2ème cycle DCEM MIA Item Diagnostic des infections broncho pulmonaires

Christian Carrière

Description

Niveau: Supérieur
2ème cycle – DCEM – MIA – Item 86 Diagnostic des infections broncho-pulmonaires Année Universitaire 2010-2011 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes Dr. CARRIERE (Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM) Diagnostic biologique des infections broncho- pulmonaires Module intégré A Dr Christian Carrière Laboratoire de bactériologie Hôpital Arnaud de Villeneuve Plan du cours A – Circonstances de prescription B – Prélèvements respiratoires C – ECBC Examen direct, culture D – Principales bactéries rencontrées E – Diagnostic par PCR F – Diagnostic de la tuberculose G – Diagnostic de la légionellose A – Circonstances de prescription de l' ECBC ? Pneumopathies communautaires ? Surinfections bronchiques (BPCO) ? Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle ? Pneumopathies atypiques ? Pneumopathies chez l'immunodéprimé ? Mucoviscidose B - Les prélèvements ? Prélèvements respiratoires ? Expectoration spontanée (+++) => ECBC ? Doit refléter la flore des voies aériennes inf. ? Aspiration pharyngée (voie buccale ou nasale) ? Risque contamination ? LBA : lavage broncho-alvéolaire Réfé i i if? rence, ma s nvas ? Autres prélèvements ? Tubage gastrique : tuberculose ? Hémocultures : bactériémie

• diagnostic des infections broncho


• gram négatif


• risque contamination


• exemples de colorations de gram


• flore des voies aériennes


• salivaire


• salivaire distal


• pneumoniae ?


• examen microscopique

Sujets

• Carrière
• Gram négatif

Informations

• Publié par: profil-nechor-2012
• Nombre de lectures: 102
• Langue: Français

Extrait

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

Diagnostic biologique des

infections broncho-

pulmonaires

Module intégré A

Dr Christian Carrière

Laboratoire de bactériologie

Hôpital Arnaud de Villeneuve

Plan du cours

A – Circonstances de prescription

B – Prélèvements respiratoires

C – ECBC

Examen direct, culture

D – Principales bactéries rencontrées

E – Diagnostic par PCR

F – Diagnostic de la tuberculose

G – Diagnostic de la légionellose

A – Circonstances de prescription

de l’ ECBC



Pneumopathies communautaires



Surinfections bronchiques (BPCO)



Pneumopathies nosocomiales sous

ventilation artificielle



Pneumopathies atypiques



Pneumopathies chez

l’immunodéprimé



Mucoviscidose

B - Les prélèvements



Prélèvements respiratoires



Expectoration spontanée

(+++) =>

ECBC



Doit refléter la flore des voies aériennes inf.



Aspiration pharyngée

(voie buccale ou nasale)



Risque contamination



LBA : lavage broncho-alvéolaire



Référence, mais invasif



Autres prélèvements



Tubage gastrique : tuberculose



Hémocultures : bactériémie

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

C – ECBC : apport diagnostique

1 - Examen macroscopique

Salivaire, muqueux, muco-purulent,

purulent, hématique

2 - Examen microscopique

ou direct (1)



2a : Les cellules :



Apprécier le degré de contamination salivaire

Valeur

diagnostique

du

Cellules

épithéliales

pharyngées/

Leucocytes /

champ

prélèvement

champ

salivaire

> 25

< 10

distal

< 10

> 25

Valeur de la présence de PN altérés +++

Exemples d’ED

coloration MGG

Salivaire

Distal

Examen microscopique

ou direct (2)



2b : Les bactéries



La coloration de Gram (15 minutes)



Idée de la quantité de bactéries



Très rares, rares, quelques, nombreuses, très

nombreuses



Valeur d’orientation sur le type de bactéries en cause



Gram positif ou négatif



Cocci ou bacilles

Diagnostic de présomption

Oriente l’antibiothérapie de première intention ++++

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

Coloration de Gram = diagnostic de

présomption



Staphylocoques



C+ en grappes



Streptocoques



C+ en chaînettes



Pneumocoques



Diplocoques gram +



Entérobactéries (

K

l e

b

s

i e

l l a

p

n

e

u

m

o

n

i a

e

)



Bacilles à Gram négatif



H

a

e

m

o

p

h

i l u

s

i n

f l u

e

n

z

a

e



Petits bacilles à Gram négatif



B

r a

n

h

a

m

e

l l a

c

a

t h

a

r r a

l i s



Cocci Gram négatif

Exemples de colorations de Gram

C + Staphylocoques

C + Streptocoques

Exemples de colorations de Gram

Diplocoques Gram + : Pneumocoques

Exemples de colorations de Gram

Cocci Gram - : Branhamella

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

Exemples de colorations de Gram

Bacilles G - : Klebsiella

Bacilles G - : Haemophilus

3 - Culture de l’expectoration



Buts :



