A Knowledge-Based Frameworkfor the Alignment of ProkaryoticGenomesvonTom H. WetjenDissertationzur Erlangung des Grades eines Doktorsder Ingenieurwissenschaften- Dr. Ing. -Vorgelegt im Fachbereich 3 (Mathematik und Informatik)der Universit¨at Bremenim Februar 2005Datum des Promotionskolloquiums: 21.06.2005Gutachter:Prof. Dr. Otthein Herzog (Universit¨at Bremen)Prof. Dr. Jens Stoye (Universit¨at Bielefeld)Fur¨ Katja und JohanneDanksagungIch m¨ochte mich an dieser Stelle bei allen bedanken, die mich beruflich oder pri-vat bei der Durchfuhrung¨ dieser Arbeit unterstutzt¨ und best¨atigt haben. Dievorliegende Arbeit entstand im Rahmen meiner T¨atigkeit als Doktorand undwissenschaftlicher Mitarbeiter am Technologie-Zentrum Informatik an der Uni-versit¨at Bremen.Mein besonderer und sehr herzlicher Dank gilt meinem Doktorvater Prof. Dr.Otthein Herzog (Universit¨at Bremen) fur¨ seine uneingeschr¨ankte Unterstutzung¨dieser Arbeit, seine Diskussionsbereitschaft, seine Hinweise und Anregungen undgeduldige Betreuung. Genauso herzlich m¨ochte ich mich bei Prof. Dr. Jens Stoye(Universit¨at Bielefeld) fur¨ die vielen und langen anregenden Diskussionen be-danken. Die Diskussionen, Anmerkungen und Kritiken von beiden haben er-heblich zur Qualit¨at der Arbeit beigetragen. Ferner Danke ich beiden fur¨ die¨Ubernahme der Begutachtung. Auch m¨ochte ich mich bei Prof. Dr.