Axe : Analyse structurale et métabolomique Présentation des plates ...

Rogniaux

Description

• cours - matière potentielle : du développement

Axe : Analyse structurale et métabolomique Présentation des plates-formes : BIBS (INRA, Nantes – H Rogniaux) Plate-forme analytique du LABERCA (ONIRIS, JP Antignac) Témoignage scientifique de l'utilisation de ces deux plates-formes : « Altérations du métabolome plasmatique et du protéome cérébral des ratons présentant un retard de croissance intra-utérin » MC Alexandre-Gouabau (UMR PHAN, Nantes)

• µm localisation des rhamnogalacturonanes dans la lamelle moyenne et au bord des espaces intercellulaires
• substitution spectre de masse spectre
• jaa banque de données protéome pariétal
• multispectral imaging lab
• rmn ¶
• iβ iβ
• large collections
• iα iα
• protéine oligosaccharide
• collection
• collections

Sujets

• Collection
• Protéine
• Protéome
• Lamelle
• Moyenne
• Localisation

Informations

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• Nombre de lectures: 28
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 8 Mo

Extrait

Axe : Analyse structurale et métabolomique Présentation des lates-formes: BIBS(INRA, Nantes – H Rogniaux) Plate-forme analytiqueduLABERCA(ONIRIS, JP Antignac)



Témoi naescientifi ue de l’utilisation de cesdeux lates-formes: « Altérations du métabolome plasmatique et du protéome cérébral des ratons présentant un retard de croissance intra-utérin » MC Alexandre-Gouabau (UMR PHAN, Nantes)

CEPIA–UR BIA Centre ANGERS-NANTES

BIBS Biopolymères, BiologieStructurale

Microscopies Spectrométrie demasse RMN •Structure des biopolymères •Organisation, interactions •Localisation •Mobilité, dynamique

http://www.angers-nantes.inra.fr/plates_formes_et_plateaux_techniques/plate_forme_bibs/

interface

cellule

10-1 mm

gouttelette

100 µm

mousse

tissu

molécule

molécule

O

H HO O OH

MS

CH3 O

1 µm

nm

COOH O OH

O

100 nm

OH

OH OH OH HO oligosaccharide

10-1 cm

Microscopies (fluorescence, TEM, AFM)

5862 µm

RMN

organe

protéine

800nm

organelle

10-1 cm

10-1 mm

100 µm

1 µm

100 nm

Dynamiquemoléculaire (mobilité,hydratation)

Organisation,Interactions

Localisation

nm Structure moléculaire Profil moléculaire

Ressources biologiquesd’origine végétale, marine, animale-Aliments,matériaux

Quellesrelationsentre structure &propriétés? (biologiques, nutritionnelles, technologiques)

Quelsmécanismesde construction dessystèmes ? (cinétique, biosynthèse, mécanismes d’assemblage)

Quelle évolution enréponse aux variables éco-physiologiqueset génétiques?

Spectre RMN

C 1 Ia Ib Ib

C 2 ,3,5

80

70

90

100

CH3 O

O

COOH O OH

OH OH HO

Structure fine, y compris substitution

Exemple

30-35 jaa (VM)

H HO O OH

Localisation des rhamnogalacturonanes dans la lamelle moyenne et au bord des espaces intercellulaires à 14 jaa et dans toute la paroi primaire à partir de 21 jaa

Expansion cellulaire du péricarpe de tomate au cours du développement

5862 µm

21 jaa

14 jaa

60

Perte de 60 Fragmentation intracyclique

ppm

C 6 Cr

Am

C 4 Cr

Am

Ia+ Ib

Ib

Perte de 176 : perte d’un acide galacturonique

Ia

110

Spectre de masse

O

OH

OH

Expansion cellulaire du péricarpe de tomate au cours du développement

Exemple

5862 µm

Localisation des rhamnogalacturonanes dans la lamelle moyenne et au bord des espaces intercellulaires à 14 jaa et dans toute la paroi primaire à partir de 21 jaa

14 jaa

21 jaa

30-35 jaa (VM)

Protéome pariétal

Banquede données

Prélèvement des protéines

Identification des protéines par comparaison aux DB

Troiscomposantesinstrumentales:

RMN

Solid state NMR Liquid NMR Low field NMR

Microscopies

MCBL TEM et cryoTEM AFM

Spectrométrie de masse

MALDI-TOF/TOF ESI-IT ESI-Q-TOF ESI-Orbitrap

Nouvelle composante: criblagecompositionnelet structuraldesbiopolymères dans des collections larges d’échantillons

Chemotyping/Phenotyping

Multispectral imaging lab

Macro-imaging • multi-spectral • hyperspectral IR

Biochemicallab

Samplepreparation Composition • GC • HPLC Mass fingerprint • MALDI-MS

Screeningoflarge collections | |correlativedescription of chemical& structuralvariabilit

• collections • mutants (TILLING) • experimental series (genotypes X environment, process)

Data interpretation & handling

BIBS

Mass Spectrometry Lab

Microscopy Lab

Nuclear magnetic resonanceLab

Refinedanalyses of targeted samples

Règles def http://www.a

1. 2.

Conta Offre d

Fonctionnement

+ C. Alvarado

L. Foucat

D. Ropartz

H. Rogniaux

C. Gaillard A. Geairon

AC Leroux

L. Chevrel

B. Bouchet

2010