Thèse présentée pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Louis Pasteur

De
Publié par

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
Thèse présentée pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Louis Pasteur Strasbourg I Discipline : Chimie Organique Ecole doctorale des sciences de la vie et de la santé Présentée par Ben Gaied Nouha Synthèse et évaluation des propriétés de fluorescence et d'inhibition d'une nouvelle classe d'analogues nucléosidiques dirigés contre la Rétrotranscriptase de VIH-1. Soutenue publiquement le 8 Novembre 2006 Membres du jury Directeur de Thèse Mr. ALAIN BURGER Professeur Université Nice Sophia-Antipolis Co-directeur de Thèse Mr. ROLAND MARQUET Directeur de recherche Université Louis Pasteur, Strasbourg I Rapporteur Interne Mr. MICHEL ROHMER Professeur Université Louis Pasteur, Strasbourg I Rapporteur Externe Mr. BRUNO CANARD Directeur de recherche Université d'Aix en Provence, Marseille Rapporteur Externe Mr. PIERRE VIERLING Directeur de recherche Université Nice Sophia-Antipolis

  • superbe équipe

  • évaluation des propriétés de fluorescence et d'inhibition

  • ecole doctorale des sciences de la vie et de la santé

  • nouvelle classe d'analogues nucléosidiques


Publié le : mercredi 1 novembre 2006
Lecture(s) : 129
Source : scd-theses.u-strasbg.fr
Nombre de pages : 309
Voir plus Voir moins
Thèse présentée pour obtenir le grade de Docteur de l’Université Louis Pasteur Strasbourg I
Discipline : Chimie Organique
Ecole doctorale des sciences de la vie et de la santé
Présentée par
Ben Gaied Nouha
Synthèse et évaluation des propriétés de fluorescence et d’inhibition d’une nouvelle classe d’analogues nucléosidiques dirigés contre la Rétrotranscriptase de VIH-1.
Directeur de Thèse
Co-directeur de Thèse
Rapporteur Interne
Rapporteur Externe
Rapporteur Externe
Soutenue publiquement le 8 Novembre 2006
Mr. ALAIN BURGER
Mr. ROLAND MARQUET
Mr. MICHEL ROHMER
Mr. BRUNO CANARD
Mr. PIERRE VIERLING
Professeur
Directeur de recherche
Professeur
Directeur de recherche
Directeur de recherche
Membres du jury
Université Nice Sophia-Antipolis
Université Louis Pasteur, Strasbourg I
Université Louis Pasteur, StrasbourgI
Université d’Aix en Provence, Marseille
Université Nice Sophia-Antipolis
A mon Papinou, j’espère que de là haut, tu es fier de moi.
A Maman, Bibou, Mimou et Bilette.
Remerciements
 Ce travail de thèse a débuté au Laboratoire des Protéines et des Récepteurs Membranaires à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, dirigé par le Dr. Frank Pattus. Il s’est poursuivi à l’Université de Nice Sophia-Antipolis, au Laboratoire de Chimie des Molécules Bioactives et des Arômes dirigé par le Dr. Pierre Vierling et sous la direction du Pr. Alain Burger. Je tiens à vous remercier de m’avoir permis d’effectuer ma thèse dans vos équipes respectives.
 A messieurs les membres du jury, les Docteurs Bruno Canard, Pierre Vierling et le Pr. Michel Rohmer. Je tiens à vous remercier pour l’honneur que vous me faites en jugeant ce manuscrit, consciente du travail que cela représente. Merci Encore.
 Au Dr. Roland Marquet, Co-directeur de cette thèse, pour votre relecture du manuscrit, vos critiques et vos remarques et surtout votre rapidité de réponse à mes E-mails.
 Au terme de ces quatre années de thèse, je tiens à exprimer ma profonde reconnaissance à toutes les personnes qui m’ont permis de la réaliser:
 Le Ministère de la Recherche, Sidaction pour leur soutient financier ainsi que l’ANRS pour avoir financé ce projet.
 Au Professeur Alain Burger, pour m’avoir confié ce sujet de recherche, pour nos conversations scientifiques, votre rigueur et vos encouragements quand je commençais à baisser les bras. Je crois que je ne vous remercierai jamais assez de m’avoir fait quitter mon « Alsace d’adoption» pour Nissa la bella.
 Aux Drs Valérie Vivet et Catherine Isel pour toutes les manips de bio, Philippe Wolf pour la synthèse des oligonucléotides modifiés par la « capricieuse » 8vdA ainsi qu’Alice Limonciel pour sa contribution à la caractérisation de la 8thdA.
 Au Dr. Anne-Marie Aubertin, pour avoir accepté d’effectuer les tests biologiques de certains composés synthétisés durant cette thèse.
 Mes remerciements vont également aux personnels des services de RMN à Strasbourg et à Nice pour leurs compétences et leur disponibilité.
 Je tiens également à remercier la superbe équipe que j’ai quitté trop prématurément à Strasbourg. Françoise, Vivi, Gaëtan, même si je suis loin de vous, je pense à vous très souvent. J’ai passé en votre compagnie des moments inoubliables que ce soit au labo, ou en dehors. Merci pour votre bonne humeur, vos conseils et surtout un énorme Merci à toi Gaëtan, d’avoir été là cet été et pour le temps que tu as consacré à la lecture d’une partie de ce manuscrit.
Véro.
Merci aussi à toute l’équipe niçoise, Nadia, Christophe, Jacques, Audrey, Danielle et
