M2 Ecologie Evolution Biometrie UE Description Statistique des Structures Biologiques

Sophie Bussod

Description

Niveau: Supérieur, Master, Bac+5
M2 Ecologie,Evolution,Biometrie UE Description Statistique des Structures Biologiques Loci microsatellites, saumons d'Atlantique et distances genetiques Sophie Bussod Probleme pratique de statistique dssb03 Table des matieres 1 Introduction 2 2 Donnees 2 3 Questions 3 References 4 1

• biais des differentes methodes de calcul


• montres dans l'article


• structure genetique des stocks des saumons atlantiques


• cadre de rehabilitation de populations de saumons et pour l'aquaculture


• populations de saumons


• probleme pratique de statistique dssb03


• differentes questions


• matrices de distances genetiques

Sujets

• Wright

Informations

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• Langue: Français

Extrait

´ ´M2 Ecologie,Evolution,Biom´etrie
UE Description Statistique des Structures Biologiques
Loci microsatellites, saumons d’Atlantique et
distances g´en´etiques
Sophie Bussod
Probl`eme pratique de statistique dssb03
www.diduknow.info/fish/images/salmon_large.jpg
Table des mati`eres
1 Introduction 2
2 Donn´ees 2
3 Questions 3
R´ef´erences 4
1Sophie Bussod
1 Introduction
Les donn´ees se trouvent dans l’article r´edig´e par S. K. J. McConnell, D. E.
Ruzzante, P. T. O’Reilly, L. Hamilton & J. M. Wright en 1997 [1].
Les auteurs cherchent `a ´etudier, par le biais de 8 loci microsatellites, la
diff´erentiation g´en´etique ainsi que la structure g´en´etique de 16 populations de
saumons (Salmo salar), situ´ees au niveau de la cˆote Atlantique du Canada. La
figure 1 permet de replacer les diff´erentes localit´es sur l’ensemble du territoire
concern´e.
Fig. 1 – A map of the Atlantic Coast of Canada showing the locations of the
rivers sampled (op. cit. p. 1077)
Les populations poss`edent diff´erentes caract´eristiques anatomiques, physio-
logiques, qui correspondent a` des adaptations locales. La conservation, de ces
adaptations locales, ainsi que la diversit´e g´en´etique et ph´enotypique, est tr`es
importantes dans le cadre de r´ehabilitation de populations de saumons et pour
l’aquaculture.
Les noms, des 8 loci ´etudi´es, sont : Omy27, Omy105, Ssa289, Ssa14, Ssa4,
Omy38, Ssa171, Ssa197.
Chaque locus est ´etudi´e dans chacune des 16 populations, on dispose pour
tous de diff´erentes informations : du nombre d’individus ´echantillonn´es (n), du
nombre d’all`eles (a), de l’h´et´erozygotie observ´ee (h) et de la probabilit´e de
conformit´ea`Hardy-WeinbergP(HW).Nousnousint´eresseronsiciauxdistances
g´en´etiques.
2 Donn´ees
Des matrices de distances g´en´etiques, c’est-`a-dire le nombre d’´evolutions et
demutationsdanslemat´erielg´en´etiquequis´eparelespopulations,sontcalcul´ees
dans l’article par diff´erentes m´ethodes (op.cit. p. 1082) :
Logiciel Version 2.3.0 (2006-04-24) – dssb03 – Page 2/4 – Compil´e le 2006-05-17
Maintenance : S. Penel, URL : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/dssb03.pdfSophie Bussod
1. Rogers
2. allele sharing (partage des all`eles). Proportion d’all`eles´echang´es entre po-
pulations.
23. δμ
Les donn´ees ont ´et´e introduites comme objets de la classe dist. L’ensemble
des donn´ees est disponible dans le fichier dssb03.rda.
load(url("http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/dssb03.rda"))
names(dssb03)
[1] "rogers" "allsha" "deltamu2" "labels"
dssb03$allsha
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
2 0.464
3 0.546 0.496
4 0.611 0.579 0.603
5 0.456 0.479 0.511 0.542
6 0.432 0.414 0.492 0.560 0.421
7 0.484 0.480 0.478 0.565 0.434 0.398
8 0.490 0.441 0.545 0.558 0.545 0.467 0.436
9 0.543 0.467 0.544 0.613 0.484 0.500 0.450 0.491
10 0.496 0.516 0.532 0.636 0.553 0.488 0.462 0.530 0.507
11 0.459 0.433 0.476 0.628 0.504 0.464 0.534 0.396 0.429
12 0.604 0.529 0.664 0.680 0.561 0.524 0.545 0.579 0.619 0.545 0.632
13 0.522 0.543 0.500 0.559 0.496 0.487 0.483 0.533 0.567 0.578 0.504 0.649
14 0.508 0.403 0.564 0.423 0.439 0.485 0.577 0.485 0.529 0.419 0.617 0.484
15 0.445 0.480 0.511 0.578 0.447 0.476 0.450 0.504 0.473 0.496 0.418 0.570 0.532
14
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15 0.450
dssb03$labels
[1] "Country Harbor" "East St. Marys" "Gander" "Gaspereau"
[5] "Gold" "Isaac s Harbour" "LaHave" "Martins"
[9] "Mushamush" "Petite" "Philip" "Salmon"
[13] "St. Croix" "Stewiacke" "West St. Mary s"
Les arbres construits par la m´ethode du Neighbour-joining, montrant la re-
lation entre les saumons d’Atlantiques, par le biais des 3 m´ethodes de calcul de
distance g´en´etique cit´ees ci-dessus, sont montr´es dans l’article.
3 Questions
Diff´erentes questions peuvent ˆetre soulev´ees, suite `a l’observation des diff´e-
rentes donn´ees :
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Maintenance : S. Penel, URL : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/dssb03.pdf
''Sophie Bussod
- Est ce que les populations de saumons diff`erent significativement entre
elles?
- Est ce que ces trois m´ethodes de calcul de distance g´en´etiques sont ´equiva-
lentes et donnent la mˆeme topologie d’arbres?
- L’arbre, que l’on pourrait construire en observant les distances r´eelles entre
localit´es, est-il semblable `a ceux construit par le biais des diff´erentes m´ethodes
de calcul?
- Quelle est la structure g´en´etique des stocks des saumons Atlantiques?
R´ef´erences
[1] S. K. J. McConnell, D. E. Ruzzante, P. T. O’Reilly, L. Hamilton, and J. M.
Wright. Microsatellite loci reveal highly significant genetic differentiation
among atlantic salmon (salmo salar l.) stocks from the east coast of canada.
Molecular Ecology, 6(11) :1075–1089, 1997.
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Maintenance : S. Penel, URL : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/dssb03.pdf