copie individuelle de la séquence dans nombreux loci

Guerin

Description

Niveau: Supérieur
Séquences répétées dispersées -1 copie individuelle de la séquence dans nombreux loci - De 1000 à 1 million loci (séquence identique ou très proche) -Constituent > 40% génome - Longueur de séquence répétée: 0,1 à ~10 kb - Dispersion: insertions répétées de transposons dans nouveaux sites au cours de l'évolution - Répétitions dispersées: -Transposons autonomes - Transposons non autonomes

• séquence identique


• distribution des répétitions


• transposons autonomes


• génome humain


• mégabase du chromosome


• fréquence des répétitions dans le génome


• génome


• longueur de la séquence

Sujets

• Génétique humaine
• Génome

Informations

• Publié par: profil-nechor-2012
• Nombre de lectures: 23
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 4 Mo

Extrait

Séquences répétées dispersées
-1 copie individuelle de la séquence dans nombreux loci
- De 1000 à 1 million loci (séquence identique ou très proche)
-Constituent > 40% génome
- Longueur de séquence répétée: 0,1 à ~10 kb
- Dispersion: insertions répétées de transposons dans nouveaux sites au cours de l’évolution
- Répétitions dispersées: -Transposons autonomes
- Transposons non autonomesFréquence des répétitions dans le génome
Un mégabase du chromosome 7
Known coding sequence
Gene prediction
mRNA
Répétitions intercalées
UCSC Genome Browser
http://genome.cse.ucsc.eduToutefois, la distribution des répétitions dispersées
est variable dans le génome
:Exons
:Répétitions
Les répétitions sont absentes de certaines régions
IHGSC. Nature (2001) 409 860-92140% du génome humain correspond à des répétitions intercalées
IHGSC. Nature (2001) 409 860-921Comparaison homme, mouche et C. elegansHuman transposable elementsPercentage of a aClass Family Size of repeat unit No. of copies
genome
SINE Alu family Full length ~0.3 kb ~1 000 000 ~ 7.0%
Average size ~0.13
MIR families ~400 000 ~1.7%
kb
Full length:6.1 kb,
LINE LINE-1 (Kpn) family but average size ~200 000–500 000 ~5–12%
~0.8 kb
Average size ~0.25
LINE-2 family ~270 000 ~2.1%
kb
Average size ~1.3
LTR HERV ~50 000 ~1.3%
kb
Average size ~0.5
Others ~200 000 ~3.3%
kb
Varies; perhaps
Mariner & other
DNA transposon average size = 0.25 ~200 000 ~1.6%
families
kb
Perhaps average
Others Various size of about 0.4 ~60 000 ~0.8%
kbLes éléments transposables
• Se déplacent d’un endroit à un autre du génome
• Existent dans tous les organismes étudiés
• Effets:
– Insertion à proximité ou dans un gène avec
activation ou inactivation du gène cible.
– Induction de délétions, inversions et translocations
de l’ADN
– Induction de cassures chromosomiquesLes effets de l’insetrtion d’un élément transposable
sur une séquence codante