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Estimating the contribution ofsequence context to nucleotidesubstitution rate heterogeneity Helen Lindsay and Gavin A Huttley

De
22 pages
Estimating the contribution ofsequence context to nucleotidesubstitution rate heterogeneity Helen Lindsay and Gavin A. Huttley

  • model• yang

  • nucleotidesubstitution rate heterogeneity

  • gamma rate

  • allow clustering

  • gamma model

  • contribution ofsequence

  • multiple ratedistributions


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Estimating the contribution of
sequence context to nucleotide
substitution rate heterogeneity
Helen Lindsay and Gavin A. Huttley
The Gamma Model
• Yang (1993) used a gamma distribution
to model rate variation in
α
- and
β
-
globin genes
• The gamma distribution is often
approximated by four equi-probable
bins