Prog cours PhysiopathCM 2006

UNIVERSITE LOUIS PASTEUR




MASTER VIE ET SANTE



PROGRAMME DES COURS




Spécialité




PHYSIOPATHOLOGIE CELLULAIRE ET

MOLECULAIRE





Domaine : Sciences

Master Mention Vie et Santé


Spécialité Physiopathologie Cellulaire et Moléculaire



Responsables pédagogiques du master :
Dr G. Prévost Pr S. Bahram

UPRES EA-3432, Institut de Bactériologie Centre de Recherches d’Hématologie
de la Faculté de Médecine, et d’Immunologie de la Faculté de
Médecine,
3 rue Koeberlé, 4 rue Kirschleger,
F-67000 Strasbourg. F-67085 Strasbourg cedex

Tel : 03 90 24 37 57 Tél. : 33 3 90 24 39 92
Fax : 03 88 25 11 13 Fax : 03 90 24 40 16

E-mail : gilles.prevost@medecine.u-strasbg.fr E-mail : siamak@hemato-ulp.u-
strasbg.fr





Pré-requis (exemples de cours) :
• Bases académiques indispensables
Biologie cellulaire et moléculaire, éléments de physiologie

• Types de profil admis dans cette formation
Licences de Biologie, Biologie cellulaire, et Physiologie
Licences de Biochimie et Biologie Moléculaire


Les dossiers extérieurs à l’ULP seront évalués par la commission pédagogique
(Juin, juillet, septembre de chaque année)



Masters 2 accessible depuis ce Master :
Biologie Cellulaire Intégrée (de plein droit), d’autres spécialités sur examen des
dossiers en fonction des options validées par le candidat.
PROGRAMME DES COURS - UNIVERSITE LOUIS PASTEUR

MASTER VIE ET SANTE –

Spécialité PHYSIOPATHOLOGIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE

Vingt cinq unités de recherche (INSERM, CNRS, EA) soutiennent cette
formation multidisciplinaire à la recherche médicale sur les thèmes de la
cancérologie, la génétique humaine, l’immunologie, la microbiologie
médicale, et de la biologie et médecine de la reproduction. La formation
développe la transversalité, la communication scientifique et le
rapprochement rapide vers le monde de la recherche avec des
expériences pratiques en laboratoires permettant aux étudiants
d’acquérir une vision précise et dynamique des possibilités de recherche
et des approches nécessaires pouvant répondre aux problématiques de
la Santé Humaine. Loin d’être un enseignement médical, il s’agit d’un
enseignement fondamental axé sur la biologie humaine et ses
mécanismes pathologiques.
La formation Physiopathologie Cellulaire et Moléculaire est adaptée aux
étudiants scientifiques, médecins, pharmaciens ou dentistes.


BILAN d’exercice

Nombre d’inscrits 2005-2006
M1 : 87 inscrits, soit 57 IA dont 19 étudiants scientifiques + 30 IP ;
M2 : 23 étudiants (9 étudiants du secteur Santé)

Résultats sessions 2006 :
M1 : 17 reçus (étudiants scientifiques) en juin / 19 reçus définitifs.
Le cas des étudiants du secteur Santé est particulier puisque validant M1 sur
plusieurs années ; 68 étudiants du secteur Santé se sont inscrits,
54 étudiants ont validé de 3 à 30 crédits au cours de 2005-2006,
17 étudiants sont désormais titulaires du Master Vie et Santé, spécialité
Physiopathologie Cellulaire et Moléculaire au titre de 2005-2006.

M2 : 16 reçus en juin, 23 reçus définitifs.
11 étudiants continuent en thèse, 2 étudiants se réorientent vers d’autres
Masters, 2 étudiants changent de voie, 1 étudiant est en recherche de
thèse ; 7 étudiants du secteur Santé poursuivent d’abord leur formation
professionnelle, 2 sont inscrits en thèse, 3 au moins envisagent une
thèse ensuite.

