UNIVERSITE LOUIS PASTEUR STRASBOURG

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Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
UNIVERSITE LOUIS PASTEUR STRASBOURG 2004 Ecole doctorale de physique, chimie-physique et mathématiques THESE présentée pour l'obtention du grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE LOUIS PASTEUR Domaine : Biophysique par Hervé BELTZ Etude par fluorescence de l'importance des structures primaires et secondaires de la séquence cTAR et de la protéine NCp7 lors du premier saut de brin de la transcription inverse de VIH-1. Soutenue le 5 novembre 2004 devant la commission d'examen : Dr. Jean-Claude BROCHON Rapporteur externe Dr. Matteo NEGRONI Rapporteur externe Dr. Guy ZUBER Rapporteur interne Pr. Yves MELY Directeur de thèse

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Publié le : mercredi 20 juin 2012
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Source : scd-theses.u-strasbg.fr
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UNIVERSITE LOUIS PASTEUR STRASBOURG 2004Ecole doctorale de physique, chimie-physique et mathématiques THESE
présentée pour l’obtention du grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR Domaine : Biophysique par Hervé BELTZ Etude par fluorescence de l’importance des structures primaires et secondaires de la séquence cTAR et de la protéine NCp7 lors du premier saut de brin de la transcription inverse de VIH-1.Soutenue le 5 novembre 2004 devant la commission d’examen : Dr. Jean-Claude BROCHON Rapporteur externe Dr. Matteo NEGRONI Rapporteur externe Dr. Guy ZUBER Rapporteur interne Pr. Yves MELY Directeur de thèse
UNIVERSITE LOUIS PASTEUR STRASBOURG 2004Ecole doctorale de physique, chimie-physique et mathématiques THESE
présentée pour l’obtention du grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR Domaine : Biophysique par Hervé BELTZ Etude par fluorescence de l’importance des structures primaires et secondaires de la séquence cTAR et de la protéine NCp7 lors du premier saut de brin de la transcription inverse de VIH-1.Soutenue le 5 novembre 2004 devant la commission d’examen :
Dr. Jean-Claude BROCHON Dr. Matteo NEGRONI Dr. Guy ZUBER Pr. Yves MELY
Rapporteur externe Rapporteur externe Rapporteur interne Directeur de thèse
A mon épouse Christelle, A mes Parents, A mes Grand-mères, A mes beaux-parents.
Ce travail de thèse a été réalisé au Laboratoire de Pharmacologie et Physico-chimie des Interactions Moléculaires et Cellulaires, UMR 7034 du CNRS, dirigé par le Dr. Ken Takeda à la Faculté de Pharmacie de Strasbourg que je remercie de m’avoir accueilli dans son unité. Je remercie le Dr. Guy Zuber, le Dr. Matteo Negroni, ainsi que le Dr. Jean-Claude Brochon de l’honneur qu’ils me font de juger ce travail. Je remercie le Pr. Yves Mély de m’avoir accueilli dans son équipe et de m’avoir suivi pendant trois ans. Merci à Hugues pour tes conseils et ta patience. Merci de ton aide pour les « manips » ainsi que pour l’écriture de ce manuscrit. Je remercie particulièrement Emma pour son soutien et les discussions devant un coca, David pour son amour de la gastronomie alsacienne mais aussi son soutien au Racing cette année sans commentaire sur les résultats, Serena pour ton aide et tes conseils pas toujours scientifiques : sans toi je n’aurais jamais appris à « maniper » aussi vite, Nathalie ma voisine j’espère que je n’ai pas été trop envahissant, Caroline merci pour tes discussions surtout vestimentaires et d’aménagement d’intérieur. Merci à Nick courage tu y arrivera si tu veux on fait le point !!! Je remercie également tous les autres membres du « zoo » passés et présents : Vasyl, Jean-Pierre, Andrey, Raja, Lionel…  Merci aux étudiants de l’aile pharmacologie tout particulièrement Moussa et Mamadou vous m’avez apporté la joie, la bonne humeur et le soleil d’Afrique.  Merci à Emmanuel pour ta bonne humeur et les expériences en FCS, même si cela n’a pas toujours été facile.  Merci à Denis pour de longues polémiques sur la sécurité informatique mais pas que cela !!!  Merci à Marlyse pour ton aide précieuse.  Merci à Nicole pour son aide, son soutien et surtout son moral à toute épreuve.  Merci à tous mes amis qui m’ont soutenus et supportés pendant trois ans : Estelle, Yves, Jean-Phi, Catherine, Agnès et Antoine …Merci aussi à Axel et Véro.
