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Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
THESE présentée pour l'obtention du grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE DE STRASBOURG par Laetitia FOUILLEN Universalité des méthodologies protéomiques pour l'identification et la caractérisation des protéines Soutenue le 25 juin 2009 devant la commission d'examen : Dr. Alain VAN DORSSELAER Directeur de thèse Prof. Sandrine BOSCHI-MULLER Rapporteur Dr. Nicolas SOMMERER Rapporteur Dr. Hélène ROGNIAUX Examinateur Prof. Michel BURGARD Examinateur interne

  • universalité des méthodologies protéomiques

  • examinateur prof

  • directeur de thèse prof

  • docteur de l'universite de strasbourg


Publié le : lundi 1 juin 2009
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Source : scd-theses.u-strasbg.fr
Nombre de pages : 321
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THESE




présentée pour l’obtention du grade de

DOCTEUR DE L’UNIVERSITE DE STRASBOURG

par


Laetitia FOUILLEN









Universalité des méthodologies protéomiques
pour l'identification et la caractérisation des protéines









Soutenue le 25 juin 2009 devant la commission d'examen :


Dr. Alain VAN DORSSELAER Directeur de thèse
Prof. Sandrine BOSCHI-MULLER Rapporteur
Dr. Nicolas SOMMERER Rapporteur
Dr. Hélène ROGNIAUX Examinateur
Prof. Michel BURGARD Examinateur interne




































“Le commencement de toutes les sciences,
c'est l'étonnement de ce que les choses sont ce qu'elles sont.”

Aristote




“Les grands accomplissements sont réussis non par la force,
mais par la persévérance.”

Samuel Johnson


Merci !

Ce travail de thèse a été réalisé au Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique de
l’Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien de Strasbourg (UMR 7178, CNRS-ULP).

Je souhaite en premier lieu adresser ma profonde reconnaissance à Alain Van Dorsselaer pour
m’avoir accueillie dans son laboratoire. Je tiens à remercier chaleureusement Sarah Sanglier pour
m'avoir encadrée, soutenue et encouragée tout au long de cette thèse et Fabrice Bertile pour son
encadrement et pour m'avoir appris à différencier les manchots des pingouins.

J’adresse mes remerciements à M. Michel Burgard qui a accepté de présider mon jury de thèse
ainsi qu’à Mmes Sandrine Boschi-Muller et Hélène Rogniaux ainsi qu'à M. Nicolas Sommerer, qui ont
consacré de leur temps à l’évaluation de ce travail.

J’adresse mes remerciements à la région Alsace et à la société AliX pour le financement de cette
thèse.

Je remercie également l’ensemble des personnes avec lesquelles j’ai été amenée à collaborer et
qui m’ont entraînée dans diverses thématiques dans le désordre : C Branlant, V. Marchand et
M.Santerre, S. Maenner, A.Vautrin et I. Behm-Ansmat, A. Bar, J-M. Saliou, A. Abdulrahman et A.
Poterzsman, D. Quenet et F. Dantzer, M. Zimmermann et J. Haiech, T. Raclot…

Mes remerciements s'adressent également aux membres du laboratoire que j'ai pu découvrir et
rencontrer au cours de ces années : François, Véronique D., Christine S. et Cyril pour votre
disponibilité et vos conseils, Véronique T., guide dans le monde de l'administration, Jean-Michel, pour
tes cours sur le monde des ARNs, Chrystel, merci de m'avoir accompagnée sur la découverte des
manchots, le bureau des pouilleux : Thierry, Nicolas, Daniel, non je ne t'ai pas toujours martyrisé!,
Cédric, pour m'avoir permis de mieux comprendre le monde du non-covalent, Audrey et Sébastien
(grand chef pouilleux!), pour les pauses et les réflexions scientifiques ou pas, Danièle, pour m'avoir
emmenée et soutenue pendant la gym, Dimitri, pour la découverte de phosphorylation, Christine C. et
Laurent, pour m'avoir intégrée au labo et soutenue, Guillaume, pour tes sujets de discussions divers
(de la masse à la politique!), Jean- Marc, pour la découverte du monde merveilleux des grues et ton
soutien technique de tous les instants, Fabrice V., pour soigner les maux de mon ordi "ma petite truite"
et m'avoir fait beaucoup rire ! Flavie, pour tes discussions et la découverte de la Suisse, Hélène et
Jennifer, pour avoir cru en moi et m'avoir poussée quand il le fallait, Agnès, pour ton amitié et ton
soutien quotidien mais aussi pour tout le reste!!