Nombre d’inscrits 2006-2007
M1 : >95 inscrits, soit > 66 IA dont 20 étudiants scientifiques, + 29 IP ;
mais projection > 100 inscrits
M2 : 23 étudiants (7 étudiants du secteur Santé).
MASTER

PHYSIOPATHOLOGIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE


OPTION CANCEROLOGIE

jean-pierre.bergrerat@chru-strasbourg.fr ; J-Emmanuel.KURTZ@chru-strasbourg.fr

jocelyn.ceraline@ircad.u-strasbg.fr

Calendrier Intitulé du cours Enseignant Date
Structure et organisation du génome
Me 27.09.06 13h30 D. BURNOUF 1h30
Réplication de l’ADN et division cellulaire 15h05 Régulation du cycle cellulaire J-P. BERGERAT 2h00 17h15 Structure et maturation de l’ARN J. STEVENIN 1h30

Je 19.10.06 17h00 Régulation de la transcription J-M. EGLY 2h00
I.
Lu 02.10.06 8h00 Physiologie des récepteurs nucléaires D. MORAS 2h00
Biologie moléculaire de
la cellule
Récepteurs et transduction des signaux mitogènes et

Me 04.10.06 14h00 B. WASYLYK 2h00
antiprolifératifs
16h00
Cellules souches et cellules proliférantes. Régulation de 16h10 L. MAUVIEUX 1h00
la différenciation cellulaire

Membrane cellulaire et transports transmembranaires
Me 11.10.06 14h00 N. BOEHM 1h00
Trafic intracellulaire
Cytosquelette, phagocytose et mobilité 15h05 E. GUERIN 2h00
Adhésions et interactions cellulaires
Me 11.10.06 17h15 Mécanismes de l’apoptose J. CERALINE 1h00




Calendrier Intitulé du cours Enseignant Date
Surveillance de l’intégrité du génome 2h00
Me 18.10.06 14h00 T. LAVAUX
Transformation cellulaire et histoire naturelle des 16h10 J-P. BERGERAT 2h00
cancers

II.
Mécanismes de réponse cellulaire aux dommages dans
Je 28.09.06 17h00 F. DANTZER 2h00
Mécanismes de la
l'ADN et maladies génétiques associées
cancérogenèse


Me 25.10.06 14h00 Cancérogenèse virale F. STOLL-KELLER 2h00
14h00 16h10 Hormones et cancérogenèse (sein/utérus) P. BRETTES 1h30

Me 08.11.06 14h00 Biologie moléculaire des leucoses myéloïdes L. MAUVIEUX 1h00 15h05 Syndromes de prédisposition héréditaire au cancer J-M. LIMACHER 2h00
Facteurs environnementaux 17h15 J. CERALINE 1h30
Modifications épigénétiques et cancérogenèse


Calendrier Intitulé du cours Enseignant Date
Les étapes de la progression tumorale chez l’homme :
Me 15.11.06 14h00 des lésions pré-cancéreuses à la métastase : aspects M-P. CHENARD 2h00
anatomo-pathologiques et moléculaires 16h10 Biologie de l’angiogenèse tumorale C. KLEIN-SOYER 1h00

III.
Biologie de la Je 16.11.06 17h00 Biologie de l’invasion et de la métastase M-C. RIO 2h00
progression tumorale

Me 22.11.06 14h00 Cytogénétique tumorale P. LESSARD 1h30
11h30
Implications du phénotypage moléculaire dans le 15h05 M-P. GAUB 1h00
dépistage, le pronostic et le traitement des cancers
Altérations génétiques au cours de l’initiation et de la
Me 22.11.06 16h10 J. ABECASSIS 1h00
progression tumorale 17h15 Antigènes tumoraux et immuno-surveillance M. RADOSAVLJEVIC 1h00





