PLAN DE COURS

Aurelie Labbe

Description

PLAN DE COURS STT-66943 INTRODUCTION A LA STATISTIQUE GENETIQUE (4CR) 4-0-0-8 Heures de cours : Mardi, de 8h30 à 10h30 (salle VCH-1610) Jeudi, de 10h30 à 12h30 (salle VCH-1240) Heures de disponibilité : À déterminer en classe Responsable du cours : Aurélie Labbe Bureau : VCH-2213 Téléphone : 656-2131, poste 5281 Adresse électronique : [e-mail] Page web personnelle : http://www.mat.ulaval.ca/le_departement/pages_personnelles/aurelie_labbe/ Page web du cours : at.ulaval.ca/sites_de_cours/cours_stt/stt_18869/accueil/ OBJECTIFS SPECIFIQUES A la fin du cours, l’étudiant ou l’étudiante devra être capable de : 1. Connaître les termes de génétique ainsi que les mécanismes génétiques reliés aux méthodes statistiques étudiées 2. Comprendre chacun des modèles statistiques décrits dans le cours. Être capable de définir les limitations de chacune des méthodes, ainsi que les possibles généralisations. 3. Comprendre les méthodes numériques et statistiques utilisées pour l’implémentation de tels modèles. Être capable d’utiliser ces méthodes dans un contexte non génétique. 4. Effectuer des analyses de liaison et d’association à l’aide du logiciel GENEHUNTER 5. Préparer et corriger les données provenant de pedigrees (logiciel PEDCHECK). 6. Effectuer des analyses sur des données microarray CONTENU DU COURS 1. Brève introduction aux concepts génétiques 2. Épidémiologie génétique : Concepts et introduction Revue ...

Informations

• Publié par: Movong
• Nombre de lectures: 45
• Langue: Français

Extrait

PLAN DE COURS

STT-66943 INTRODUCTION A LA STATISTIQUE GENETIQUE

(4CR) 4-0-0-8

Heures de cours :

Mardi, de 8h30 à 10h30 (salle VCH-1610)

Jeudi, de 10h30 à 12h30 (salle VCH-1240)

Heures de disponibilité

:

À déterminer en classe

Responsable du cours :

Aurélie Labbe

Bureau :

VCH-2213

Téléphone :

656-2131, poste 5281

Adresse électronique :

[e-mail]

Page web personnelle :

http://www.mat.ulaval.ca/le_departement/pages_personnelles/aurelie_labbe/

Page web du cours :

http://www.mat.ulaval.ca/sites_de_cours/cours_stt/stt_18869/accueil/

OBJECTIFS SPECIFIQUES

A la fin du cours, l’étudiant ou l’étudiante devra être capable de :

1.

Connaître les termes de génétique ainsi que les mécanismes génétiques reliés aux

méthodes statistiques étudiées

2.

Comprendre chacun des modèles statistiques décrits dans le cours. Être capable de définir

les limitations de chacune des méthodes, ainsi que les possibles généralisations.

3.

Comprendre les méthodes numériques et statistiques utilisées pour l’implémentation de

tels modèles. Être capable d’utiliser ces méthodes dans un contexte non génétique.

4.

Effectuer des analyses de liaison et d’association à l’aide du logiciel GENEHUNTER

5.

Préparer et corriger les données provenant de pedigrees (logiciel PEDCHECK).

6.

Effectuer des analyses sur des données microarray

CONTENU DU COURS

1.

Brève introduction aux concepts génétiques

2.

Épidémiologie génétique : Concepts et introduction

Revue des méthodes et des types de données. Calcul de fréquences alléliques. Calculs de

fréquences de génotypes. Méthodes numériques : Newton-Raphson et algorithme E-M.

Équilibre de Hardy-Weinberg (HWE). Tester l’HWE.

3.

Études d’agrégation familiale

Plan cas/contrôle conventionnel. Détecter l‘agrégation : tests du rapport de vraisemblance et

du Khi2. Mesures d’association. Limitations

du plan cas/contrôle conventionnel. Plan

cas/contrôle familial.

4.

Analyse de liaison paramétrique

Lois de Mendel. Principes de l’analyse 2 points. Fonction de vraisemblance de pedigrees :

algorithme de Elston-Stewart. Fraction de recombinaison. Distances génétiques (révision des

processus de Poisson). Analyse de liaison multipoints. Calcul de la fonction de vraisemblance

de pedigrees en analyse multipoints : algorithme des processus de Markov cachées (révision

des processus de Markov et des processus cachés), vecteurs d’héritabilité. Limitations des

méthodes paramétriques

5.

Analyse de liaison non paramétrique : méthodes de partage d’allèles

Notion de partage IBD. Principes des méthodes de partage d’allèles. Méthodes étudiant les

paires de frères et soeurs affectées. Généralisation à de larges pedigrees : méthode NPL.

Scores de partages d’allèles. Analyse de liaison 2-points. Généralisation au cas multipoint.

Méthodes basées sur la vraisemblance de la fonction de score de partage d’allèles.

6.

Études d’association de population

Principe général : liaison versus association. Déséquilibre de lien. Études cas/contrôles. Tests

d’association. Études sur des populations stratifiées. Association sur les haplotypes :

reconstruction de haplotypes et tests d’association.

7.

Le test TDT

Le TDT : approche originale. Le test TDT revisité. Utiliser le TDT comme test de liaison et

d’association. Généralisations du TDT.

8.

Traits quantitatifs

Modèle de Haseman-Elston : décomposition de la variance. Modèles à composantes de

variances.

9.

Revue des logiciels disponibles

10.

Les données microarray

Principes génétiques. La technique des microarrays : cDNA ou affymetrix. Défis statistiques

associés à ces données. Méthodes de normalisation. Méthodes de détection de gènes

différemment exprimés

LABORATOIRES

Il y aura 2 séances de laboratoires, afin de familiariser les étudiants aux logiciels PEDCHECK

et GENEHUNTER. Les dates prévues (sous réserve de changement) sont le 22 septembre, de

10h30 à 12h30, et le 13 Octobre de 10h30 à 12h30.

MODE D’ÉVALUATION

A l’occasion de ce cours, les étudiants seront évaluer selon le mode suivant :

•

Devoirs (4): 40%

•

Examen de 1h : 20%

•

Examen de 2h : 40%

Les devoirs sont constitués d’exercices théoriques et de questions où l’analyse de données à

l’ordinateur sera nécessaire. La connaissance du langage R est nécessaire.

Conformément à la politique du Département de Mathématiques et de Statistiques en matière

d’amélioration et de consolidation de la langue française, la qualité de l’écrit sera sanctionnée

dans tous les travaux.

Les dates de remises des travaux, ainsi que les dates d’examen sont (sous réserve) :

4 Octobre : Devoir 1

27 octobre : Devoir 2

10 novembre : Examen 1

24 novembre : Devoir 3

13 décembre : Devoir 4

14 décembre : Examen 2

MANUELS ET RÉFÉRENCES

Les méthodes couvertes dans ce cours n’étant pas couverte par un seul manuel, il n’y a pas de

manuel obligatoire. Voici toutefois de bonnes références (en réserve à la bibliothèque) :

•

Lange, K. (2003)

Mathematical and Statistical Methods for Genetic Analysis

, 2

nd

edition, Springer.

•

Balding, D.J., Bishop, M. et Cannings, C. (2003)

Handbook of Statistical Genetics

(Vol 1 et 2), Wiley.

•

Ott, J. (1999)

Analysis of Human GeneticLinkage

, 3

rd

edition, The Johns Hopkins

University Press.