Reconstruction Phylogenetique par Analyse Bayesienne des Sequences

Samuel Blanquart

Description

Reconstruction Phylogenetique par Analyse Bayesienne des Sequences Samuel Blanquart Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS January 13, 2005

• distribution de probabilites


• echantillonner des distributions de probabilites inconnues


• relations phylogenetiques entre les especes representees par les sequences


• chaine de markov


• reconstruction phylogenetique par analyse bayesienne des sequences


• probabilite des donnees

Sujets

• Blanckaert
• Loi de probabilité
• Chaîne de Markov

Informations

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Extrait

ReconstructionPhylogenetiqueparAnalyse BayesiennedesSequences

Samuel Blanquart

Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS

January 13, 2005

Resume

La technique des “Chaines de Markov Monte Carlo” (MCMC) permetd’echantillonnerdesdistributionsdeprobabilites inconnues a priori. Le programme PhyloBayes (Nicolas Lartillot,2004)implementeuneMCMCechantillonnantla distribution de probabilite a posteriori induite sur les parametresd’unmodeled’evolutionparlesdonnees (alignementsdesequences).Cettemethodepermetd’estimer lesrelationsphylogenetiquesentrelesespecesrepresenteespar lessequences.Lorsduseminaire,onpresentera:

I ,CMCMrapegannollircneLpsantiechdel’ipes I L’algorithme de Metropolis-Hastings, I cnoiaruove’tulosli,esenmmtituodelesdLesm I e,delnnu’dseyomuaevuotouajL’balohyaP I Les premiers resultats obtenus pour ce modele.

LetheoremedeBayes

Ou :

P(|D) = P(D| P ) (D  ) P()

I Dees,eddsnonneesbmelel’st I trla’menesterembledesepsael,dsmudoe I P(|De“mstPoes)omtnoire,”r I P(D|sembVraime“tnomlpniS“ma”euoalcn,g”se) I P(momtnes),”roirP“e I P(Dltpaorabibiltdeesdonnees.se)

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