Fiche TD avec le logiciel tdr313

Description

• fiche - matière potentielle : td avec le logiciel

Fiche TD avec le logiciel : tdr313 ————— Simulation avec un peu de programmation : la plus longue suite C. Gautier & J.R. Lobry ————— Examen Magister (2002) statistiques non-parametriques (avec solu- tions) Table des matieres 1 Introduction 1 2 Tester si la frequence des bases est compatible avec les fre- quences dans la region 2 3 Ecrire une fonction qui simule une sequence de frequnce de pyrimidine donnee 2 4 Ecrire une fonction qui calcule la plus longue suite d'une se- quence 3 5 Simulation 3 1 Introduction L'objectif est de construire par simulation un test pour decider si la plus longue suite homogene (soit entierement de purines soit entierement de pyrimi- dine) dans une sequence est significative ou pas, compte tenu bien entendu des frequences respectives des purines et pyrimidines. Remarque : il existe une solution mathematique exacte au probleme qui depasse le cadre de cet examen. On se place dans une region du genome dans laquelle on suppose que la frequence des purines est de 0.45 (et donc celle des pyrimidines est de 0.55 !). En notant 1 les purines et 2 les pyrimidines la sequence observee est : 1211122221221111212111212222222222221121222111112121111 1

• solution immediate


• solution mathematique exacte au probleme


• sequence de frequnce de pyrimidine donnee


• sequence


• frequences dans la region


• ordre de la sequence observee


• conservation de la frequence des nucleotides


• contraintes locales

Informations

• Publié par: profil-urra-2012
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• Langue: Français

Extrait

Fiche TD avec le logiciel: tdr313 ————— Simulation avec un peu de programmation : la plus longue suite

C. Gautier & J.R. Lobry —————

ExamenMagister(2002)statistiquesnon-parame´triques(avecsolu- tions)

Tabledesmati`eres 1 Introduction1 2Testersilafr´equencedesbasesestcompatibleaveclesfr´e- quencesdanslar´egion2 ´ 3Ecrireunefonctionquisimuleunese´quencedefr´equncede pyrimidinedonne´e2 ´ 4Ecrireunefonctionquicalculelapluslonguesuited’unese´- quence 3 5 Simulation3

1 Introduction L’objectifestdeconstruireparsimulationuntestpourd´ecidersilaplus longuesuitehomog`ene(soitenti`erementdepurinessoitenti`erementdepyrimi- dine)dansunes´equenceestsignificativeoupas,comptetenubienentendudes fre´quencesrespectivesdespurinesetpyrimidines. Remarque:ilexisteunesolutionmath´ematiqueexacteauproble`mequi de´passelecadredecetexamen. Onseplacedansunere´giondug´enomedanslaquelleonsupposequela fr´equencedespurinesestde0.45 (et donc celle des pyrimidines est de 0.55 !). Ennotant1lespurineset2lespyrimidineslase´quenceobserv´eeest: 1211122221221111212111212222222222221121222111112121111

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