Christophe Pouzat

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Christophe Pouzat

Publié le : jeudi 21 juillet 2011
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Christophe Pouzat
Curriculum vitae
N le 14 Avril 1970 À Tours, Indre et Loire (37). Nationalit franÇaise. Mari. 1 enfant.
Situation professionnelle Je suis charg de recherche au CNRS depuis Janvier 2001, CR1 depuis le er 1 Octobre2005. Je dirige l’quipe de« StatistiquesComputationnelles pour l’Analyse de Donnes Neurophysiologiques»au« Laboratoirede Physiologie Crbrale »(CNRS, UMR 8118) de l’UFR biomdicale l’Universit Paris-Descartes.
Parcours acadÉmique DEUG A À l’Universit FranÇois Rabelais de Tours (1988-1990). Licence et Matrise de Physique fondamentale À l’Universit d’Orsay (1990-1992). Stage de Licence sur «Les monopÔles magntiques de ’t Hooft et Polyakov, la brisure spontane de symtrie et le mcanisme de Higgs », sous r la direction du DHagop Sazdjian au laboratoire de Physique Thorique de l’IN2P3 d’Orsay. Stage de Matrise sur «La rsonance magntique en r milieu poreux» sous la direction du DCyryl Eisenberg À l’Universit de Canterburry (Angleterre). Èlve de L’Ècole Normale Suprieure de la rue d’Ulm (1992-1995) oÙ j’ai suivi une formation en Biologie par des stages en laboratoire de 2 À 5 mois, plutÔt que par des cours formels. Les thmes de ces stages taient : r – Photosynthseavec le DJrÔme Lavergne et le Professeur Pierre Joliot À l’Institut de Biologie Physico-Chimique. r – BiologieMolculaire avec le DClaude Jacq au la laboratoire de Biologie Molculaire de l’ENS.
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r r – Neurobiologieexprimentale avec le DBoris Barbour et le DAlain Marty au laboratoire de Neurobiologie de l’ENS. r – Modlisationen Neurobiologie avec le DKen Stratford et le Professeur Julian J. B. Jack À l’Universit d’Oxford (Angleterre). de Neurobiologie» du Laboratoire de Biologie Marine de Woods« Cours Hole (Massachussetts, USA) de Juin À AoÛt 1994. », ÀStructure et fonctionnement des systmes biologiques intgrsDEA « l’Universit d’Orsay (1994-1995). Stage en Laboratoire au Max Planck In-stitut fr biophysikalische Chemie de Gttingen en Allemagne, sous la di-r rection du DAlain Marty. Doctorat en Biologie de l’Universit d’Orsay (1995-1998) sous la direction r du DAlain Marty. Le travail a en fait t effectu au Max Planck Institut fr biophysikalische Chemie de Gttingen.
Stage post-doctoral r J’ai travaill dans le laboratoire du DGilles Laurent au « California Institute of Technology» de Pasadena, Californie de Janvier 1999 À Dcembre 2000. J’y ai dvelopp les enregistrements extracellulaires multiples dans le premier relais olfactif du criquet (Schistocerca americana) ainsi que les mthodes d’analyses requises.
CompÉtences Mthodes d’analyse de donnes : – Infrencestatistique base sur la fonction de vraisemblance : maximum de vraisemblance, intervals de vraisemblance, profils de vraisemblance. Mthodes d’optimisation numriques associes. – Infrence bayesienne par la mthode de Monte-Carlo par Chanes de Markov (MCMC). – Mthodesde simulation bases sur des quations diffrentielles ou par Monte-Carlo. – Mthodesde clustering/classification aussi bien exploratoires que bases sur modles. – Mthodesd’analyse fonctionnelle : spline de lissage, vraisemblance lo-cale, etc. – Estimationde l’intensit conditionnelle de processus ponctuels par des mthodes non paramtriques. Dveloppement de tests de qualits d’a-justement originaux pour ce type de modles. – Exprienceavec modles de mlanges, mthodes de dconvolution pour
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l’analyse d’image, quations diffrentielles ordinaires et quations dif-frentielles aux drives partielles. – Misen oeuvre des concepts de« recherche reproductible ». Programmation : – Logiciels:R,Scilab,GGobi,Maxima. – Langages: C, Lisp/Scheme, R. – Dveloppementde paquetages pour R. – Miseen oeuvre de « paralllisation triviales » avec MPI ou avec Twisted. Utilisation de « Cluster Boewulf ». – Utilisationde Linux et administration systme. – Matrisedes outils de programmation GNU : Emacs, gcc, gdb,ddd. Mthodes exprimentales : – Enregistrementspar le mthode du « patch-clamp » sur tranches de cerveau de vertbrs et prparation de celles-ci. – Techniqued’tude morphologique des neurones enregistrs par injection de biocytin. – Enregistrementsin vivo par matrices d’lectrodes extra-cellulaires. – Dissectiond’insectes (criquet, blattes, abeilles) pour enregistrements lec-trophysiologiques in vivo. A Èdition : matrise de LT X et du langage HTML ; utilisation d’Open Office. E Langues trangres : Anglais (parl et crit), Allemand (parl).
