Institut National Polytechnique de Lorraine

Henri Poincaré

Description

Niveau: Supérieur
- 1 - Université Henri Poincaré Université Nancy2 Institut National Polytechnique de Lorraine DESS d'Information Scientifique et Technique Intelligence Economique Année 2001-2002 NOUVELLES FONCTIONNALITÉS DU SERVEUR D'INVESTIGATION TRANSCRIPTOME Ajout d'un sous-ensemble du méta-thésaurus UMLS Ajout de bases d'arrière-plan par Solveig Vidal Maître de stage : Cecilia Fabry Stage effectué du 13 mai au 16 août 2002 à l'Institut de l'Information Scientifique et Technique (INIST-CNRS) m e m _ 00 00 00 06 , v er sio n 1 - 1 1 De c 20 03

• corpus medline


• transcriptome


• cd-rom umls


• transcriptome au corpus bibliographique


• centre de documentation et du service informatique de l'inrs


• sécurité pour la prévention des accidents de travail et des maladies professionnelles


• serveur


• plan technique


• intégration de l'extrait du méta-thésaurus umls

Sujets

• Poincaré
• Institut national polytechnique de Lorraine
• Université Nancy-II
• François
• Transcriptome

Informations

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• Nombre de lectures: 50
• Langue: Français

Extrait

Université Henri Poincaré
Université Nancy2
Institut National Polytechnique de Lorraine
DESS d’Information Scientifique et Technique
Intelligence Economique
Année 2001 2002

NOUVELLES FONCTIONNALITÉS
DU SERVEUR D ’INVESTIGATION
TRANSCRIPTOME

Ajout d’un sous-ensemble du méta-thésaurus UMLS
Ajout de bases d’arrière pla n

par
Solveig Vidal

Maître de stage : Cecilia Fabry

Stage effectué du 13 mai au 16 août 2002
à l’Institut de l’Information Scientifique et Technique (INIST-CNRS)
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mem_00000006, version 1 - 11 Dec 2003Remerciements

Ce stage a été réalisé dans le cadre du DESS Information Scientifique et Technique
Intelligence Economique cohabilité par les trois universités de Nancy (Université Henri
Poincaré Nancy 1, Université Nancy 2, Institut National Polytechnique de Lorraine). Il est
issu d’une collaboration entre l’Institut National de Recherche et de Sécurité (INRS) et
l’Institut de l’Information Scientifique et Technique (INIST). L’objectif du stage consiste à
ajouter deux nouvelles fonctionnalités à une application d’une plate-forme documentaire
développée par l’INIST mise en place à l’IN RS.

Je tiens à remercier :
• Cecilia Fabry pour son soutien durant toute la durée du stage, sa gentillesse.
• Philippe Houdry pour son suivi sur le plan technique, ses précieux conseils et enfin sa
relecture du rapport .
• Jacques Ducloy pour la confiance qu’il m’a accord ée.
• Alain Zasadzinski pour ses compléments d’information sur l’UMLS et surtout pour nous
avoir prêter le CD Rom UMLS et toute la documentation nécessa ire.
• Claire François pour son aide technique en programmation s hell.
• Tous les membres du DPS, du centre de documentation et du service informatique de
l’INRS pour leur accueil, leur sympathie et leur sout ien.



Note : Tous les mots et sigles suivis d’une "*" ont une définition dans le glossaire. Les
numérotations entre "[ ]" renvoient à la bibliographi e.
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mem_00000006, version 1 - 11 Dec 2003Sommaire