Enfin, je tiens à remercier ma famille, mes amis et mes amours qui ont jalonnés et enrichis ma
vie jusqu'à aujourd'hui…. PLAN GENERAL

INTRODUCTION GÉNÉRALE................................................................................................................ 9

INTRODUCTION BIBLIOGRAPHIQUE................................................................................................ 13
CHAPITRE I – LES STRATEGIES GENERALES EN PROTEOMIQUE................................................................ 17
CHAPITRE II – LES OUTILS UTILISES EN PROTEOMIQUE ........................................................................... 33
CONCLUSION ....................................................................................................................................... 51
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES......................................................................................................... 53

PARTIE I – IDENTIFICATION DES PROTEINES IMPLIQUEES DANS DES COMPLEXES
PROTEINE/PROTEINE ET ARN/PROTEINE....................................................................................... 61
CHAPITRE I. SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ET STRATEGIE DEVELOPPEE POUR L'ANALYSE DES PROTEINES
IMPLIQUEES DANS LES COMPLEXES PROTEINE/PROTEINE ET ARN/PROTEINE........................................... 63
CHAPITRE II. IDENTIFICATION DE PARTENAIRES PROTEIQUES DE LA POLY(ADP-RIBOSE) POLYMERASE-2 .. 71
CHAPITRE III. IDENTIFICATION DE PARTENAIRES PROTEIQUES DE COMPLEXES ARN/PROTEINE................. 77
CONCLUSION GENERALE DE LA PARTIE "IDENTIFICATION DES PROTEINES IMPLIQUEES DANS DES COMPLEXES
PROTEINE/PROTEINE ET ARN/PROTEINE" ............................................................................................ 101
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE......................................................................................................... 103

PARTIE II – CARACTERISATION FINE DE PROTEINES PURIFIEES PHOSPHORYLEES........... 107
CHAPITRE I - INTRODUCTION SUR L'ANALYSE DES PHOSPHORYLATIONS PAR SPECTROMETRIE DE MASSE ET
STRATEGIE DEVELOPPEE. ................................................................................................................... 109
CHAPITRE II - ETUDE DES PHOSPHORYLATIONS DU DOMAINE KINASE DE LA PROTEINE DAPK1............... 123
CHAPITRE III - ETUDE DES PHOSPHORYLATIONS DU COMPLEXE CAK .................................................... 135
CONCLUSION GENERALE DE LA PARTIE "CARACTERISATION FINE DE PROTEINES PURIFIEES
PHOSPHORYLEES".............................................................................................................................. 159
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE......................................................................................................... 161

PARTIE III- APPORTS DE L’APPROCHE PROTEOMIQUE POUR L’IDENTIFICATION DES
PROTEINES PLASMATIQUES DIFFERENTIELLEMENT EXPRIMEES LORS DU JEUNE
PROLONGE CHEZ LE MANCHOT ADELIE, UN ORGANISME DONT LE GENOME N’EST PAS
SEQUENCE......................................................................................................................................... 167
CHAPITRE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE : STRATEGIES ET METHODES PROTEOMIQUE ....................... 169
CHAPITRE II : APPLICATION : ANALYSE DIFFERENTIELLE DU PROTEOME PLASMATIQUE DU MANCHOT ADELIE
EN REPONSE AU JEUNE PROLONGE...................................................................................................... 179
CHAPITRE III : CONCLUSION : APPROCHE PROTEOMIQUE ET BIOLOGIE DES ORGANISMES DONT LE GENOME
N’EST PAS CONNU .............................................................................................................................. 199
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE ........................................................................................................ 203

CONCLUSION GENERALE ............................................................................................................... 213

PARTIE EXPERIMENTALE................................................................................................................ 219

ANNEXES ........................................................................................................................................... 231
-1- -2-

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