Génétique moléculaire et clinique Année Universitaire

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Niveau: Elémentaire, GS, CP, CE1
1er cycle – PCEM2 – MI5 – Génétique moléculaire et clinique Année Universitaire 2008-2009 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes I. TOUITOU (Mise ligne 15/10/08 – LIPCOM-RM) DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Objectifs - Cognitif Raisonnement médical - Savoir définir: diagnostic direct et indirect - Comprendre les indications, avantages, limites de chaque approche - Connaître le principe général des principales techniques de diagnostic - Maladie - Variant de l'ADN? - Lien de cause à effet? Diagnostic génétique Prise en charge cohérente Généralités DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Plan - Diagnostic direct Indications Méthodes Principe Diagnostic indirect Fiabilité DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Généralités - - Permet de déterminer les individus porteurs d'une mutation - Permet aussi d'identifier ceux qui n'en ont pas hérité. - Nécessite un consentement éclairé - Ne peut se faire que dans un laboratoire autorisé par un praticien qui a reçu un agrément Diagnostic génétique (maladie héréditaire) DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Généralités - Stratégies diagnostiques - Diagnostic direct: - Recherche de la lésion génétique causale chez l'individu atteint - Permet de confirmer le diagnostic, fiable - Long et coûteux (de moins en moins vrai) - Diagnostic indirect: - Recherche de liaisons génétiques avec la mutation en cause Né i l' l d é é i ( l hi )- cess te ana yse e marqueurs g n t ques po ymorp smes chez plusieurs membres de la famille - Résultat probabiliste, risque

  • microlésions - recherche spécifique

  • mutation

  • gène localisé

  • recherche de liaisons génétiques avec la mutation en cause

  • taille des fragments amplifiés

  • restriction fragment

  • génétique moléculaire

  • diagnostic direct

  • repérage de la transmission de la mutation par l'analyse familiale de marqueurs génétiques

