Etude de la sensibilité des cabosses de cacaoyers vis-à-vis de la pourriture brune

Patrice Takam Soh

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Etude de la sensibilit´e des cabosses de cacaoyersvis-` a-vis de la pourriture brunePatrice TAKAM SOH16 janvier 2008Patrice TAKAM SOH () Etude de la sensibilit´e des cabosses de cacaoyers vis-`a-vis de la16pourjanvriiterure20b08rune 1 / 17Plan de l’expos´eContexte de travail.Sur la pourriture brune des cabosses de cacaoyers.Etude de la sensisibilit´e des fruits (cabosses) `a la pourriturebrune des cabosses de cacaoyers apr`es justification.Conclusions et perspectives.Patrice TAKAM SOH () Etude de la sensibilit´e des cabosses de cacaoyers vis-`a-vis de la16pourjanvriiterure20b08rune 2 / 171. Contexte du travailLa pouriture brune de cacao est une maladie qui attaque lecacao depuis plusieurs ann´ees. Elle cause des pertes d’environ30% `a l’´echelle mondiale. Cette maladie est caus´ee par unagent pathog`ene appel´e Phytophtora, dont la vari´et´e principaleest le Phytophtora megackaria.Face `a cette situation, les ´equipes de recherche du CIRAD enFrance, IRAD au Cameroun, CNRA en cˆote d’ivoire et le CRUau Trinidad ont d´ecid´e de mettre sur pieds des m´ethodes deluttes contre cette maladie.Luttes envisag´ees : Lutte g´en´etique, Lutte chimique, Lutteculturale et Lutte biologique et tout r´ecemment des mod`eles depr´ediction fixe.Patrice TAKAM SOH () Etude de la sensibilit´e des cabosses de cacaoyers vis-`a-vis de la16pourjanvriiterure20b08rune 3 / 172. Sur la pourriture brune des cabosses de cacaoyers1 Etiologie : La pourriture brune des cabosses est ...

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P Etudedelasensibilite´descabossesdecacaoyers vis-a`-visdelapourriturebrune artiecATAKMSHO)(tEu PatriceTAKAMSOH eded 16janvier2008 laessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en1/71

Plandel’expose´ aPrtiec Contextedetravail. Surlapourriturebrunedescabossesdecacaoyers. Etudedelasensisibilite´desfruits(cabosses)a`lapourriture brunedescabossesdecacaoyersapre`sjustification. Conclusionsetperspectives. ATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en2/71

1.Contextedutravail aPrtiec Lapouriturebrunedecacaoestunemaladiequiattaquele cacaodepuisplusieursanne´es.Ellecausedespertesd’environ 30%a`l’e´chellemondiale.Cettemaladieestcause´eparun agentpathoge`neappele´Phytophtora,dontlavarie´te´principale estlePhytophtoramegackaria. Facea`cettesituation,lese´quipesderechercheduCIRADen France,IRADauCameroun,CNRAencoˆted’ivoireetleCRU auTrinidadontde´cide´demettresurpiedsdesme´thodesde luttescontrecettemaladie. Luttesenvisage´es:Luttege´ne´tique,Luttechimique,Lutte culturaleetLuttebiologiqueettoutre´cemmentdesmode`lesde pre´dictionfixe. ATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en3/71

2.Surlapourriturebrunedescabossesdecacaoyers aP 1 Etiologie:Lapourriturebrunedescabossesestcause´eparun agentpathoge`neappele´leP.megakarya. 2 Cycledereproduction:Dure´eest15joursinfluence´eparle climat. 3 Me´canismed’infection I Infectionprimaire:e´corcesd’arbre,lesol,colatier.. I Infectionsecondaire:entrelesfruits. rtiecATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en4/71

3.Etape0:Etudedelasensibilite´desfruits Y’at-ileffetdustadedede´veloppementsurlasensibilite´desfruits? ouencoreexiste-t-ilparmilesstadesdede´veloppement,certainsqui sontplussensiblesqued’autresa`lapre´sencedelapourriturebrune descabossesdecacaoyers. aPrtiecATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en5/71

3.1.Donne´esdisponibles aPrtiec Lieu:LaboratoiredePhytopathologieIRAD-Nkolbisson Dure´e:1’an(2001);3se´ries Me´thodologie I Collectede10che´relles,10jeunescabosses;10cabossesadultes I Cabossespulve´rise´es?l’aided’unatomiseuravecunesuspension dezoosporesdelasoucheNS231deP.megakaryacalibre´ea` 3E5zoospores/ml, I Observationsdessymptoˆmesfaites5joursapre`sincubation. I Evaluationdessymptoˆmessurcortexdescabossesbase´esurla fre´quenceettailledesle´sions Lesvariablescollecte´ese´taientdonclessuivantes: I Datesd’observationdesdiffe´rentsfruits. I Lestadedede´veloppementdesdiffe´rentsfruits. I Leniveaud’infectiondesfruitsa`chaquedated’observation. (1=aucunsymptoˆme,2=1a`5le´sions,...etc) ATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en6/71

