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Description

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
THESE présentée pour l'obtention du grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE LOUIS PASTEUR DE STRASBOURG Par Christine CARAPITO Vers une meilleure utilisation des données de spectrométrie de masse en analyse protéomique Soutenue le 17 novembre 2006 devant la commission d'examen : Dr. Alain VAN DORSSELAER Directeur de thèse Dr. Emmanuelle LEIZE Co-directeur de thèse Prof. Claude KEDINGER Président et rapporteur interne Dr. Jérôme GARIN Rapporteur externe Prof. Arnaud DUCRUIX Rapporteur externe

  • outils au service de l'analyse pr

  • ms dans le génome complet

  • recherches dans le génome complet pour la discrimination des gènes paralogues

  • temps au temps

  • système nanohplc-chip

  • données nanolc-ms

  • stratégie de la recherche


Sujets

Informations

Publié par
Publié le 01 novembre 2006
Nombre de lectures 180
Langue Français
Poids de l'ouvrage 10 Mo

Extrait


THESE





présentée pour l’obtention du grade de


DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR

DE STRASBOURG


Par


Christine CARAPITO




Vers une meilleure utilisation des données de
spectrométrie de masse en analyse protéomique











Soutenue le 17 novembre 2006 devant la commission d’examen :

Dr. Alain VAN DORSSELAER Directeur de thèse
Dr. Emmanuelle LEIZE Co-directeur de thèse
Prof. Claude KEDINGER Président et rapporteur interne
Dr. Jérôme GARIN Rapporteur externe
Prof. Arnaud DUCRUIX













































Thèse accessible en ligne au service commun de documentation de l’Université Louis
Pasteur de Strasbourg :
http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr/theses/theses.html










A mes parents,





















« L'éducation est une chose admirable, mais il est bon de se souvenir de temps
en temps que rien de ce qui est digne d'être connu ne peut s'enseigner. »
Oscar Wilde Merci !

Ce travail de thèse a été réalisé au Laboratoire de Spectrométrie de Masse
BioOrganique de l’Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien de Strasbourg (UMR 7178,
CNRS-ULP).

Je souhaite en premier lieu adresser ma profonde reconnaissance à Alain Van
Dorsselaer pour m’avoir accueillie dans son laboratoire, pour m’avoir offert un cadre de
travail « de rêve » et surtout pour sa présence, son soutien et la confiance qu’il m’a
accordés. Mes plus vifs remerciements vont également à Emmanuelle Leize pour son
encadrement, ses encouragements et sa confiance.

J’adresse mes vifs remerciements à Monsieur Claude Kédinger qui a accepté de
présider mon jury de thèse ainsi qu’à Messieurs Jérôme Garin et Arnaud Ducruix,
rapporteurs externes, qui ont consacré de leur temps à l’évaluation de ce travail.

Je remercie également l’ensemble des personnes avec lesquelles j’ai été amenée à
collaborer et qui m’ont entraînée dans des thématiques aussi diverses que passionnantes,
dans le désordre : J.P. Brizard et C. Brugidou, A. Castro et C. Clément, D. Muller et P.
Bertin, V. Phalip et J.M. Jeltsch, R. Bernhardt, Susanne, Hoon et Britta, M. Schöller, N.
Bühr et S. Viville, J.F. Launay, H. Ludwig et L. Bode, P. Cailliéret et M. Gobert, …

J’adresse mes chaleureux remerciements au CNRS et à la société Bruker Daltonics
pour le financement de cette thèse.

Un grand merci à tous ceux avec qui j’ai partagé ces trois années au LSMBO pour les
échanges, l’ambiance et la bonne humeur : Agnès, Andy, Audrey, Cédric, Christelle,
Christine, Danièle, Dimitri, Elsa, Fabrice B., Fabrice V., Flavie, Grand Fred, Guillaume B.,
Guillaume C., Haiko, Hélène, Jean-Marc, Jonathan, Laetitia, Laurent, Marie-Laure,
Nathalie, Noëlle, Ptit Fred, Raymond, Rossella, Sarah, Sébastien, Sophie, Véronique T.,
Véronique D., Virginie, …

Un grand merci à mon entourage et mes proches amis.

Un immense merci à ma « garde rapprochée », à mes plus fidèles supporters pour
leur présence et leur amour, à savoir mes grands frères et mes parents.

Et enfin, mes plus affectueux remerciements à mon cher binôme et soutien
quotidien.
PLAN GENERAL


PRESENTATION DE CE TRAVAIL DE THESE ................................................................................................1
INTRODUCTION BIBLIOGRAPHIQUE
Des débuts de la protéomique aux défis actuels
Introduction et définitions ...............................................................................................................................5
Chapitre I : Les outils au service de l’analyse protéomique.............................................................................7
Chapitre II : Les stratégies d’identification en analyse protéomique et les nouveaux défis............................41
Conclusion.......................54
RESULTATS

PARTIE I : Amélioration de la prise de données MS/MS

Chapitre I : Le couplage nanoHPLC-trappe ionique ......................................................................................67
Chapitre II : Les nouveautés instrumentales du couplage : le système nanoHPLC-Chip Cube et la
fragmentation ETD .....................................................................................................................79
PARTIE II : Applications portant sur des organismes dont le génome est
séquencé et bien annoté

Chapitre I : Une carte protéomique de référence et étude différentielle de l’effet d’un
minéralocorticoïde, l’aldostérone chez Schizosaccharomyces pombe......................................99
Chapitre II : Etude de l’exoprotéome du champignon filamenteux Fusarium graminearum se
développant sur des parois de houblon ...................................................................................107
Chapitre III : Etude de l’interactome virus-protéines hôtes recrutées lors de l’infection du riz par le
virus de la Panachure Jaune du Riz.........................................................................................111
PARTIE III : Applications portant sur des organismes non séquencés : le
séquençage de novo

Chapitre I : L’identification des protéines par séquençage de novo ...........................................................122
Chapitre II : Identification des protéines impliquées dans la résistance à l’arsenic chez la bactérie
Caenibacter arsenoxydans........................................................................................................134
Chapitre III : Analyse protéomique de tissus de vigne (Vitis vinifera L.) ayant subi un stress herbicide ......138
PARTIE IV : Applications des recherches de données nanoLC-MS/MS dans des
génomes complets non annotés

Chapitre I : Une stratégie de recherche avec des données nanoLC-MS/MS dans le génome complet
non annoté .................................................................................................................................144
Chapitre II : Les recherches dans les génomes : un outil d’aide à l’annotation des génomes
bactériens ..................................................................................................................................154
Chapitre III : Les recherches dans le génome complet pour la discrimination des gènes paralogues au
sein de grandes familles multigéniques...................................................................................167


CONCLUSION GENERALE ...........................................................................................................................178

PLAN DETAILLE

PRESENTATION DE CE TRAVAIL DE THESE..............................1

INTRODUCTION BIBLIOGRAPHIQUE
Des débuts de la protéomique aux défis actuels
Introduction et définitions.............................................................................5
Chapitre I : Les outils au service de l’analyse protéomique......................7
1 Les outils de la spectrométrie de masse................................................................................8
1.1 Les sources d’ionisation ESI et MALDI ...........................................................................8
1.1.1 La source Electrospray...........................................................................................8
1.1.2 La source nano-electrospray ou nanospray (nano-ESI).......................................11
1.1.3 La source MALDI..................................................................................................11
1.2 Les analyseurs..............................................................................................................12
1.2.1 L’analyseur quadripôlaire (Q) ...............................................................................13
1.2.2 L’analyseur à temps de vol (TOF) ......................

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