 Je voudrais remercier l’ensemble de ma famille et particulièrement mes deux grand-mères « Mémé et Mamama». « Sech jetz fertig met dam studiera. » Je voudrais également remercier mes beaux-parents pour leur soutien moral durant mes études et l’intérêt qu’ils ont porté à la science.  Je voudrais remercier mes parents pour le soutien financier mais aussi et surtout moral depuis le début de ma thèse mais aussi depuis le début de ma scolarité. Pour tout cela merci.  Enfin, je voudrais te remercier toi Christelle tu as été là tous les jours toutes les heures pour me soutenir merci du fond du cœur.
ABREVIATIONS
ADA ADN ARN ARNmARNt CA CCHC CKR DABCYL DIBA DIS DLS DTNB EnvFCS Fl FRET Gag IN kb LTR MA MEM NCp NOBAnt Pol PBS PPT PR R
Azodicarbonamide Acide désoxyribonucléique Acide ribonucléique ARN messager ARN de transfert protéine de capside Motif CysX2CysX4HisX4His où X=Acide aminé Récepteur de chimiokine 4-(4’-dimethylaminophenylazo)acide benzoïque 2,2’-Dithiobis[benzamide] Dimerization Initiation Site Dimer Linkage Structureacide 5,5’-Dithiobis-2-nitrobenzoïque gène des protéines d’enveloppeFluorescence correlation spectroscopy5/6-carboxyfluorescéine FluorescenceResonanceEnergyTransfergène des protéines de structure intégrase kilobase Long Terminal Repeat protéine de matrice Maximum d’Entropie protéine de la nucléocapside Nitrobenziamide nucléotide gène des protéines de enzymatiques Primer Binding SitePolyPurine Tractprotéase séquence redondante située aux deux extrémités de l’ARN génomique
Rh6G RMN RNAse H RRE RT SIDA SD SU TAC TAR cTAR Tat TM TMR TRIS U3 U5
VIH
5/6-carboxyrhodamine Résonance Magnétique Nucléaire Ribonucléase H
Rev Response Element rétrotranscriptase ou transcriptase inverse Syndrome de l’ImmunoDéficience Acquise majorSpliceDonorsiteprotéine de Surface Convertisseur temps-amplitude Trans-Acting Responsive elementséquence complémentaire de TAR TransActivator of Transcriptionprotéine transmembranaire 5/6-carboxytétramethylrhodamine Tris(hydroxyméthyl)aminométhane séquence unique située en 3’ de l’ARN génomique séquence unique située en 5’ de l’ARN génomique
Virus de l’Immunodéficience Humaine
Table des matières
Table des matières
Table des matières _______________________________________________________ - 1 -
Introduction Générale ____________________________________________________ - 5 -
Introduction Bibliographique ______________________________________________ - 9 -
I) Le Virus de l’Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) _____________________ - 11 -A) La famille des rétrovirus__________________________________________________________ - 11 -1) Découverte et définition générale_________________________________________________ - 11 -2) Classification des rétrovirus _____________________________________________________ - 11 -a)LesOncovirinae- 11 -(Oncovirus) _______________________________________________ b)LesSpumavirinae- 12 -(Spumavirus) ____________________________________________ c)LesLentivirinae(Lentivirus) _______________________________________________ - 12 -B) Caractéristiques du virus VIH-1 ____________________________________________________ - 12 -1) Découverte et démographie _____________________________________________________ - 12 -2) Structure de VIH-1 ____________________________________________________________ - 14 -3) Organisation du génome du virus _________________________________________________ - 16 -a)Les régions non codantes __________________________________________________ - 16 -b)Les régions codantes______________________________________________________ - 17 -4) Cycle de réplication du virus ____________________________________________________ - 21 -a)Fixation et entrée du virus dans la cellule hôte__________________________________ - 22 -b)Le désassemblage ou « uncoating » et la transcription inverse _____________________ - 22 -c)Intégration du génome viral ________________________________________________ - 29 -d)Expression du génome viral ________________________________________________ - 30 -e)Encapsidation, assemblage des virions, bourgeonnement et maturation ______________ - 31 -5) Les thérapies actuelles et futures _________________________________________________ - 34 -a)________________________________________ - 35 -Les inhibiteurs de la rétrotranscriptase b)Les inhibiteurs de la protéase _______________________________________________ - 35 -c)Trithérapie _____________________________________________________________ - 36 -d)L'inhibiteur de fusion _____________________________________________________ - 36 -e)_______________________________ - 37 -La thérapie immunitaire à l’interleukine-2 (IL-2) ® f)L’hydroxyurée (Hydrea )__________________________________________________ - 37 -g)Autres cibles de traitements ________________________________________________ - 37 -h)Les inhibiteurs de la NCp7 _________________________________________________ - 38 -i)Un vaccin anti-VIH/SIDA ? ________________________________________________ - 41 -C) Caractéristiques de la protéine de la nucléocapside de VIH-1 (NCp7) ______________________ - 42 -
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