Calendrier Intitulé du cours Enseignant Date
Chimiothérapies cytotoxiques
2h
Me 29.11.06 14h00 B. DUCLOS
Radiothérapie
- effets biologiques des radiations
ionisantes : optimisation des effets
Me 29.11.06 16h10 G. NOEL 2h
thérapeutiques, ciblage et potentialisation
- effets biologiques et
développement des rayonnements particulaires

IV.
Hormonothérapies : interactions avec les autres voies
Recherche en
Me 06.12.06 14h00 de signalisation cellulaire et nouvelles orientations J. CERALINE 2h
thérapeutiques
thérapeutiques
anticancéreuses 16h10 Mécanismes de résistance aux agents anti-cancéreux I. LELONG 1h

12h30
Développement thérapeutique :
• Thérapie génique
Me 13.12.06 14h00 J-M. LIMACHER 2h
•cellulaire
• Vaccinations anti-tumorales
Développement thérapeutique : D. LIPSKER et J-J.
Me 13.12.06 16h10 1h30
Vaccinations anti-tumorales (Mélanome, HPV)
BALDAUF


• Ciblage moléculaire et nouveaux traitements
2h
Me 20.12.06 14h00 J-E. KURTZ
anticancéreux
Biologie de la
progression tumorale 16h10 Biologie moléculaire des sarcomes J-E KURTZ 2h00
(suite et fin)

Cours : 6 crédits TP en laboratoire de recherche (35h) : 3 crédits
Evaluation Ecrit 3 h Rapport Tech
Unité d’Enseignement GENETIQUE HUMAINE (Pr H. Dollfus)
Helene.DOLLFUS@chru-strasbourg.fr

Lieu des cours : salle 19 d'Anatomie Pathologique – Hôpital Civil
(entrée à l'arrière du bâtiment)


Vendredi 29 septembre
de14.00 à 16.00 : Introduction générale au M1 de génétique humaine. H. DOLLFUS
de 16.00 à 18.00 : Caryotype normal – Anomalies cytogénétiques de nombre et de structure (I). E. FLORI

Vendredi 6 octobre
de 14.00 à 18.00 : Le diagnostic moléculaire des maladies monogéniques. M. COSSEE, V.
BIANCALANA

Vendredi 13 octobre
de 14.00 à 16.00 : Caryotype normal – Anomalies cytogénétiques de nombre et de structure (II). E.
FLORI
de 16.00 à 18.00 : Syndrome microdélétionnel (I). E. FLORI

Vendredi 20 octobre
de 14.00 à 16.00 : Syndrome microdélétionnel (II). E. FLORI
de 16.00 à 18.00 : CGH sur chromosomes. S. DUMANOIR

Vendredi 27 octobre
de 14.00 à 16.00 : Ataxies et paraplégies spastiques héréditaires et mitochondriopathies : aspects cliniques
et pathologiques. C. TRANCHANT
de 16.00 à 18.00 : Ataxies et paraplégies spastiques héréditaires et pathies : aspects
génétiques et moléculaires. M. KOENIG

Vendredi 3 novembre
de 14.00 à 16.00 : Diagnostic pré-implantatoire et biologie moléculaire. C. MOUTOU
de 16.00 à 18.00 : Cytogénétique Moléculaire et DPI par FISH. P. GOSSET

Vendredi 10 novembre
de 14.00 à 16.00 : Démences héréditaires, Parkinson héréditaire et chorée de Huntington : aspects
cliniques et pathologiques. C. TRANCHANT
de 16.00 à 18.00 : Biochimie du Vieillissement. N. DALI-YOUCEF

Vendredi 17 novembre
de 14.00 à 16.00 : Démences et Parkinson héréditaires : aspects génétiques et moléculaires. M. KOENIG
de 16.00 à 18.00 : Maladies à polyglutamnies : chorée de Huntington et ataxies dominantes. D. DEVYS

Vendredi 24 novembre
de 14.00 à 16.00 : Anomalies de développement des membres. B. DORAY
de 16.00 à 18.00 : Liaisons Génétiques. M. KOENIG