 Je n’allais quand même pas oublier tous ceux avec qui j’ai partagé les « joies » de la thèse et les galères des commandes. Camille ma partenaire de paillasse, on était un peu isolé ième au 6 mais le temps est vite passé avec Lolo, Pascal, Greg, Loic, Vanessa, sans oublier le
boss de la chimie, le Dr. Momo. Durant ces derniers mois on a partagé les galères de l’écriture et de la correction, alors après tout ça, que je n’entende surtout pas que tu t’es recyclé dans l’informatique !!! Et enfin ma petite Marie. Faudra maintenant te débrouiller comme une grande mais j’ai confiance en toi et tu finiras par être une pro de la chimie des chromones. Tu commences déjà à l’être ! Courage pour la suite.  Ils ne sont plus au labo, mais c’est comme s’ils n’étaient jamais partis. Karine, Dom Guillaume, Corine, et Sergio. Merci pour ces deux superbes années, pour votre bonne humeur et votre disponibilité.
 A ma Coco, Semsem, Salim, Moheb, Arzou, Skandy, Jiji et Martine. Vous êtes tous loin de moi, mais d’un simple coup de téléphone, je sens votre présence à mes cotés. Vous avez été toujours là dans les bons moments, mais aussi quand j’avais besoin d’être rassurée, réconfortée ou tout simplement de parler. Vous avez été ma nouvelle famille et rien que pour ça je vous dit un énorme Merci.
 A Guigui. Merci d’avoir été là à mes cotés, de m’avoir fait découvrir et aimer cette belle région. Je ne garderais que les meilleurs moments de cette belle rencontre.
 Je ne pouvais pas finir sans dire un ENORME MERCI à mon Papinou. Depuis le début, tu m’as fait confiance en me laissant partir vers l’inconnu. Tu nous as quitté beaucoup trop tôt sans que je puisse te dire au revoir. Il ne se passe pas un jour sans que je pense à toi et je suis sûr que de là haut tu seras avec moi pour ce premier moment important de ma vie. Il me reste ma Maminette, rabena yekhaliki leya ya aghla om fel donia, Bibou, Mimou, Vouta, Doudi et Sam, je ne vous dirais jamais assez Merci.
Abréviations et acronymes
A Ac : Acétyle Ac2O: Anhydride acétique ADN: Acide désoxyribonucléique Ala : Alanine 2-AMP: 2-aminopyridine 2-AP: 2-aminopurine ARN: Acide ribonucléique ARNt: Acide ribonucléique de transfert ATP: Adénosine triphosphate AZT: Azidothymidine
B BSA:bis-triméthylsilylacétamide BrOP: Bromo-tris-(diméthylamino)phosphonium hexafluorophosphate. BSTFA:bis-triméthylsilyl-trifluoroacétamide BTT: 5-benzylthio-1H-tétrazole BuLi: Butyllithium tBuOH:Tertiobutanol Bu3N: Tributylamine tBuMgBr: Bromure deter-butyl-magnésien
C C: Cytosine CE: Cyanoéthyle CDI: Carbonyldiimidazole CH2Cl2: Dichlorométhane CH3CN: Acétonitrile CHCl3: Chloroforme CH3NO2: Nitrométhane CLHP: Chromatographie liquide à haute préssion mCPBA: acideméta-chloro-para-benzoïque CoCl2: Chlorure de Cobalt CPG: Controlled Pore Glass CSO: (1S)-(+)-(10-camphorsulfonyl)oxaziridine
D dATP: Désoxyadénosine triphosphate DBU: 1,8-diazabicyclo-[5.4.0]-undec-7-ene dCTP: Désoxycytidine triphosphate DCA: Acide dichloroacétique DCC: Dicyclohéxycarbodiimide dGTP: Désoxyaguanosine triphosphate DIPEA: Diisopropyl-éthylamine dNTP: Désoxynucléoside triphosphate DMAP: Diméthylaminopyridine DMF: diméthylformamide DMSO: Diméthylsulfoxide
DMTr: Diméthoxytrityle DMTrCl: Chlorure de diméthoxytrityle dTTP: Désoxythymidine triphosphate dUTP: Désoxyuridine triphosphate
E EDC: 1-(3-diméthylaminopropyl)-3-éthylcarbodiimide ESI: Electron Spray Ionisation EtOH: Ethanol ETT: 5-éthylthio-1H-tétrazole Et2O: Ether
G G : Guanosine GADPH : Glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase
H H2SO4: Acide sulfurique HATU: O-(7-azabenzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tétraméthyluronium hexafluorophosphate HBTU: O-(benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tétraméthyluronium hexafluorophosphate. HOBt: N-hydroxybenzotriazole HCl: Acide chlorydrique
I INRT: Inhibiteur nucléosidique de la Rétrotranscriptase INRT-MP: Inhibiteur nucléosidique de la Rétrotranscriptase monophosphorylé INRT-TP: Inhibiteur nucléosidique de la Rétrotranscriptase triphosphorylé  iPrPac:isopropylphénoxyacétique
K K2CO3: Carbonate de potassium K2HPO4: Hydrogénophosphate de potassium
L LDA: Lithium-diisopropylamine LCAA-CPG: Long Chain Alkyle Amine Controlled Pore Glass. Lys: Lysine
M M: Molaire MeOH: Méthanol MES: Acide 2-morpholinoéthane sulfonique
N Na2HPO4: Hydrogénophosphate de sodium NaHCO3: Hydrogénocarbonate de sodium NaOMe: Méthanolate de sodium NCp7 : Protéine de la nucléocapside NEt3: Triéthylamine NH4OH: Ammoniac
NMI: N-méthylimidazole NMP: N-méthylpyrrolidone NOE:Nuclear Overhauser Effect NOESY: Nuclear Overhauser Effect Spectroscopy
O ODN: Oligonucléotide
P Pac : Phénoxyacétyl Pd(PPh3) : Tétrakis triphénylphosphine de palladium Pd/C: Palladium sur charbon PEG: Polyéthylène glycol Phe: Phénylalanine PNA : Peptide Nucleic Acid PNO : 2-(phénylsulfonyl)-3-(3-nitrophényl)-oxaziridine POCl3:Trichlorophosphate ppm: Particule par million PyBrOP: Bromo-tripyrrolidinophosphonium hexafluorophosphate
R RMN: Résonnance magnétique nucléaire. RT: Rétrotranscriptase
S SN: Substitution nucléophile SnBu3Cl: Chlorure de tributylétain
