Module de Base Microbiologie Infections Urinaires Diagnostic techniques et interprétation de l'examen cyto bactériologique des urines ECBU

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Niveau: Elémentaire, Primaire, CE2, CM1, CM2
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de l'examen cyto-bactériologique des urines(ECBU) 1 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes Octobre 2005 J.P. LAVIGNE ED Infections Urinaires Diagnostic, Techniques et Interprétation de l'Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU) Objectifs 1. Définir les termes : leucocyturie, hématurie, bactériurie, cystite, pyélonéphrite 2. Expliquer les principaux mécanismes physiopathologiques de l'infection urinaire 3. Citer les principales indications de l'ECBU 4. Décrire les conditions de prélèvement d'un ECBU 5. Argumenter les intérêts et les limites de la bandelette urinaire 6. Expliquer le principe de l'ECBU 7. Interpréter un compte-rendu d'un ECBU 8. Connaître les principales bactéries responsables d'infections urinaires chez l'homme : Bactéries à Gram positif : S. aureus, Enterococcus spp. Bactéries à Gram négatif : Entérobactéries (E. coli +++), P. aeruginosa Plan de cours I- Introduction .........................................................................................................................2 II- Physiopathologie des infections urinaires......................................................................2 II.1- Infection ascendante ................................................................................................................ 2 II.2- Infection hématogène............................................................................................................... 2 II.3- Infections iatrogènes nosocomiales....................................................................................... 2 III- Indications de l'ECBU.......................................................................................................2 IV- Prélèvements ....................................................................................................................3 V- La Bandelette Urinaire.......................................................................................................3 VI- L'ECBU...............................................................................................................................4 VI.