Lundi 27 novembre
de 8.00 à 10.00 : Ciliopathies. Génétique et Rétinopathies. H. DOLLFUS
erVendredi 1 décembre
de 14.00 à 16.00 : Pathologies métaboliques de l'enfant, exemple des CDG syndromes et pathologies du
développement liées au métabolisme du cholestérol. B. DORAY
de16.00 à 18.00 : Situations classiques du conseil génétique et difficultés éthiques liées au diagnostic des
maladies génétiques. E. FLORI, B. DORAY, H. DOLLFUS

Vendredi 8 décembre
de 14.00 à 16.00 : La thérapie génique. H. PUCCIO
de 16.00 à 18.00 : Inactivation de l'X. M. COSSEE

Lundi 11 décembre
de 8.00 à 10.00 : Craniosténoses et FGFR. F. PERRIN-SCHMITT, B. DORAY

Vendredi 15 décembre
de 14.00 à 18.00 : Génétique multifactorielle. J.L. MANDEL

Livre recommandé :
Atlas de poche de génétique 2ème édition. PASSARGE E. ; Editeur : FLAMMARION
MEDECINE SCIENCES. Collection : Atlas de poche Flammarion
Date de parution : 15/01/2003, 250 illustrations - 478 pages. ISBN : 2 257 121163
Lieux de cours :
Salles 19 / 23 de l’Institut d’Anatomie Pathologique, HUS – Campus médecine

Cours : 6 crédits TP en laboratoire de recherche (35h) : 3 crédits

Evaluation Ecrit 3 h Rapport Tech
M1 – semestre 1
Unité d’enseignement TD de BioInformatique
Acquisitions de données expérimentales et banques de données
(3crédits - 3 ects) . G. Prévost, C. Le Brun, P. Riegel

Gilles Prévost (MCU-PH). Institut de Bactériologie de la Faculté de Médecine de
Strasbourg, 3 rue Koeberlé, F-67000 Strasbourg. Tel : 03 90 24 37 76. Fax : 03 88 25
11 13. Email : gilles.prevost@medecine.u-strasbg.fr )


Séance 1 - 28.09.2006 8h –10h30. Reherches documentaires PubMed
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), scd (http://www-scd-ulp.u-strasbg.fr/ ) et valeur d’une
recherche. Recherche de séquences nucléotidiques, reprise sous format FASTA, comparaisons
BLAST

Séance 2 – 05.10.2006 8h – 10h00. Recherche de motifs dans les séquences nucléotidiques, sites
de restrictions (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php), traduction en protéine.
Sensibilisation au site http://www.expasy.org/tools/

Séance 3 – 09.10.2006 8h – 10h00. Séquençage, rabouttage de fragments séquencés, repérage de
mutations, contigs

Séance 4 – 12.10.2006 8h – 10h00. Multi-alignements de séquences nucléotidiques, applications
à la phylogénétique (P. Riegel)

Séance 5 – 19.10.2006 8h – 10h00. Contrôle continu court. Etude des protéines, recherche de
paramètres physicochimiques sur http://www.expasy.org/tools/

Séance 6 – 26.10.2006 8h – 10h00. Etudes des protéines, recherche de paramètres
physicochimiques, alignements, recherche de motifs.

Séance 7 - 02.11.2006. 8h00 – 10h00. Etude des protéines. Multi-alignements, recherche de
motifs.

