Université Louis Pasteur Strasbourg I

Benoit Menand

Description

Niveau: Supérieur
Université Louis Pasteur, Strasbourg I THESE Présentée à LA FACULTE DES SCIENCES DE LA VIE Pour obtenir le titre de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE LOUIS PASTEUR Domaine: BIOLOGIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE Par Benoît MENAND Etude par génétique inverse du gène codant la protéine TARGET OF RAPAMYCIN d'Arabidopsis thaliana (AtTOR), l'homologue d'une kinase contrôlant la croissance cellulaire chez les eucaryotes le 25 mars 2002 devant la commission d'examen : Dr. Jean-Denis FAURE Rapporteur externe Dr. Pascal GENSCHIK Rapporteur interne Pr. Michael HALL Rapporteur externe Pr. Christophe ROBAGLIA Directeur de thèse Pr. Jacques-Henry WEIL Co-directeur de thèse Laboratoire du Métabolisme Carboné, CEA de Cadarache, St Paul lez Durance

• contrôle de l'initiation de la traduction


• expression de attor


• culture cellulaire d'arabidopsis


• voie de tor de schizosaccharomyces pombe


• phénotype du mutant tor


• arabidopsis thaliana


• découverte des protéines tor


• structure du gène attor

Sujets

• Target
• Louis Pasteur University
• Université de Bâle
• Institut de France
• Berger
• Granier
• Robert Desnos
• Thibaut

Informations

• Publié par: profil-nechor-2012
• Publié le: 01 mars 2002
• Nombre de lectures: 46
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 3 Mo