Identifier la bactérie en cause



Distinguer colonisation

/ infection



Notion de seuil de pathogénicité



Réaliser un antibiogramme

Culture et dénombrement

de l’expectoration



Dénombrement des bactéries en UFC/ml



Seuil est de

10

7

UFC/ml



Identification



Antibiogramme



Sur 1 ou 2 espèces en quantité > ou = 10

7

UFC / ml



En fonction du caractère pathogène de la bactérie isolée



Interprétation : « savoir être critique »



Flore bactérienne fragmentée dans les différents territoires

pulmonaires



Caractère pathogène de la bactérie



La culture est plus semi-quantitative que quantitative



Employer les termes de colonisation et infection

Dénombrement : cas des prélèvements

respiratoires distaux



Aspiration trachéale (non validé)



Seuil de

10

6

UFC/ml



LBA



Seuil de 10

4

UFC/ml (REMIC)

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

D - Principales bactéries rencontrées

en pathologie communautaire

INFECTIONS BRONCHO-PULMONAIRES

1 -

Pneumocoque

2 -

H

a e m

o p h i l u s i n f l u e n z a e

3 - Germes atypiques « intra-cellulaires »



C

h

l a

m

y

d

i a

p

n

e

u

m

o

n

i a

e



M

y

c

o

p

l a

s

m

a

p

n

e

u

m

o

n

i a

e

4 – Les autres



K

l e

b

s

i e

l l a

p

n

e

u

m

o

n

i a

e



B

r

a

n

h

a

m

e

l l a

c

a

t h

a

r

r

a

l i s



H

a

e

m

o

p

h

i l u

s

p

a

r

a

i n

f l u

e

n

z

a

e



Staphylocoques

Savoir reconnaître la flore

commensale de l’oro-pharynx



Streptocoques alpha hémolytiques



Streptocoques non hémolytiques



Staphylocoques coagulase négative



N

e

i s

s

e

r i a

commensale



S

t o

m

a

t o

c

o

c

c

u

s

Bactéries rencontrées dans les

infections nosocomiales : BMR



Staphylocoques

Méticilline résistants



S . a u r e u s

(coagulase positive)



S. coagulase négative



E n t e r o b a c t é r i e s

productrices de Béta lactamases



E

s

c

h

e

r

i c

h

i a

c

o

l i



K

l e

b

s

i e

l l a

: K

. p

n

e

u

m

o

n

i a

e



E

n

t e

r

o

b

a

c

t e

r

: E

. a

e

r

o

g

e

n

e

s



S

e

r

r

a

t i a



P

r

o

t e

u

s



P

. a e r u g i n o s a

(pyocyanique)



A

c i n e t o b a c t e r

Conduite à tenir : chronologie

1.

Examen clinique

2.

Réalisation du prélèvement

3.

Décision d’antibiothérapie de première

intention (clinique, résultats de l’ED)



Large spectre

4.

Résultats bactériologiques 48 h



Adapter l’antibiothérapie



Penser écologie microbienne



Spectre adapté au germe isolé

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

E – La détection de l’ADN bactérien par

amplification génique (PCR)

Avantages

•

Délicate à utiliser

•

Nécessité :

-

d

’

é ui ement

•

Bactéries non cultivables

•

Pathogènes stricts

•

Diagnostic possible :

Inconvénients

q

p

-

d

e

l

o

c

a

u

x

- de personnel

•

Peu accessible en ville

- Patients vaccinés

- Antibiothérapie

préalable

- Stades tardifs

PCR pour quelles bactéries ?

B

o

r d

e

t e

l l a

p

e

r t u

s

s

i s

(Coqueluche)

M

y

c

o

p

l a

s

m

a

p

n

e

u

m

o

n

i a

e

e

t

C

h

l a

m

y

d

i a

e

p

n

e

u

m

o

n

i a

e

y

p

(pneumopathies atypiques)

M

y

c

o

b

a

c

t e

r i u

m

t u

b

e

r c

u

l o

s

i s

:

tuberculose

F - Le diagnostic bactériologique de

la tuberculose



Repose sur la mise en évidence de

l’agent causal :

M

y

c

o

b

a

c

t e

r i u

m

t u

b

e

r c

u

l o

s

i s

(BK)

ou agent du complexe tuberculosis



Examen direct



Culture



Amplification génique « PCR »