Séance 8.- 15.11.2006. 8h00 – 10h00. Contrôle continu court.
Structure des Protéines I. PDB database, WebLab Viewer, PyMol, RasMol. Visualisation des
structures, remplacement de résidus, distances atome-atome, charges organisation structurale
d’une protéine

Séance 9 - 16.11.2006. 8h00 – 10h00. Structure des Protéines II

Séance 10.- 20.11.2006. 8h00 – 10h00. Structure des protéines III

Séance 11 – 23.11.2006. 8h00 – 10h00. Acquisition et traitement de données numériques II sur
SigmaPlot 10

Séance 12 – 30.12.2006 8h30 – 10h30. Contrôle terminal


2 Cont Continus + 1 cont terminal : 3 Evaluation
exercices

M1 - second semestre
Unité d'Enseignement "Technologies de la Biologie Cellulaire et Moléculaire" Y. Piémont -
B. Jaulhac
Yves Piémont (PU-PH) Institut de Bactériologie de la Faculté de Médecine de
Strasbourg, 3 rue Koeberlé, F-67000 Strasbourg. Tel : 03 90 24 37 76. Fax : 03 88 25
11 13. Email : yves.piemont@medecine.u-strasbg.fr )
Benoît Jaulhacbourg. Tel : 03 90 24 37 80. Fax : 03 88 25
11 13. Email : benoit.jaulhac@medecine.u-strasbg.fr )
Cours - conférences sur les principes, applications et limites des Techniques en Biologie
Moléculaire et Cellulaire

1- Enzymes de la Biologie Moléculaire / séquençage d'ADN- G. Prévost (9-12h00) 29-09-2006
2- Polymérases thermostables et applications - B. Jaulhac (9h00 - 11h00) 06-10-2006
3- Purification des protéines et marquages - G. Prévost (9h00-11h00) 13-10-2006
4- Vecteurs et systèmes d'expression procaryote/eucaryote - Prof A. Pereira (9h00-11h00)
20-10-2006
5- Cultures cellulaires – P. Simon-Assman (9h00-11h00) 27-10-2006
6- Cytométrie en flux – A.S. Korganow (9h00-11h00) 02-11-2006
7- Techniques d'étude de l'apoptose - F. René (9h00-11h00) 17-11-2006
8- Contrôle transcriptionnel chez les Eucaryotes – L. Tora (8h30-10h30) 21-11-2006
9- Protéomique (SELDI-Tof) - M.C. Rio (8h30-10h30) 24-11-2006
10- Transgenèse – N. Ghyselinck (10h30-12h30) 24-11-2006

Ouvrage conseillé : Principes de biologie moléculaire en biologie clinique. Ameziane, Bogard,
Lamoril. Editions Elsevier – Campus Référence ISBN2-84299-685-2

-Ces conférences feront l’objet d’un examen écrit (15.12.2006, 10h00-11h30).

Exposés sur les démarches scientifiques (20 et 22.12.2006, matinées)
Les conférenciers ci-dessus proposent quatre à six articles liés au thème traité.
Deux articles développant des techniques semblables ou parallèles seront remis à chaque
étudiant. Les étudiants auront un délai de deux mois environ pour produire un résumé
technologique (10 min) des articles distribués (tirage au sort ? 30.03 et 06.04) présenté si possible
avec un support PW Point. Deux à trois questions de compréhension ou de regard critique sur les
approches technologiques pourront ensuite leur être posées par le Jury (3-4 personnes les 04.05 ,
11.05 , 18.05.2006). Un résumé de 2-3 pages sera également rendu pour étayer l’argumentaire
(schémas bienvenus).
Un membre au moins sera commun d’une séance de Jury à l’autre. L’audition des exposés est
possible pour les étudiants du M1 Physiopathologie Cellulaire et Moléculaire.
Par ailleurs, la seconde partie de cet enseignement consiste pour les étudiants à réaliser un
résumé "technologique" suivi d'un article (10 min orale), les intervenants devront nous envoyer, à
G. Prévost ou à M le Pr Benoit Jaulhac, 2 ou 3 articles afférant avec les sujets développés.
Les exposés se déroulant fin décembre (21 et 22-12-.2006), il serait souhaitable de nous envoyer
ces articles avant le 15.10.

Résumé-
Exposé Tech
Evaluation Ecrit 1h30
indiv 10+5
min