  • pertes vaginales

  • bactérie

  • méthode courante en raison du risque infectieux

  • vessie

  • bandelettes urinaires

  • infections urinaires

  • femme en raison de l'urètre court

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Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)    
  ED Infections Urinaires Diagnostic, Techniques et Interprétation de lExamen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU)   Objectifs  1. Définir les termes : leucocyturie, hématurie, bactériurie, cystite, pyélonéphrite 2. Expliquer les principaux mécanismes physiopathologiques de linfection urinaire 3. Citer les principales indications de lECBU 4. Décrire les conditions de prélèvement dun ECBU 5. Argumenter les intérêts et les limites de la bandelette urinaire 6. Expliquer le principe de lECBU 7. Interpréter un compte-rendu dun ECBU 8. Connaître les principales bactéries responsables dinfections urinaires chez lhomme :  Bactéries à Gram positif : S. aureus, Enterococcus spp.   Bactéries à Gram négatif : Entérobactéries ( E. coli +++), P. aeruginosa    Plan de cours   I- Introduction.........................................................................................................................2  II- Physiopathologie des infections urinaires ......................................................................2 II.1- Infection ascendante ................................................................................................................ 2 II.2- Infection hématogène ............................................................................................................... 2 II.3- Infections iatrogènes nosocomiales....................................................................................... 2  III- Indications de l'ECBU .......................................................................................................2  IV- Prélèvements ....................................................................................................................3  V- La Bandelette Urinaire.......................................................................................................3  VI- L'ECBU...............................................................................................................................4 VI.1- Cytologie urinaire .................................................................................................................... 4 VI.2- Culture, Interprétation des Résultats .................................................................................... 4 VI.3- Bactéries responsables des Infections Urinaires ................................................................ 5     VII- Antibiotiques oraux pour Infections Urinaires .............................................................6  VIII- Ouvrages et site de référence .......................................................................................6  Annexe 1 .................................................................................................................................7 Annexe 2 .................................................................................................................................8 Annexe 3………………………………………………………………………………………………9  
   J.P. LAVIGNE
1  Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)  I- Introduction  L'urine est stérile en dehors de toute infection. Elle peut être souillée lors de la miction par les microorganismes de la peau et des muqueuses et les sécrétions urétrales. Les erreurs di'nterprétation sont nombreuses si le prélèvement est incorrect.   II- Physiopathologie des infections urinaires  Il existe 3 types principaux di'nfections urinaires:   II-1 Infection ascendante: les facteurs favorisants sont : - les anomalies de l'arbre urinaire, congénitales ou acquises, - la contamination du méat urinaire par les bactéries commensales d'origine fécale ou périnéale, - plus fréquente chez la femme en raison de l'urètre court (proximité du vagin avec risque de contamination par la flore vaginale).  II-2 Infection hématogène: fait suite à une bactériémie.  II-3  Infections iatrogènes - nosocomiales: à la suite de manœuvres endoscopiques, de sondages, de cathétérismes.  *Les facteurs prédisposant sont: - la présence de calculs rénaux et vésicaux - l'existence d'un reflux urétéral - la grossesse - l'hypertrophie prostatique - les problèmes neurologiques retentissant sur la vessie par perte du contrôle sphinctérien  - l'urètre court chez la femme - le cathétérisme de la voie urinaire  *Les facteurs de virulence bactériens sont : - l'adhésion de la bactérie à l'épithélium vésical (rôle des pili chez E. coli ), - au niveau rénal: l'existence d'une capsule bactérienne, la production d'une hémolysine ou  d'une uréase (Proteus spp.), - la colonisation du méat urinaire.   III- Indications de lECBU  Un examen des urines est nécessaire :   en cas de signes de cystite (infection superficielle de la paroi vésicale induisant brûlures mictionelles, envie impérieuses et fréquentes, pollakiurie, dysurie…), de pyélonéphrite  (infection du bassinet avec envahissement intersticiel du rein entraînant la même symptomatologie que la cystite associée à de la fièvre et des douleurs lombaires) ou de prostatite (fièvre, frisson, douleurs pelviennes, ténesme rectal et troubles fonctionnels urinaires)  si la bandelette urinaire est positive, ou en cas de pyurie ou d hématurie   lors de fièvre supérieure à 39°C (notamment chez le nourrisson)  lors de contrôle dun traitement antibiotique après une infection urinaire  dans certaines circonstances cliniques : femme enceinte, diabète sucré, immunodépression, malformation urologique, sondage urinaire, état grabataire…   
   J.P. LAVIGNE
2  Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)     IV- Prélèvements   Lors de la miction, l'urine peut être souillée par les microorganismes et les produits des sécrétions décollées au niveau du segment terminal de l'urètre et du méat. Le sondage vésical, longtemps considéré comme indispensable, doit être écarté comme méthode courante en raison du risque infectieux (jusque 4 %).  La qualité du prélèvement conditionne la qualité de l'examen.  3 situations de recueil:  * Miction normale : Le 2° jet ( milieu du jet ) est recueilli le matin dans un récipient stérile ; le 1° jet peut être conservé en cas de suspicion d'urétrite ou de prostatite. Une toilette soigneuse  doit précéder le recueil avec un antiseptique doux ou de leau savonneuse suivi dun rinçage à leau. - Femme: toilette vulvaire, position accroupie ou gynécologique, grandes lèvres écartées. Sil y a des pertes vaginales, même minimes, la mise en place dune protection vaginale est indispensable - Homme: toilette du gland et du méat urinaire - nouveau-né: mise en place d'une poche adhésive après toilette soigneuse du périnée. Le risque di'ntroduire des germes fécaux est important. Le sac ne doit pas être laissé en place plus de 20 min. Renouveler le sac au-delà de ce temps.  * Sonde à demeure : Ne jamais prélever dans le sac collecteur. Clamper la sonde pendant 10 min. Désinfecter la sonde et ponctionner la sonde. Ne pas ouvrir la tubulure.  * Ponction sus-pubienne : idéal pour recueillir une urine stérile.   