  • faculté de médecine de montpellier-nîmes


Publié le : mardi 19 juin 2012
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Source : med.univ-montp1.fr
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er 1 cyclePCEM2– MI5 –
Génétique moléculaire et clinique
DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Objectifs -
Cognitif  Savoir définir: diagnostic direct et indirect  Comprendre les indications, avantages, limites de chaque approche  Connaître le principe général des principales techniques de diagnostic
Raisonnement médical  Maladie  Variant de l’ADN?  Lien de cause à effet?
I. TOUITOU
Diagnostic génétique
Prise en charge cohérente
DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Généralités -
Diagnostic génétique (maladie héréditaire)  Permet de déterminer les individus porteurs d’une mutation  Permet aussi d’identifier ceux qui n’en ont pas hérité.  Nécessite un consentement éclairé  Ne peut se faire que dans un laboratoire autorisé par un praticien qui a reçu un agrément
Année Universitaire 20082009
DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Plan -
Diagnostic direct Indications Méthodes Diagnostic indirect
Fiabilité
DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Généralités -
Stratégies diagnostiques Diagnostic direct:  Recherche de la lésion génétique causale chez l’individu atteint  Permet de confirmer le diagnostic, fiable  Long et coûteux (de moins en moins vrai)
Diagnostic indirect:  Recherche de liaisons génétiques avec la mutation en cause  cesste anayse emarqueurs gn tques poymorp smes chez plusieurs membres de la famille  Résultat probabiliste, risque
(Mise ligne 15/10/08 – LIPCOMRM) Faculté de Médecine MontpellierNîmes
er 1 cyclePCEM2– MI5 –
Génétique moléculaire et clinique
DIAGNOSTIC DIRECT ET INDIRECT - Généralités -
 Sang périphérique+++ (GB)  Salive ou frottis buccaux (études de population; 1 ou 2 tests)  Biopsie de villosités choriales (DPN; recueil d’ADN fœtal)  Cellule embryonnaire (stade 8 ; DPI)  Cheveux, sperme (médecine légale)  Spécimens pathologiques archivés (individus DCD)  Carte de Guthriebuvard outtede santalons nouveaux nésJ3  Phénylcétonurie  Hypothyroïdie congénitale  Hyperplasie des surrénales  Mucoviscidose (depuis 2003)  [+/ drépanocytose] populations à risque
DIAGNOSTIC DIRECT - Méthodes (non exhaustives!) -
Macrolésions  Southernlots  QFPCR: Quantitative Fluorescent PCR Microlésions Recherche spécifique:  RFLP (Restriction Fragment Lengh Polymorphism)  ARMSAm lificationRefractor MutationS stem  HMA (Heteroduplexes Mutation Analysis) Criblage: Séquençage  Méthodes en haut débit (courbes de fusion, microarrays, puces, génome sequencer)
I. TOUITOU
Cas simples
Année Universitaire 20082009
DIAGNOSTIC DIRECT - Indications -
 Mutationunique: drépanocytose, achondroplasie, mutations instables  Mutationspeu nombreuses, récurrenteset bien connues : hyperplasie congénitale des surrénales  Petit gènefacilement séquençable
Mutationmajoritaire+ beaucoup non récurrentes (rares ou privées):  CFTR: mutation p.F508del (deltaF508) : 50 à 80% (mais > 1000 mutations)  Délétions du gène de la dystrophine (60%) Mutationsmultiples non récurrentes:majorité des cas  Hétérogénéité génétique:1 maladie = plusieurs gènes (rétinites pigmentaires)
Fluorescence
DIAGNOSTIC DIRECT -QF-PCR – PCR multiplexe quantitative de petits fragments fluorescents
Taille des fragments amplifiés (pb) Contrôle normal (2N) Contrôle délétion (intensité ÷2) Patient: délétion exons 2125 Q: quelle rapport d’intensité attendon pour une insertion?
(Mise ligne 15/10/08 – LIPCOMRM) Faculté de Médecine MontpellierNîmes
er 1 cyclePCEM2Génétique moléculaire et clinique– MI5 –
I. TOUITOU
.
DIAGNOSTIC DIRECT - RFLP – Restriction Fragment Lengh Polymorphism
PCR puis digestion par enzyme de restriction
NC MM MNNN
Muté (M) Normal (N)
DIAGNOSTIC DIRECT -Techniques en haut débit –
.
Homozygote
Heterozygote
Wildtype
Année Universitaire 20082009
DIAGNOSTIC DIRECT - ARMS – Amplification Refractory Mutation System
PCR avec une amorce N ou M Deux réactions en parallèle
PCR avec amorce M PCR avec amorce N NN MM MN
DIAGNOSTIC INDIRECT
Indications:  Gène localisé non identifié  Gène identifiémutation non identifiée ++ène randeu de matérielDPN  Autres indications non diagnostiques = médecine légale ++
Principe: Repérage de la transmission de la mutation par l’analyse familiale de marqueurs génétiques (polymorphismes)
Extra JuxtaIntra Mutation génique géniquegénique Définition de haplotype? Combinaison d’allèles sur un des deux chromosomes parentaux
(Mise ligne 15/10/08 – LIPCOMRM) Faculté de Médecine MontpellierNîmes
er 1 cyclePCEM2– MI5 –Génétique moléculaire et clinique
DIAGNOSTIC INDIRECT -Fiabilité –
-Informativité:
 C’est la possibilité de repérer le parent transmetteur  Nécessite qu’au moins un parent soit hétérozygote  La probabilité d’hétérozygotie augmente avec le nombre d’allèles du marqueur (microsatellites > RFLP)
-Distance du gène:Pourquoi? le marqueur risque de ne plus être transmis avec le gène malade !Risque de conclusion erronée! Résultat = toujours une probabilité Solution? Augmenter le nombre de marqueurs
I. TOUITOU
(Mise ligne 15/10/08 – LIPCOMRM) Faculté de Médecine MontpellierNîmes
Année Universitaire 20082009
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