Introduction............................................................................................................................5
1. Présentation de l’Institut de l’Information Scientifique et Technique. .............................6
Son rôle et son statut...................................................................................................6
Ses missions...............................................................................................................6
Une mission de service public.........................................................................................6
Un accès à l’information pour le milieu socioéconomique..............................................6
Développer l’accès à l’information électronique. ............................................................7
Développer la veille........................................................................................................7
Le Département Produits et Services...........................................................................7
2. Plateforme Dilib............................................................................................................ .9
Définition...................................................................................................................9
Historique9
Description.................................................................................................................9
3. l’Unified Medical Language System (UMLS)...............................................................11
Définition11
Le méta thésaurus : une organisation par concept .....................................................12
Relations entre différents concepts............................................................................14
Neuf types de relations dans le méta-thésaurus. ............................................................14
4. L’application Transcriptome.........................................................................................16
L’origine du projet....................................................................................................16
L’amiante et le mésothéliome .......................................................................................16
L’expression génique16
La technique des puces à ADN .....................................................................................16
Du transcriptome au corpus bibliographique.................................................................18
Réalisation et présentation du serveur d’investigation « Transcriptome »......................21
Les objectifs.............................................................................................................24
Intégration d’un sous-ensemble du méta-thésaurus UMLS conçu par le National Library
of Medicine. .................................................................................................................24
Incorporation de bases d’arrière-plan Pascal thématique. ..............................................24
Modifications apportées au serveur...........................................................................25
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????????????
mem_00000006, version 1 - 11 Dec 2003Opérations de pré- et postprocessing.............................................................................25
La réalisation et l’intégration de l’extrait du méta thésaurus UMLS..............................27
L’incorporation de bases d’arrière-plan Pascal..............................................................35
Conclusion...........................................................................................................................42
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mem_00000006, version 1 - 11 Dec 2003Introduction
Les avancées récentes en biologie moléculaire sont à l’origine de l’accroissement exponentiel
du nombre d’études portant sur l’analyse des génom es*, protéomes* et transcriptomes*. La
conséquence immédiate est l’augmentation du nombre de publications. Actuellement, le
principal défi correspond à l’analyse globale de toutes ces données afin d’en extraire une
information biologique pertinente. Ainsi, dans un centre tel que l’Institut National de
Recherche et de Sécurité pour la prévention des accidents de travail et des maladies
professionnelles (INRS) [10], le centre de documentation utilise des produits tels que le
logiciel documentaire « AIRS* Web » et la plate forme documentaire Documentation
Information LIBrary ( DILIB*) qui permettent de gérer et exploiter une telle abondance
d’informations.
La nouvelle version de la plate forme DILIB [1], conçue par Jacques Ducloy, responsable du
Département Produit et Services de l’Institut National de l’Information Scientifique et
Technique (INIST) [2], propose également des fonctionnalités intéressantes pour l’analyse de
l’information. Cet aspect a intéressé Bertrand Rihn, chercheur à l’INRS, qui a souhaité
utiliser DILIB pour l’exploitation des données bibliographiques liées aux résultats d’une
étude des gènes impliqués dans le mésothéliome* humain (cancer de la plèvre*). Cette
collaboration entre les deux instituts a donné lieu à la création du serveur « Transcriptome »,
anciennement appelé « Génome » [3,4].
Mon travail a consisté dans un premier temps à une prise en main du serveur en améliorant
notamment l’automatisation de certaines étapes lors de sa génération. Cette prise en main a
aussi été favorisée par la participation à la relecture de l’article de Bertrand Rihn sur les
résultats apportés par le serveur Transcriptome [5]. Dans un second temps, il a fallu intégrer
un sous-ensemble du méta-thésaurus UM LS* [6] afin de permettre une navigation à partir des
mots-clés MeSH* des corpus Medline. Enfin, le serveur a été enrichi de bases d’arrière
plan* Pascal afin de compléter la couverture documentaire par rapport aux notices Medline de
l’existant mais également de suivre l’évolution temporelle des idées et concepts déjà
émergents.
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mem_00000006, version 1 - 11 Dec 20031. Présentation de l’Institut de l’Information
Scientifique et Technique.
Son rôle et son statut
Unité de service du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS),IN l’IST* est le
premier centre intégré européen d’Information Scientifique et Technique (IST*).
Fournisseur de copies de documents, producteur de bases de données multilingues et
multidisciplinaires recensant l’essentiel de la littérature internationale dans la plupart des
domaine