Logiciels Je dveloppe et distribue sous licence GNU GPL trois logiciels :SpikeOMatic etSTAR, pour l’analyse des donnes enregistres avec des matrices d’lectrodes extracellulaires etCalciOMaticpour l’analyse des mesures de concentration d’ions Calcium au moyen de sondes fluorescentes (ce dernier logiciel est dvelop en collaboration avec Sbastien Joucla). Ces trois logiciels se prsentent sous forme de paquetages R.
Encadrement Niveau DEA/Master 2 : j’ai encadr trois tudiants, Matthieu Delescluse (2001-2002), Hang-Hung (2004-2005) etPierre Bohec(2007-2008). Thse : Matthieu Delescluse a soutenu sathseen Novembre 2005, Antoine Chaffiol a soutenula sienneen Dcembre 2007. Je co-encadre actuellement (avec le Professeur Thibault Colin) la thse de Tiffany Lieury. Post-doc : Andrea Ridolfi (Novembre 2005 - Novembre 2006), Sbastien Joucla (Janvier 2008 - prsent).
Enseignement
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J’interviens dans des options de M1 et M2 sous forme decoursde 2 À 6 heures depuis 2001. Ces cours portent sur : l’olfaction, l’olfaction des insectes, les mth-odes d’enregistrements par matrices d’lectrode extra-cellulaires et l’analyse des donnes ainsi gnres, la gnration de nombres pseudo-alatoires. J’ai enseign À l’«Ècole d’t des Houches : mthodes et modles en neuro-physique » oÙ j’ai donn un cours sur les techniques de tri des potentiels d’action. Depuis 2009 je suis charg d’un cours d’« Analyse Statistique des Donnes » dans le cadre du Master 2 de Physique :« Systme Complexes »(30 heures de Cours + TD).
Reviewer J’examine rgulirement des articles soumis au «Journal of Neurophysiol-ogy » et au « Journal of Neuroscience Methods ». Je suis galement examinateur de projets ANR.
Publications Scientifiques
Sebastien Joucla, Andreas Pippow, Peter Kloppenburg & Christophe Pouzat (in press) Quantitative estimation of calcium dynamics from ratiometric measurements : A direct, non-ratioing, method.The Journal of Neurophys-iology.
Pippow, A.; Pouzat, C. & Kloppenburg, P. (2009) Differences; Husch, A. of Ca(2+) handling properties in identified central olfactory neurons of the antennal lobe.Cell Calcium46: 87-98.
Christophe Pouzat & Antoine Chaffiol (2009)Automatic Spike Train Anal-ysis and Report Generation. An Implementation with R, R2HTML and STAR.Journal of Neuroscience Methods181: 119-144.
; Yvert, B.; Magnin, I. E. & Guille-; Pouzat, C.; Chaffiol, A.Escola, R. maud, R (2008) SIMONE : A Neural Simulator to Test MEA-embedded Algorithms.IEEE Transactions on Neural and Rehabilitation Engineering 16: 149-160.
; Llano, I. & Marty,Mejia-Gervacio, S.; Collin, T.; Pouzat, C.; Tan, Y. P. A (2007) Axonal Speeding : Shaping Synaptic Potentials in Small Neurons
by the Axonal Membrane Compartment.Neuron53: 843-855.
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Matthieu Delescluse et Christophe Pouzat (2006)Efficient spike-sorting of multi-state neurons using inter-spike intervals information.The Journal of Neuroscience Methods150: 16-29
Christophe Pouzat (2005)Technique(s) for Spike - Sorting.InMethods and Models in Neurophysics. Les Houches 2003 Summer School. Èditeurs : Chow, C C, Gutkin, B, Hansel, D, Meunier, C et Dalibard, J. Elsevier.
Christophe Pouzat, Matthieu Delescluse, Pascal Viot and Jean Diebolt (2004) Improved Spike-Sorting By Modeling Firing Statistics and Burst-Dependent Spike Amplitude Attenuation : A Markov Chain Monte Carlo Approach. The Journal of Neurophysiology91: 2910-2928
Christophe Pouzat, Ofer Mazor and Gilles Laurent (2002)Using noise sig-nature to optimize spike-sorting and to assess neuronal classification qual-ity.The Journal of Neuroscience Methods122: 43-57
Lia Forti, Christophe Pouzat and Isabel Llano (2000)Action potential-evoked Ca2+ signals and calcium channels in axons of developing rat cerebellar in-terneurones.The Journal of Physiology527: 33-48
Christophe Pouzat and Alain Marty (1999)Somatic Recording of GABAer-gic Autoreceptor Current in Cerebellar Stellate and Basket Cells.The Jour-nal of Neuroscience19: 1675-1690
Christophe Pouzat and Alain Marty (1998)Autaptic inhibitory currents recorded from interneurones in rat cerebellar slices.The Journal of Physiology509: 777-783
Christophe Pouzat and Shaul Hestrin (1997)Developmental Regulation of Basket/Stellate CellPurkinje Cell Synapses in the Cerebellum.The Jour-nal of Neuroscience17: 9104-9112
Lindy M. Wahl, Christophe Pouzat and Ken J. Stratford (1996)Monte Carlo simulation of fast excitatory synaptic transmission at a hippocampal synapse. The Journal of Neurophysiology75: 597-608
Shira TS, Nairn AC, Kloppenburg P, Lin Z, Pouzat C (1995) A role for calcineurin (protein phosphatase-2B) in the regulation of glutamate release.
Biochem Biophys Res Commun212: 609-616
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