Extrait

Université Louis Pasteur, Strasbourg I
THESE
Présentée à
LA FACULTE DES SCIENCES DE LA VIE
Pour obtenir le titre de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR
Domaine: BIOLOGIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE
Par
Benoît MENAND
Etude par génétique inverse du gène codant la protéine TARGET OF
RAPAMYCIN d’Arabidopsis thaliana (AtTOR), l’homologue d’une kinase
contrôlant la croissance cellulaire chez les eucaryotes
le 25 mars 2002 devant la commission d’examen :
Dr. Jean-Denis FAURE Rapporteur externe
Dr. Pascal GENSCHIK Rapporteur interne
Pr. Michael HALL
Pr. Christophe ROBAGLIA Directeur de thèse
Pr. Jacques-Henry WEIL Co-directeur de thèse
Laboratoire du Métabolisme Carboné, CEA de Cadarache, St Paul lez DuranceRemerciements
Le travail présenté dans ce manuscrit a été réalisé sous la direction de Christophe
Robaglia. J’ai beaucoup apprécié sa manière d’encadrer ma thèse : il m’a laissé une grande
liberté d’action tout en étant toujours présent pour une discussion.
Je tiens à exprimer ma reconnaissance aux membres du jury, Jean-Denis Faure (INRA,
Versailles), Pascal Genshick (IBMP, Strasbourg), Michael Hall (Université de Bâle) et
Jacques-Henry Weil (IBMP, Strasbourg), qui ont accepté d‘évaluer ce travail.
Le projet sur l’étude de la voie de TOR d’Arabidopsis a été initié avec Christian
Meyer (INRA, Versailles) que je remercie de m’avoir soutenu tout au long de ma thèse.
Je remercie aussi Frédéric Berger (ENS/INRA, Lyon), Fabienne Granier et David
Bouchez (INRA, Versailles) qui m’ont accueilli dans leurs laboratoires afin de m’initier à la
microscopie confocale et de me permettre de cribler la collection de mutants de l’INRA de
Versailles.
Je remercie également Marie-Christine Thibaud, Thierry Desnos, Laurent Nussaume
et mon père Jean-Pierre Menand pour le temps qu’ils ont passé à la relecture de ce manuscrit.
Je tiens aussi à remercier l’équipe du LMC, Anne, Audrey, Boris, Catherine, Claire,
Christophe, Jérôme, Julie, Laurent, Marie-Christine, Maryse, Pascale et Thierry pour les bons
moments passés ensemble.
Je tiens enfin à remercier les membres de l’Institut de Biologie Moléculaire des
Plantes de Strasbourg, notamment Henri Wintz, qui ont initié ma formation à la recherche au
cours de mon DEA.
Ce travail a été réalisé grâce à une bourse co-financée par l’Institut National de la
Recherche Agronomique et le Commissariat à l’Energie Atomique.
Contact : [e-mail]
INTRODUCTION 1
1 Contrôle de la croissance cellulaire 1
1.1 Contrôle de la croissance des bactéries 1
1.2 Coordination entre la croissance et la division cellulaire chez les levures 2
1.3 Croissance cellulaire chez les plantes 3
1.3.1 Particularités des plantes au regard de la croissance 3
1.3.2 La plante modèle Arabidopsis thaliana 4
1.3.3 Croissance associée à la prolifération au niveau des méristèmes primaires 4
1.3.4 Croissance associée à la différenciation 5
1.3.5 Croissance cellulaire polarisée 6
1.3.6 Cas particulier de l’albumen 6
1.4 Coordination entre la croissance cellulaire et la division cellulaire chez les plantes 6
1.5 Contrôle de la croissance des plantes 7
1.5.1 Contrôle de la croissance des plantes par les hormones 7
1.5.2 État nutritif et croissance 8
1.6 La croissance cellulaire chez les animaux 9
2 La voie de signalisation de TOR
10
2.1 La découverte de la rapamycine et de ses cibles 10
2.1.1 La rapamycine 10
2.1.2 Découverte des protéines TOR 11
2.1.3 Caractéristiques moléculaires des protéines TOR 11
2.2 La voie de TOR chez Saccharomyces cerevisiae 13
2.2.1 Contrôle de la biosynthèse des ribosomes et de la traduction 14
2.2.2 Une phosphatase dans la voie de signalisation de TOR 15
2.2.3 Contrôle de l’autophagie et du transport membranaire 16
2.2.4 Contrôle des gènes de réponse aux carences et aux stress 17
2.2.5 Contrôle de processus de différenciation 18
2.2.6 Contrôle de l‘organisation du cytosquelette 18
2.3 La voie de TOR de Schizosaccharomyces pombe 19
2.4 La voie de TOR de mammifères 20
2.4.1 Régulation de la synthèse protéique globale 20
2.4.2 Régulation de la transcription 21
2.4.3 Contrôle de l’initiation de la traduction 22