L'urine, recueillie dans un pot stérile, doit être transmise au laboratoire dans les 2h suivant le prélèvement ou conservée à + 4° C. Un délai maximum de 24 h à + 4° C permet de conserver toute la validité de l'examen cytologique. Un délai plus long entraîne des modifications de la population bactérienne.   V- La Bandelette Urinaire  Lintérêt essentiel du dépistage par les bandelettes urinaires réside dans sa possibilité de réalisation au lit du malade et dans sa valeur prédictive négative (VPN> 95%). Le prélèvement est identique à celui dun ECBU. La bandelette urinaire sert à dépister :  une leucocyturie, par la détection de lactivité estérasique  une bactériurie, par la détection de nitrites La bandelette urinaire ne peut pas être utilisée pour le dépistage dune bactériurie chez un patient porteur de sonde. La présence de nitrites est une caractéristique des entérobactéries qui transforme le nitrate en nitrite. Les autres bactéries nont pas cette capacité et ne sont donc pas détectées par la bandelette (Ex : Pseudomonas aeruginosa , Staphylococcus aureus …) Lutilisation de la bandelette chez le sujet âgé non sondé est une méthode fiable sous réserve du respect des conditions dutilisation de la bandelette.
   J.P. LAVIGNE
3  Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)  Lors dun premier épisode de cystite aiguë non compliquée (chez une jeune fille), une bandelette urinaire positive suffit pour le diagnostic dinfection urinaire sans faire dECBU.   VI   LECBU  VI-1   C YTOLOGIE U RINAIRE (S CHÉMA I)  Le comptage des cellules seffectue à létat frais, dans une cellule à numération (Kova® slide). La préparation est observée au microscope avec lobjectif X25.  * Hématies - leucocytes  normalement: hématies < 10 4 /ml leucocytes < 10 4 /ml   * Cellules épithéliales - il existe quelques cellules épithéliales rénales et vésicales à l'état normal, - leur présence est augmentée en cas de néphropathies tubulo-interstitielles aiguës.  * Cylindres Les cylindres sont formés dans la lumière du néphron par précipitation de la muco-protéine de Tamm-Horsfall sécrétée par ces mêmes cellules pour être éliminées dans l'urine. .c. hyalins: normal, sans signification pathologique, .c. leucocytaires: signe une réaction inflammatoire aiguë du parenchyme rénal,  .c. épithéliaux: formés des cellules de l'épithélium tubulaire lors d'une desquamation massive du néphron, .c. granuleux: agglomérat de débris cellulaires, .c. cireux: stade ultime de la dégénérescence des cylindres granuleux après une stase prolongée: en cas di'nsuffisance rénale chronique avancée.  * Cristaux - l'urine est normalement saturée en sels de calcium, phosphate, acide urique. - leur présence n'a pas de signification pathologique sauf: .a. urique: en cas di'nsuffisance rénale aiguë donnant une hyperuricémie. .cystine : en cas de cystinurie.   VI-2   C ULTURE - I NTERPRÉTATION DES R ÉSULTATS (S CHÉMA II)  - il est conseillé de dénombrer les bactéries présentes dans l'urine afin de distinguer les germes contaminants des germes potentiellement responsables d'une infection urinaire. Le seuil significatif est fixé à 10 5 bactéries/ml . Un milieu densemencement CPS (bioMérieux) permet cette numération des germes.  Une ou deux espèces isolées sont à lorigine de linfection urinaire. Au delà, le prélèvement est considéré comme contaminé par une flore polymicrobienne. Il doit être effectué à nouveau.  - la numération bactérienne est prise en défaut : . lors des mictions nombreuses et répétées, empêchant la multiplication massive des bactéries dans la vessie. . lorsque li'nfection est ailleurs que dans la vessie (bassinet, prostate, tissu para-urétral). . en cas de pH basique des urines. . en cas de présence de substances antibactériennes dans les urines. . lors des infections par des bactéries à croissance lente  - un résultat d'urine si'nterprète en associant la cytologie et la bactériologie.     
   J.P. LAVIGNE
4  Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)  * Exemples de résultats:  Cas 1 : leucocyturie: < 10 4 /ml bactériurie: 10 4 /ml Etiologie : urine normale, ne pas refaire l'ECBU  Cas 2 : leucocyturie: < 10 4 /ml bactériurie 10 5 /ml 1 espèce = - infection débutante, refaire ECBU après un traitement ATB (J3)  - terrain immuno-déprimé : infection urinaire  - infection chronique  - infection sur sonde plusieurs espèces (> 2): contamination   Cas 3 : leucocyturie: > 10 4 /ml bactériurie > 10 5 /ml 1 espèce ou 2 espèces dans 2 prélèvements Etiologie : infection urinaire  Cas 4 : leucocyturie: > 10 4 /ml bactériurie: 10 4 /ml Etiologies : infection urinaire traitée et à poursuivre  tuberculose urinaire  infection urétrale: 1°jet (gonocoque, Chlamydia trachomatis ,  Mycoplasme)  souillure vaginale: à refaire  causes non bactériennes: médicaments(= phénacétine: leucocyturie interstitielle chronique) malformations urologiques maladie néphrologique avec rein inflammatoire ou traumatique leucémie, tumeur infection virale ou parasitaire (candidurie)   VI- 3 B ACTÉRIES RESPONSABLES D I' NFECTIONS U RINAIRES   *Milieu Hospitalier :  Escherichia coli (40%) Proteus indole + Providencia, Klebsiella, Serratia, S. aureus Pseudomonas   *Milieu Communautaire :  E. coli (80%) Proteus mirabilis Entérocoques  *Femme en période d'activité génitale :  Streptocoque B Staphylococcus saprophyticus    * Recherches particulières à signaler au laboratoire : - leptospires - B.K. - anaérobies - gonocoque  
   J.P. LAVIGNE
5  Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)   VII- Antibiotiques Oraux pour Infections Urinaires (Tableau I)   Utilisation dantibiotiques à élimination urinaire  Ampicilline, amoxicilline : 37 à 50% des bacilles à Gram négatif sont résistants par production de β -lactamases. Très utile chez la femme enceinte. Amoxicilline+acide clavulanique : actif contre la plupart des bacilles à Gram négatif résistant à l'ampicilline. Très utile chez la femme enceinte. Céphalosporine de 1 re et 3 e génération : spectre plus large que l'ampicilline mais inactif vis à vis des streptocoques. Utile chez la femme enceinte. Cotrimoxazole : intéressant pour les traitements sans diagnostic bactériologique précis. Résistance en nette progression : Ne sont plus utilisés en première intention. Nitrofurantoine et dérivés : antiseptiques actifs à pH acide (pas pour les infections à Proteu s), pour les infections urinaires non compliquées. Utilisés en monodose. Acide nalidixique : pour les infections non compliquées à bacilles à Gram négatif ou après un échec dun traitement monodose. Inactif sur les Gram positif. Contre-Indiquées chez la femme enceinte. Fluoro-quinolones (+++) : très large spectre. Actif sur la majorité des germes responsables dinfections urinaires, après un échec dun traitement monodose, pour les infections sévères, dont celles à Pseudomonas aeruginos a. Inactif sur les entérocoques (>50% de résistance). Contre-Indiquées chez la femme enceinte.    VIII- Ouvrage et site de référence  PILLY, Ed. 2M2 Abrégé de bactériologie, Ed. MASSON Internat 2004, Maladies Infectieuses, Ed. Vernazobres Grego  http://lyon-sud.univ-lyon1.fr - Rubrique Cours en ligne DES bactériologie  
   J.P. LAVIGNE
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 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)  Annexe 1 Schéma I : Principe de lECBU       
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   J.P. LAVIGNE
  