Le complexe M. tuberculosis

Le complexe M. tuberculosis

Agents de la tuberculose

Bétail

Daims

Humains

Lions

Furets

Souris

Humains

(rare)

Humains

M. tuberculosis

M. africanum

M. microti

M. bovis

vaccin

Lamas

Phoques

M. bovis

BCG

vaccin

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

Transmission



La forme pulmonaire assure la transmission

inter-humaine



La transmission alimentaire



Tuberculose à

M

. b o v i s



Rare : cheptel contrôlé, lait pasteurisé

Les prélèvements respiratoires pour

le diagnostic de la tuberculose



Expectorations spontanées



Profondes



Répétées 3 jours de suite



Tubages gastriques



Répétés 3 jours de suite



Selon le contexte



Prélèvements distaux (LBA)

L’examen direct des prélèvements

Recherche de B.A.A.R.



Incontournable



Coloration de

Ziehl-Neelsen



Aspect semi-quantitatif



Négatif



Présence de BAAR

+ ; ++ ; +++ et ++++

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

L’examen direct des prélèvements



Spécificité très élevée



Intérêt fondamental



Diagnostic



Surveillance : patient « bacillifère »

’



Levée des mesures

d

i

s

o

l

e

m

e

n

t



3 prélèvements consécutifs négatifs

La culture : affirme le diagnostic



Milieux solides



Löwenstein-Jensen



Colonies en 3 à 4 semaines



À conserver 8 semaines

La culture (2)



Milieux liquides



7H9 + système de détection



Fluorescence : MGIT

®



Colorimétrie : BacT/Alert 3D

®

-



Détection plus rapide 10 15j



Automatisation de détection

Identification moléculaire

= progrès de ces dernières années



Complexe tuberculosis



Les espèces dans le complexe :



M

. t u

b

e r c u

l o

s i s



M

. b

o

v i s



M

. b

o

v i s B

C

G



M

. a f r i c a n

u

m

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

Antibiogramme : ensemencement

des flacons

Flacon Positif

ou milieu solide +

Dilution 1:100

0.5 ml

0.5 ml

0.5 ml

0.5 ml

0.5 ml

0.5 ml

Contrôle

Proportionnel

Contrôle

Direct

RIF

INH

SM

EMB

Conduite à tenir : chronologie

1.

Examen clinique

2.

Réalisation du prélèvement

3.

Résultat de l’examen direct (24h)

4.

Décision d’antibiothérapie (clinique et ED)



4 anti-tuberculeux



Mesures d’hygiène et isolement, déclaration

5.

Résultats culture

1.

Culture + : 15j (liquide) 1 mois (solide)

1.

Affirme le diagnostic

2.

Antibiogramme 15j (liquide) 1 mois (solide)

3.

Adapter l’antibiothérapie

2.

Culture - : 2 mois et demi

1.

N’élimine pas le diagnostic

G - Diagnostic biologique de la

Légionellose



L e g

i o

n

e l l a

= bacille à Gram



Environ 46 espèces (environnement)



1 seule espèce en pathologie



L

. p

n

e

u

m

o

p

h

i l a

(95% des légionelloses)



L

. p

n

e

u

m

o

p

h

i l a

sérogroupe 1 : 80 % des cas



3 formes cliniques :



Maladie des légionnaires

(pneumonie)



Fièvre de Pontiac ($ pseudo-grippal)



Formes extra-pulmonaires

3 techniques essentielles

’

1.

Recherche d antigènes urinaires



Dépistage rapide et précoce



L . p

n

e u

m

o

p

h

i l a

sérogroupe 1



Excrétion précoce (2 – 3

ème

jour)

et longue (2 mois à 1 an)

g

(

)



Non influencé par l’antibiothérapie

2

ème

cycle – DCEM –

MIA

–

Item 86

Diagnostic des infections broncho-pulmonaires

Année Universitaire 2010-2011

aculté de Médecine Montpellier-Nîmes

Dr. CARRIERE

(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)

A partir des prélèvements respiratoires

2.

Mise en culture du prélèvement

respiratoire : LBA +++



Lent : moyenne de 10 j



Identification par immunofluorescence



Affirme le diagnostic

3.

Examen direct par IFD

4.

Autres : sérologie et amplification

génique

Antibiothérapie des Légionelloses



Antibiogramme non recommandé



Germe intracellulaire



Activité

i n

v

i t r o

# activité

i n

v

i v

o



Antibiotiques efficaces :



Macrolides : clarithromycine, azithromycine



Fluoroquinolones : lévofloxacine



Rifampicine