2.4.4 Implication d’une protéine phosphatase dans la voie de signalisation de mTOR 23
2.4.5 Contrôle du cycle cellulaire 23
2.4.6 Activation de mTOR par l’insuline et les facteurs de croissance 24
2.4.7 Stimulation de mTOR par les aminoacides 26
2.4.8 Autres modes de contrôle de mTOR 28
2.4.9 Confirmations in vivo de l’importance de la voie de mTOR 28
2.5 Analyse génétique de la voie de TOR de drosophile 29
2.6 Conservation de la voie de TOR chez les levures et les animaux 31
2.7 Potentialité d’une voie de TOR chez les plantes 32
RESULTATS
35
1 Rapamycine et croissance des plantes
35
1.1 Sensibilité d’Arabidopsis à la rapamycine 351.2 Sensibilité d’autres plantes à la rapamycine 35
1.3 Inhibition de la croissance d’Arabidopsis par Streptomyces hygroscopicus 36
2 Caractérisation du gène TOR d’Arabidopsis
36 2.1 Identification d’un gène TOR dans le génome d’Arabidopis
36
2.2 Clonage de l’ADN complémentaire de AtTOR 37
2.3 Structure du gène AtTOR 38
2.4 La protéine AtTOR 38
2.5 Présence de gènes TOR chez d’autres plantes 40
3 Analyse par génétique inverse de la fonction de AtTOR et de son profil d’expression
40
3.1 Identification de mutants d’insertion d’ADN-T dans le gène AtTOR 41
3.1.1 Isolement d’un mutant de AtTOR avec un crible par PCR 41
3.1.2 Analyse de l’insertion de l’ADN-T dans le mutant tor-2 42
3.1.3 Obtention d’un second mutant de AtTOR 43
3.2 Article 1 : Expression and disruption of the Arabidopsis TOR (Target of Rapamycin) gene 44
3.3 Données complémentaires à l’article 1 62
3.3.1 Phénotype du mutant tor-2 62
3.3.2 Absence de phénotype chez les mutants tor-1 et tor-2 hétérozygotes 62
3.3.3 Profil d’expression de AtTOR après traitements par des phytohormones 62
3.3.4 Suivi de l’ARNm de AtTOR 63
4 Etude des interactions potentielles entre AtTOR, la rapamycine et les FKBP d’Arabidopsis
64
4.1 AtTOR ne se fixe pas à AtFKBP12 en présence de rapamycine 64
4.2 Analyse des autres FKBP d’Arabidopsis 65
4.3 Transformation d’Arabidopsis avec le gène codant le FKBP12 de S. cerevisiae 66
4.3.1 Utilisation du promoteur de AtTOR 66
4.3.2 Utilisation du promoteur 35S 66
5 Initiation d’un projet de sur-expression de AtTOR
67
5.1 Expression de AtTOR sous le contrôle du promoteur 35S 67
5.2 Le système UAS-GAL4 pour induire la sur-expression de AtTOR 67
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
68
MATERIEL ET METHODES
71
1 Matériel
71
1.1 Souches bactériennes 71
1.2 Souche de levure 71
1.3 Chlamydomonas 71
1.4 Plantes 71
1.4.1 Arabidopsis thaliana 71
1.4.2 Autres plantes 72
1.4.3 Culture cellulaire d’Arabidopsis 72
1.5 Plasmides 72
2 Conditions de culture et transformations génétiques
72
2.1 Conditions de culture et transformation des bactéries 72
2.1.1 Conditions de culture des bactéries 722.1.2 Transformation des bactéries 72
2.2 Condition de culture et transformation des levures 73
2.2.1 Conditions de culture des levures 73
2.2.2 Transformation génétique des levures 73
2.3 Conditions de culture de Chlamydomonas 73
2.4 Conditions de culture des plantes et transformation génétique 73
2.4.1 Conditions de culture d’Arabidopsis thaliana 73
2.4.2 Conditions de culture des autres plantes 74
2.4.3 Transformation génétique d’Arabidopsis par Agrobacterium tumefaciens 74
2.5 Phytohormones et rapamycine 74
3 Biologie moléculaire
75
3.1 Réactions d’amplification en chaîne (PCR) et séquençage 75
3.2 Clonages moléculaires 75
3.3 5’ RACE 77
3.4 Double hybride 77
3.5 Extractions d’acides nucléiques de plantes 77
3.5.1 Extraction d’ADN à partir d’inflorescences d’Arabidopsis 77
3.5.2 Extraction d’ARN totaux d’Arabidopsis 77
3.5.3 Extraction d’ARN poly A+ d’Arabidopsis 78
3.6 Transfert de Southern 78
3.6.1 Séparation des fragments d’ADN sur gel d’agarose et transfert sur membrane 78
3.6.2 Marquage de sondes et hybridation des membranes 78
3.6.3 Hybridation des produits de PCR lors du criblage des mutants de la collection de Versailles 79
3.7 Transfert de Northern 79
3.7.1 Séparation des ARNs sur gel d’agarose et transfert sur membrane 79
3.7.2 Marquage de la sonde par transcription en présence d'UTP radioactif 79
3.7.3 Hybridation et révélation 79
3.8 RT-PCR semi quantitative 80
4 Histologie
80
5 Bio-informatique
80
REFERENCES
82
Abréviations
97
R