T TAR: Trans Activating Response element Tat: Trans Activator TCA: Acide trichloroacétique TEAA:Triéthylammonium acétate TEAB : Triéthylammonium bicarbonate TFA: Acide trifluoroacétique THF: Tétrahydrofurane Tm: Température de fusion
U U: Uridine UV: Ultra-Violet
V VIH: virus d’immunodéficience humaine
TABLE DES MATIERES
CHAPITRE I. INTRODUCTION GENERALE
I. Rappels préliminaires sur la structure de l’ADN 1 1.1 Structure de l’ADN ..................................................................................................................... 1 1.2. Les différentes conformations adoptées par la base et le désoxyribose ................................ 2 1.3. Convention de numérotation................................................................................................................... 3 II. Le Virus d’Immunodéficience Humaine (VIH). 4 2.1. Le VIH en quelques chiffres...................................................................................................... 5 2.2. Historique de la maladie............................................................................................................ 6 2.3. Modes de transmission............................................................................................................... 7 2.4. L’agent pathogène...................................................................................................................... 7 III. La particule virale. 9 3.1. La structure virale. .................................................................................................................... 9 3.2. Le cycle de réplication. ............................................................................................................ 11 3.2.1. L’entrée dans la cellule. ......................................................................................................................11 3.2.2. Devenir dans la cellule hôte................................................................................................................13 3.2.3. Libération de la particule virale. .........................................................................................................13 3.3. Le génome viral. ....................................................................................................................... 14 3.3.1. Les protéines structurales. ..................................................................................................................14 3.3.2. Les protéines régulatrices. ..................................................................................................................15 3.3.3. Les protéines accessoires....................................................................................................................16 3.4. Les enzymes virales. ................................................................................................................. 17 3.4.1. La Rétro Transcriptase (RT). ..............................................................................................................17 3.4.2. L’Intégrase virale................................................................................................................................21 3.4.3. La protéase virale................................................................................................................................24 IV. Les cibles thérapeutiques potentielles et chimiothérapie anti-VIH. 25 4.1. La fusion membranaire. .......................................................................................................... 25 4.2. Inhibition de L’Intégrase virale.............................................................................................. 28 4.3. Inhibition de la Protéase virale. .............................................................................................. 29 4.4. La rétrotranscription............................................................................................................... 32 4.4.1. Les inhibiteurs non-nucléosidiques. ...................................................................................................32 4.4.2. Les inhibiteurs nucléosidiques............................................................................................................33 V. Problème majeur : les résistances aux traitements. 38 5.1. Les différents mécanismes de résistance. ............................................................................... 38 5.2. Exemple de l’AZT. ................................................................................................................... 39 VI- La spectroscopie de fluorescence, concept et aspects généraux. 40 6.1. Principe de la spectroscopie de fluorescence [145]............................................................... 40 6.2. Les paramètres de la fluorescence. ......................................................................................... 42
1
Soyez le premier à déposer un commentaire !

17/1000 caractères maximum.