3.2.Bilandesdonne´es NIch1ch2ch3jc1jc2jc3ca1ca2ca3 1000000100 2000000100 3000000110 4000441001 5002239515 6300320062 7240110121 8568008101 chi:Lenombredeche´rellescorrespondantaujouri. jci:Lenombredejeunescabossescorrespondantaujouri. cai:Lenombredecabossesadultescorrespondantaujouri. PatriceTAKAMSOH()Etudedelasensibilite´descabossesdecacaoyersvis-a`-visdela16pjoaunrvriteurr2e0b0r8une7/17

3.3.Formalisationmathe´matiqueduprobl`eme biologique aPrtiec F:l’ensembledesfruits(card(F)=90) B i (t):L’e´tatsanitairedufruitenpre´sencedelapourriture brunea`l’instantt(0=sain,1=attaque´,2=maladiede´tectable). y i (t):L’instantou`lasporepe´ne`trelefruiti. s E i (t):Lasensibilite´dufruiti:laprobabilite´qu’unesporequi atteintlefruitre´ussissea`l’infecter.Ellede´penddustadeE i du fruiti. P i (t):Potentielinfectieuxdufruiti:Quantite´moyennede sporesautourdufruitia`ladatet. l i (t):lieuou`lefruitiestattaque´a`l’instantt(1=milieu, 2=apicale,3=distale) Δt:L’intervalledetempsexistantentrel’instantou`lefruiti estattaque´etl’instantou`lamaladieestde´tecte´e. ATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en8/71

3.4.Mode´lisationentempscontinu aPrtiec Pr[B i (t)=0]=Pr[y i (t − Δt)=0]:Laprobabilite´pourquele fruitnesoitpasattaque´a`unedateteste´galea`laprobabilite´ pourquecefruitnesoitpasattaque´quelquesjoursavant(soit enmoyenne6jrsdanslalitte´rature). Pr[y i (t+dt)=1/y i (t)=0]=s E i (t)P i (t)dt:Elletraduitle faitquelaprobabilite´pourunfruitd’eˆtreattaque´entretetdt s’e´critenfonctiondesonniveaudesensibilite´etdupotentiel d’infectionprimairecorrespondant. Pr[B i (t+dt)=0/B i (t)=0]=s E i (t − Δt)P i (t − Δt)dt: signifiequelessporese´misesΔtjoursavanttavecune probabilite´P i (t − Δt)dtn’ontpaspupe´ne´trerlefruitdontle niveaudesensibilite´e´taits E i (t − Δt) 0 t R Pr[B i (t 0 )=0/B i (t)=0]=e − t s E i (t − Δt)P i (t − Δt)dt :cecipar de´finitiondurisque. ATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla1p6ojuarnrvtiuerre2b0r0u8en9/17

3.5.Quelquesmode`lesspe´cifiques aPrtiec Cas1:Onsupposequelavariabilite´de´pendsurtoutdustade dede´veloppementdesfruits: s E i (t)=s E i + i (t))1( Cas2:Onsupposeunecertainevariabilite´auniveaudel’arbre (diffe´renceauniveaudel’arbreouauniveaudescompartiments del’arbre)etdontauniveaudupotentield’infectionprimaire, P i (t)=P+η i (t))2( Cas3:Onpeutsuppoerquelesdeuxcaspre´ce´dentsaientlieu. ATAKMSHO)( s E i (t)=s E i + i (t)etP i (t)=P+η i (t) tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla61pjoaunrvriiteurer02b0r8 (3) nue01/17

3.6.Recapitulatifdesmode`les aPrtiec Mode`le1 0 t R Pr[y i (t 0 )=0/y i (t)=0]=e t − s E i P i (u) − P i (u) i (u)du (4) Mode`le2 0 t R Pr[y i (t 0 )=0/y i (t)=0]=e t − s E i (u)P − s E i (u)η i (u)du (5) Mode`le3 0 t R Pr[y i (t 0 )=0/y i (t)=0]=e t − s E i P − s E i η i (u) −  i (u)P −  i (u)η i (u)du )6( ATAKMSHO)(tEdueedlaessnbiiile´tedsacbsoessedacacyoesriv-sa`-visedla61pjoaunrvriiteurer02b0r8nue11/17