Application du partitionnement de graphes à l'étude des graphes d'interactions entre protéines

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1 / 16Contexte et objectifDescription de lamethode Application du partitionnement de graphes aApplications a desgraphes tests l’etude des graphes d’interactions entreApplication a desgraphes d’interactionsentre proteines proteinesConclusionLucile Belgacem-Den ud (1), Irene Charon, Olivier Hudry (2)(1) Orange Labs FT R&D(2) Telecom ParisTechJournee sur le partitionnement de graphes, 27 mars 20092 / 16 PlanContexte et objectifDescription de lamethodeApplications a desgraphes tests 1 Contexte et objectifApplication a desgraphes d’interactionsentre proteinesConclusion2 Description de la methode3 Applications a des graphes tests4 Application a des graphes d’interactions entre proteines5 Conclusion3 / 16 Contexte et objectifContexte et objectifDescription de lamethodeApplications a desgraphes tests Problematique biologiqueApplication a desgraphes d’interactions Objectif : comprendre les processus cellulaires parentre proteinesl’annotation des proteines de fonctions inconnues.ConclusionHypothese : deux proteines qui ont de nombreux interacteurscommuns participent a une m^eme fonction cellulaire.ModelisationMod : On considere un graphe G = (X;E ) non oriente etnon pondere.Objectif : mettre en evidence des zones denses en ar^etes dansG : classi cation empietante et non complete.4 / 16 Description de la methodeContexte et objectifDescription de lamethode La methode se deroule en trois etapes ...
Publié le : samedi 24 septembre 2011
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1/16ContexteetojbceitDfsercpiitdeonm´lahoetApdecilpoitaa`sngsedesteraphpplistsAnoa`acitarhpedgsteindesnsioctraorpertneCsenie´tnnolcsuoi
Journ´eesurlepartitionnementdegraphes,27mars2009
(1) Orange Labs FT R&D (2)T´el´ecomParisTech
LucileBelgacem-Denœud(1),Ir`eneCharon,OlivierHudry(2)
Applicationdupartitionnementdegraphesa` l´etudedesgraphesdinteractionsentre prot´eines
t´eieproonclnesCnsuoi
5
Conclusion
4
Application`adesgraphesdinteractionsentreprot´eines
3
Applications`adesgraphestests
Descriptiondelame´thode
2
Contexte et objectif
1
Plan
toeeecbjon6Cxtte1/2deAppliclam´ethopiitnoeditDfsercticalippsAstteeshpargseda`snoitaentrionsractintesedarhpedgsnoa`
Mod´elisation ´ Modelisation:Onconsid`ereungrapheG= (X,E)ononirne´teet nonpond´er´e. Objectif :nerasnsedsnaeˆetstemeertve´neniddeceonszdees Glass:ctionicaate´ipmenonteetnetl`mpcoe.
Proble´matiquebiologique Objectif :comprendre les processus cellulaires par lannotationdesprote´inesdefonctionsinconnues. Hypothe`se:reonto´mberienuesqudieounxtpdetrusixtnreca communsparticipent`aunemeˆmefonctioncellulaire.
Contexte et objectif
jbotitceetnoeetxontiladeesfDipcr3/16Cgsara`eddnihpsesApptesttionlicaeda`snoisehpargsdehoetm´aticplApion´torenienoCssulcrateioctennseptr
cejboteetxetnoC6/14lpciedpAteohal´mondeiptiescrtifDniousie´torpelcnoCsenteessAstlippticaoitaa`sngsedhparinteractionsentrnoa`edgsarhpsed
3:Extensionempi´etantedesclasses suivantuncrite`resurlaqualit´edesclassesobtenues.
Descriptiondelam´ethode
2:Am´eliorationdesnoyauxdesclasses paruneme´thodedetypenue´esdynamiques.
Lesnoyauxfournisparles´etapes1et2sontdisjoints.
1:De´terminationdesnoyauxinitiauxdesclasses aumoyendunefonctiondedensite´localede´niesurlessommets du graphe.
Lame´thodesed´erouleentroise´tapes:
es(De2)Tisinagedadsnelov´rmeyoneaginesedlensisvolgnaadsedxuairteslevsdanˆetedarategcrneP)uoD(3esplengiatrdeuxTa)4eD(sedeganisiosedfitalgeD)1eD(re´egrDes(eDte)0eD,s)s(uDo`´eed(sDeDe)neis´tleisngledaennesurtocalemoynseL.ehpargeltuompcoestlonxsauoyexdsnoenetcssonainduaphes-grusoud´on´eerrlpaegedre´rtaleD(fiD=5ee1×De3)Cr´eationednsyouaixinituaels´Onx:neontiecemmossel´viuqsstent:eritoutpourtesosmmniedovsi
des noyaux initiaux ladensit´eauvoisinagedun
´ Etape 1 Onde´nit sommets
:D´etermination unefonctione´valuant du graphe :
me´thode
Applicationsa`des graphes tests
Conclusion
Contexte et objectif
tcoie´el.s
Applicationa`des graphes d’interactions entreprot´eines
nne´rlesitpaetsssomm51/6ladeontipircseD
tlesxsonosancomphp.egearyouaeLnsheapgrs-paitduinennocsetuosudsex)Deo`uDed´esigns()eDs()0teeDs(oyemneenrtsutloudaleisnele´tlacoreiiu´vstqsmoemlessonneectis´eleD,sednisiovstemmsouttourpot:enuaitnO:xuayoinixontisndeCear´ssetle´eesrlmmso
´ Etape1:D´eterminationdesnoyauxinitiaux Ond´enitunefonctione´valuantladensit´eauvoisinagedun sommetsdu graphe :
.s
Degr´erelatifdes(De1) Degr´emoyendanslevoisinagedes(De2) Taux de triangles dans le voisinage des(De3) Pourcentagedarˆetesdanslevoisinagedes(De4) Tauxdetrianglespond´er´eparledegr´erelatif (De5=De1×De3)
oitce´nncalippsAstteesphargseda`snoitaciApplhodem´etdelaitnorcpiDfseceitusclnioenienoCspert´torctionsendinteragsarhpseitnoa`edC61/etnoeetxjbot5
lednoitpdohte´macalippeAads`ontipaehsergstpAtsseatioplicesgrn`ad/561oCtnxeet
Cre´ationdesnoyauxinitiaux: Onse´lectionnelessommetssviuqnteri´e:
etob
Degr´erelatifdes(De1) Degr´emoyendanslevoisinagedes(De2) Taux de triangles dans le voisinage des(De3) Pourcentagedareˆtesdanslevoisinagedes(De4) Tauxdetrianglesponde´re´parledegr´erelatif (De5=De1×De3)
j
ou`Deolacelomeynnserutoutlegraphe.´digeslanensde´eit
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Les noyaux sont les composantes connexes du sous-graphe induit parlessommetss´electionne´s.
c
pour tout sommet s’ voisin de s,De(s)De(s0)etDe(s)De
tifDescriaphedugr:deunigaemstsnmouae´siovedaltisnalevntuactonn´iontinufeuaOxdne´auxinitiondesnoyitanimrete´D:1epta´EonsiluncCoese´nirptotnernoesactintersdiaphe
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