Caractérisation de souches de Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) isolés de fromages au lait cru français et génotypage des variants stx d'une collection de Escherichia coli O157:H7.

Magali Bérardin

Description

Niveau: Supérieur
MINISTERE DE LA JEUNESSE, DE L'EDUCATION NATIONALE ET DE LA RECHERCHE ECOLE PRATIQUE DES HAUTES ETUDES Sciences de la vie et de la terre MEMOIRE Présenté par Magali Bérardin Pour l'obtention du diplôme de l'Ecole Pratique des Hautes Etudes Caractérisation de souches de Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) isolés de fromages au lait cru français et génotypage des variants stx d'une collection de Escherichia coli O157:H7. Soutenu le 27 Octobre 2005 devant le jury composé de : PRESIDENT : Pr J.L. VAYSSIERE RAPPORTEUR : Dr G. CORDIER EXAMINATEUR : Pr V. LIVRELLI EPHE Banque de Monographies SVT 1

• transmission inter-humaine………………………………………


• indication sur l'éventuelle contamination de l'aliment


• escherichia coli


• stec


• gène stx


• shiga toxin-producing

Sujets

• Bernard
• Escherichia coli

Informations

• Publié par: chaeh
• Publié le: 01 octobre 2005
• Nombre de lectures: 130
• Langue: Français

Extrait

MINISTERE DE LA JEUNESSE, DE L’EDUCATION NATIONALE ET DE LA RECHERCHE     ECOLE PRATIQUE DES HAUTES ETUDES   Sciences de la vie et de la terre     MEMOIRE Présenté par     Magali Bérardin   Pour l’obtention du diplôme de l’Ecole Pratique des Hautes Etudes         Caractérisation de souches deEscherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) isolés de fromages au lait cru français et génotypage des variantsstxd’une collection deEscherichia coli O157:H7.                             Soutenu le 27 Octobre 2005 devant le jury composé de :    PRESIDENT :Pr J.L. VAYSSIERE  RAPPORTEUR :Dr G. CORDIER  EXAMINATEUR :Pr V. LIVRELLI

 EXAMINATEUR :Pr C. VERNOZY-ROZAND       LABORATOIRE DE STAGE : UMAP LABORATOIRE EPHE : UNITE DE MICROBIOLOGIE INTERACTIONS CELLULAIRES ALIMENTAIRE ET PREVISIONNELLE RETROVIRUS ET CANCER   Adresse: Ecole Nationale Vétérinaire de LyonAdresse: UMR 754 INRA UCBL ENVL 1, Avenue Bourgelat Université Claude Bernard 69280 MARCY L’ETOILE 50, Avenue Tony Garnier  69007 LYON   Directeur du laboratoire :Pr C. Vernozy-RozandDirecteur d’études :Dr G. Cordier Responsable scientifique :Pr C. Vernozy-RozandMaître de conférence :Dr C.Bellaton [e-mail] ECOLE PRATIQUE DES HAUTES ETUDES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE   Caractérisation de souches deEscherichia coliproducteurs de Shiga-toxines (STEC) isolés de fromages au lait cru français et génotypage des variantsstx d’une collection deEscherichia coliO157:H7.   Magali Bérardin      LesEscherichia coli(E.coli) producteurs de shiga toxines (STEC) sont actuellement reconnus comme étant des agents pathogènes importants en santé publique. Ils sont à l’origine d’infections variées pouvant aller d’une simple diarrhée à des manifestations gravissimes telles qu’une colite hémorragique, un syndrome hémolytique et urémique (SHU) ou un purpura thrombotique et thrombocytopénique. Chaque année, un peu moins d’une centaine de SHU sont dénombrés chez les enfants de moins de 15 ans en France. Le sérotype le plus incriminé lors de pathologies estE.coli O157:H7. essentiellement La transmission à l’homme se fait par ingestion de certains aliments, à savoir : la viande de bœuf insuffisamment cuite, le lait cru et les fromages au lait cru de vache ou l’eau non traitée.    Les quatre principaux gènes de virulence responsables de la pathogénicité d’une souche de STEC sont: les gènes codant les shiga toxines de type I et II (stx1 etstx2), le gène codant l’intimine (eae) et le gène codant l’entérohémolysine (ehxA). Des variantsstxdéfinis sur la base de différences au sein de la séquence nucléotidique existent et les souches possédant certains variants sont associées à des hôtes spécifiques. La prévalence des STEC dans les fromages au lait cru français est mal définie et il est important de disposer de données sur l’épidémiologie des STEC et du sérotype O157:H7.    Dans un premier temps, une étude épidémiologique a été réalisée sur 1039 fromages au lait crus français. Sur l’ensemble des échantillons analysés par PCR, 13 % ont été détectés positifs en STEC (présence d’un gènestx). Parmi 32 souches ayant pu être isolées par hybridation sur membrane, 19 possédaient le gènestx2 et 30 autres, le gènestx1. Dix-sept souches possédaient les deux.    Dans un second temps, la recherche des gènes de virulence et plus particulièrement des variantsstx d’une collection de 56 souches deE.coli isolées en France à partir de matrices diverses (fecès, O157:H7 environnement, aliments) a été entreprise par l’intermédiaire de deux méthodes : la PCR dite conventionnelle et la PCR en temps réel. Puis l’étude des liens de clonalité entre les souches a été réalisée grâce à une PFGE (Pulse Field Gel Electrophoresis). Soixante-quatre pour cent des souches possédaient un

