Exposé BIZUTAGE

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  • exposé - matière potentielle : bizutage
Exposé BIZUTAGE • Aujourd'hui : Philippe VEBER & Goulven KERBELLEC – JOBIM – ECCB/ISMB
  • analyse automatique des données de puces cgh
  • apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments
  • directions des protéines dans l'espace ¶
Source : irisa.fr
Nombre de pages : 40
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Exposé BIZUTAGE
• Aujourd'hui : Philippe VEBER & Goulven KERBELLEC
–JOBIM
– ECCB/ISMBJOBIM 2004 & ECCB/ISMB 2004
• 5èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques
• http://www.congresbcu.com/jobim2004/fr/default_fra.htm
• European Conference on Computational Biology /
Intelligent Systems for Molecular Biology
• http://www.iscb.org/ismbeccb2004JOBIM 2004
• Montréal (conférence francophone)
• 28-30 juin
•6 keynotes
• 30 articles
• 90 postersKeynotes (1)
• Mathieu BLANCHETTE
«Approches informatiques pour la détection et la
caractérisation de régions fonctionnelles non-
codantes dans le génome humain»
– Université de McGill
– Université de WashingtonKeynotes (1)
• Mathieu BLANCHETTE
«Approches informatiques pour la détection et la
caractérisation de régions fonctionnelles non-
codantes dans le génome humain»
– L'objectif est d'identifier les sous-séquences
régulatrices dans les séquences d'ADN
– Sachant que si elles sont fonctionnelles elles
ont moins évolué que les sous-séquences
non-fonctionnelles(Phylogenic Footprinting)An Exact Algorithm
(generalizing Sankoff and Rousseau 1975)
W [s] = best parsimony score for subtree rooted at node u,
u
if u is labeled with string s.

ACGG: +∞

ACGT: 0
ACGG: 1
k
4 entries
...
ACGT: 0
...
AGTCGTACGTG

ACGG:∞
ACGT :0
...

ACGGGACGTGC
ACGG: 2

ACGG:∞
ACGT: 1
ACGT :0
...
...
ACGTGAGATAC

ACGG:∞
ACGT :0
...
GAACGGAGTAC

TCGTGACGGTG

ACGG: 1

ACGG: 0
ACGT: 1
ACGG: 0
ACGT: 2
...
ACGT: +∞
...
...Keynotes (1)
• Mathieu BLANCHETTE
* Blanchette, M. and Tompa, M. (2002) Discovery of Regulatory
elements by a computational method for phylogenetic footprinting.
Genome Research.
* Blanchette, M., Schwikowski, B. and Tompa, M. (2001) Algorithms for
phylogenetic footprinting. Journal of Computational Biology.
* Blanchette, M. and Sinha, S. (2001) Separating real motifs from their
artifacts. Bioinformatics (ISMB special issue).17:S30-S38.Keynotes (2)
• Les Phylogénistes :
Hervé PHILIPPE versus Bernard DUJON
«Rôle de la spéciation et importance des stratégies de reproduction sur l'origine et le maintien de la
biodiversité du genre Echinocardium (échinides spatangoïdes) ; comparaisons des approches moléculaire
contre morphométrique»versus« Evolution of gene order in the genomes of two related yeast species»
– Absolument pas d'accord sur une position
d'une levure dans un arbre phylogénétique ...Quelques Articles
• JO-1 & JO-10 sur les alphabets
structuraux
– "Description simplifiée des conformations 3D
des protéines à l'aide d'un Alphabet
Structural", Anne-Claude CAMPROUX INSERM U346 PARISVII
– "Prédiction de l'architechture protéique locale
par l'intermédiaire d'un Alphabet Structural",
Thomas VINCENT INSERM U346 PARISVII
=> 27 blocs structuraux appris par HMM qui
déterminent les directions des protéines dans
l'espaceQuelques Articles (2)
•JO-77
– "Vers l'identification de nouveaux oncogènes
et gènes suppresseurs de tumeurs. Analyse
automatique des données de puces CGH
(Comparative Genomic Hybridization)", Céline
ROUVEIROL LRI, PARIS SUD et Institut CURIE
•JO-46
– "Apprentissage d'automates par fusions de
paires de fragments significativement
similaires et premières expérimentations sur
les protéines MIP", F. COSTE

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