultat : 8 000 séquences brutes, 2 000 séquences validées présentant
des motifs microsatellites et 100 couples de primers validés encadrant des motifs
microsatellites.
Procédé 454 Genoscreen – INRA – Montpellier Supagro – Université de Provence
Egalement disponible : validation des marqueurs polymorphes et génotypage à partir
des marqueurs identifiés
Transcriptomique 454 ou HiSeq
Détection des messagers présents, nouveaux messagers, ARN non-codants et SNP.
Egalement disponible : séquençage de cDNA et smRNA
Genoscreen - 1 rue du Professeur Calmette – 59000 LILLE – Tel. 03 20 87 71 53 – Fax 03 20 87 72 64
Web : www.genoscreen.com – Email : commercial.dept@genoscreen.com

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