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variantstx2vh-a, 21% possédaient le variantstx2, 9% possédaient les deux. Vingt-cinq pour cent des souches montraient la présence des gènesstx1,stx2 (variant, sauvage ou les deux),eae etehx. Une grande diversité des souches deE.coliprésentent en France a pu être visualisée.    Les résultats obtenus permettent de compléter les connaissances sur la prévalence en STEC dans les fromages ainsi que sur les souches deE.coliO157:H7 présentes en France. Cependant, ils ne sont pas sans susciter l’inquiétude en terme de santé publique compte tenu du fort potentiel pathogène des souches étudiées.   Mots clés :Escherichia coli, Shiga toxine, STEC,E. coli fromage, lait, PCR, PCR en temps réel, O157:H7, stx1,stx2.     1- Données générales microbiologiques……………………………………………………8          1-1 EspèceEscherichia coli ………………………………………………………….             1-2 Classification desE.coli………………………………………………………….           1-3E.colipathogènes …………………………………………………………………8           1-4 Les STEC (Shiga toxin producingE.coli) …………………………….…………  1-4-1 Historique………………………………………………………….………. 10  1-4-2 Définition………………………………………………………………….. 10  1-4-3 Modes de détection………………………………………………………… 11                             1-4-3-1 Détection de la production de Shigatotines……………………….                             1-4-3-2 Détection des STEC……………………………………………….. 11                             1-4-3-3 Détection des E.coli O157:H7….……….………………………… 12 2- Les facteurs de virulence des STEC…………………………………………………….13           2-1 Les Shigatoxines………………………………………………………………….  2-1-1 Structure de la protéine…………………………………………………….             2-1-2 Mode d’action……………………………………………………………..  2-1-3 Les gènesstx……………………………………………………………..... 14  2-1-4 Les variants des gènesstx…………………………………………………. 16           2-2 Le facteur d’attachement et d’effacement………………………………………           Autres facteurs de virulence : l’entérohémolysine……………………………..2-3 3- Données épidémiologiques sur les STEC……………………………………………….21           3-1 Epidémiologie humaine…………………………………………………………..                    3-1-1 Sérogroupes incriminés et leur incidence………………………………….  3-1-2 Modes de transmission…………………………………………………….. 23                             3-1-2-1 Transmission alimentaire…………………………………………. 23                             3-1-2-2 Transmission inter-humaine………………………………………. 24                             3-1-2-3 Transmission par contact direct avec les animaux……………….. 24                             3-1-2-4 Autres modes de transmission…………………………………….. 25                                     3-1-2-4-1 Transmission par le milieu extérieur……………………... 25

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