Application du partitionnement de graphes à l'étude des graphes d'interactions entre protéines

Lucile Belgacem-Denœud (1), Irène Charon, Olivier Hudry (2)

Description

1 / 16Contexte et objectifDescription de lamethode Application du partitionnement de graphes aApplications a desgraphes tests l’etude des graphes d’interactions entreApplication a desgraphes d’interactionsentre proteines proteinesConclusionLucile Belgacem-Den ud (1), Irene Charon, Olivier Hudry (2)(1) Orange Labs FT R&D(2) Telecom ParisTechJournee sur le partitionnement de graphes, 27 mars 20092 / 16 PlanContexte et objectifDescription de lamethodeApplications a desgraphes tests 1 Contexte et objectifApplication a desgraphes d’interactionsentre proteinesConclusion2 Description de la methode3 Applications a des graphes tests4 Application a des graphes d’interactions entre proteines5 Conclusion3 / 16 Contexte et objectifContexte et objectifDescription de lamethodeApplications a desgraphes tests Problematique biologiqueApplication a desgraphes d’interactions Objectif : comprendre les processus cellulaires parentre proteinesl’annotation des proteines de fonctions inconnues.ConclusionHypothese : deux proteines qui ont de nombreux interacteurscommuns participent a une m^eme fonction cellulaire.ModelisationMod : On considere un graphe G = (X;E ) non oriente etnon pondere.Objectif : mettre en evidence des zones denses en ar^etes dansG : classi cation empietante et non complete.4 / 16 Description de la methodeContexte et objectifDescription de lamethode La methode se deroule en trois etapes ...

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Extrait

1/16 Contexteetojbceit D f sercpiitdeon m´ la hoet Ap de cilpoitaa`sn g sed esteraph ppli sts Anoa`acit arhp ed g s teind’esnsioctra orpertne C senie´t nnolcsuoi

Journ´eesurlepartitionnementdegraphes,27mars2009

(1) Orange Labs FT R&D (2)T´el´ecomParisTech

LucileBelgacem-Denœud(1),Ir`eneCharon,OlivierHudry(2)

Applicationdupartitionnementdegraphesa` l’´etudedesgraphesd’interactionsentre prot´eines

t´eiepro oncl nes Cnsuoi

5

Conclusion

4

Application`adesgraphesd’interactionsentreprot´eines

3

Applications`adesgraphestests

Descriptiondelame´thode

2

Contexte et objectif

1

Plan

toeeecbjon 6 Cxtte 1/2 de Applic la m´etho piitnoed it D f serc ticalipp s A stteeshparg seda`snoita entr ionsractintese’darhp ed g snoa`

Mod´elisation ´ Modelisation:Onconsid`ereungrapheG= (X,E)ononirne´teet nonpond´er´e. Objectif :nerasnsedsnaeˆetstemeertve´neniddeceonszdees Glass:ctionificaate´ipmenonteetnetl`mpcoe.

Proble´matiquebiologique Objectif :comprendre les processus cellulaires par l’annotationdesprote´inesdefonctionsinconnues. Hypothe`se:reonto´mberienuesqudieounxtpdetrusixtnreca communsparticipent`aunemeˆmefonctioncellulaire.

Contexte et objectif

jbotitceetnoeetx ontiladees f Dipcr 3/16 C g s ar a`ed ’dnihpse s App test tionlica eda`snoi sehparg s dehoetm´ aticplAp ion ´torenie noC s sulc rateioct en ns eptr

cejboteetxetnoC 6/14 lpci ed pA teoh al ´m ondeiptiescr tif D nious ie´torpe lcnoC sen teess A st lipptica oitaa`sn g sed hpar interactions entr noa`ed g s arhpse’d

3:Extensionempi´etantedesclasses suivantuncrite`resurlaqualit´edesclassesobtenues.

Descriptiondelam´ethode

2:Am´eliorationdesnoyauxdesclasses paruneme´thodedetypenue´esdynamiques.

Lesnoyauxfournisparles´etapes1et2sontdisjoints.

1:De´terminationdesnoyauxinitiauxdesclasses aumoyend’unefonctiondedensite´localede´finiesurlessommets du graphe.

Lame´thodesed´erouleentroise´tapes:

es(De 2 ) T isinagedadsnelov´rmeyone aginesedlensisvolgnaadsedxuairte slevsdanˆeted’arategcrneP ) uo D( 3 e splengiatrdeuxTa ) 4 eD(sedeganisio sedfital geD ) 1 eD(re´egrDe s(eDte) 0 eD,s≥)s( uDo`´eed (sDeDe)≥ neis´tleisngledaennesurtocalemoy nseL .ehpargeltuo mpcoestlonxsauoyexdsnoenetcssonainduaphes-grusou d´on´eerrlpaegedre´rtale D( fi D= 5 ee 1 ×De 3 ) Cr´eationednsyouaixinitua els´On x: neontiecemmossel´viuqsstent:erifi toutpourte’sosmmniedovsi

des noyaux initiaux ladensit´eauvoisinaged’un

´ Etape 1 Onde´finit sommets

:D´etermination unefonctione´valuant du graphe :

me´thode

Applicationsa`des graphes tests

Conclusion

Contexte et objectif

tcoie´el.s

Applicationa`des graphes d’interactions entreprot´eines

nne´rles it paetsssomm 51/6 ladeontipircseD

tlesxsonosancomp hp.egear youaeLnsheapgrs- pa itduinennocsetuosudsex )≥De o`uDed´esign s(≥)eDs() 0 teeDs( oyemneenrtsutloudaleisnele´tlaco refiiiu´vstqsmoemlessonneectis´el eD,sednisiov’stemmsouttourpo t:en uait nO :xuayoinixontisndeCear´ ssetle´eesrlmmso

´ Etape1:D´eterminationdesnoyauxinitiaux Ond´efinitunefonctione´valuantladensit´eauvoisinaged’un sommetsdu graphe :

.s

Degr´erelatifdes(De 1 ) Degr´emoyendanslevoisinagedes(De 2 ) Taux de triangles dans le voisinage des(De 3 ) Pourcentaged’arˆetesdanslevoisinagedes(De 4 ) Tauxdetrianglespond´er´eparledegr´erelatif (De 5 =De 1 ×De 3 )

oitce´nn calipp s A stteespharg seda`snoitaciAppl hodem´et delaitnorcpiD f se ceit usclnio enie noC spert´tor ctions en d’interag s arhpse itnoa`ed C 61/ etnoeetxjbot 5

lednoitp dohte´m a calipp e Aads`onti paeh se rgst pA tsse atioplices gr n`ad /561 oCtnxeet

Cre´ationdesnoyauxinitiaux: Onse´lectionnelessommetssviuqntfieri´e:

etob

Degr´erelatifdes(De 1 ) Degr´emoyendanslevoisinagedes(De 2 ) Taux de triangles dans le voisinage des(De 3 ) Pourcentaged’areˆtesdanslevoisinagedes(De 4 ) Tauxdetrianglesponde´re´parledegr´erelatif (De 5 =De 1 ×De 3 )

j

ou`Deolacelomeynnserutoutlegraphe.´digeslanensde´eit

e

Les noyaux sont les composantes connexes du sous-graphe induit parlessommetss´electionne´s.

c

pour tout sommet s’ voisin de s,De(s)≥De(s 0 )etDe(s)≥De

tif Descri aphedugr: deu’niga emsts n mo uae´siovedaltisnalevntuactonn´ionfitinufe ua O x dne´ auxinitiondesnoyitanimrete´D:1epta ´ E onsiluncCo ese´nirptotner no e sactintersd’iaphe