  
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 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes  
 
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Module de Base 3 Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)   Annexe 2 Schéma II : Interprétation dun ECBU     * &  "$                   ,               * / 6                             
Module de Base 3 Microbiologie Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprétation de lexamen cyto-bactériologique des urines(ECBU)  Annexe 3 Tableau I : Principaux types dinfections urinaires et leur traitement. Tiré de : JP Lavigne, V Le Moing, A Sotto.  Quels antibiotiques utiliser en pratique courante dans les infections urinaires communautaires en France ?. Spectra Biologie. 2005  Formes cliniques Antibiothérapie de 1 re intention 1  Durée Commentaires Infection urinaire basse non compliquée de la péfloxacine 800mg Utilisation dAB à élimination urinaire prolongée. femme jeune ou ofloxacine 400 mg Ienndciceiantitoe,n ss :a nfse fmièmvree  ndie  domuloeinusr  lodme b6ai5 aénvs,o lunaonnt   ou cirpofloxacine 500 mg re, ou fosfomycine-trométamol 3g monodose- po dureopluoigsi qumeosi nso u dne éptrhoriosl ojgoiuqruse, s,s aenns  laanbtséecnécdee ndtse  ou nitrofurantoïne 50 à 100 trimoxazole 1g mg pathologie sous-jacente sévère (diabète sucré, ou co immunodépression…) et sans intervention ou  endoscopie urologique récente. norfloxacine 800 mg/j  loméfloxacine 400 mg/j 3 jours - po  Infection urinaire basse de la femme Quinolone (acide nalidixique 100mg x2) Echec du traitement court, femme > 65 ans, terrain (autres situations) ou FQ (norfloxacine 400mg x2) po 7 à 10 jours (diabète sucré, immunodépression…) ou C3G (céfixime 200mg x2) po ou AMC (500mg x2) po Pyélonéphrite non compliquée C3G (cefotaxime 1g x3/j ou ceftriaxone 1g) iv 10 à 21 jours    ou FQ (ofloxacine 200 mg x2/j (po ou iv) ou ciprofloxacine 750mg x2/J po ou 200mg x2/j iv) Pyélonéphrite compliquée Aminoside 3 à 5 2 mg/kg 1 injection (7 à 10 jours) 21 jours au moins Association dun traitement urologique + C3G inj ou FQ Infection urinaire basse au cours de la grossesse Péni A (500mg x3) ou céphalosporine (céfuroxime Courte : 3 jours   500mg x2) Conventionnelle : 10 jours Pyélonéphrite au cours de la grossesse C3G iv puis po 3  15 à 21 jours Traitement initié à lhôpital ECBU 1/mois jusquà laccouchement  Prostatite aiguë C3G iv ou FQ po ± aminosides 4 à 6 semaines   Prostatite chronique Fonction de lantibiogramme 12 semaines Le choix se porte surtout sur les FQ, éventuellement le cotrimoxazole ; les cyclines sont  indiquées en cas dinfection à Chlamydia  Bactériurie asymptomatique Selon le contexte Cf Conférence de Consensus 2002   1 rLémainstisbiioont hérapie est guidée sec 2 oLned acirheoimxent par lantibiogramme. Lorsque le traitement a été initié par voie intra-veineuse, le relais per os  est habituellement pris après des signes infectieux. de la C3G ou de la FQ est le même que pour la pyélonéphrite non compliquée. 3 Le choix de la C3G est le même que pour la pyélonéphrite non compliquée. iv : administration intra-veineuse ; po : per os ; AMC : amoxicilline + acide clavulanique ; FQ : fluoroquinolone; C3G : Céphalosporine de 3 e génération   9   Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes     
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