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Fiche TD avec le logiciel ter3

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Fiche TD avec le logiciel : ter3 ————— Le couplage de tableaux ecologiques S. Dray, D. Chessel ————— Cette fiche illustre l'utilisation des principales methodes de couplage en ecologie. Elle s'appuie essentiellement sur l'utilisation du paquet ade4. Table des matieres 1 Introduction 2 1.1 Ordination directe et indirecte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Juxtaposition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 Croisement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2 Analyse canonique des correlations 5 2.1 Analyse discriminante . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2 Analyse factorielle des correspondances . . . . . . . . . . . . . . 8 3 Analyses sur variables instrumentales 8 3.1 Analyse des redondances . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 3.2 Analyses inter et intra-classes . . . . . . . . . . . . . . . . .

  • bar spi

  • ordination directe

  • juxtaposition de profils ecologiques bruts

  • base des analyses de co-inertie

  • analyse canonique des correlations

  • ecologie par gittins

  • couplage de tableaux ecologiques

  • operation fondamentale en ecologie statistique

  • especes


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Langue Français
Fiche TD avec le logiciel :ter3 Lecouplagedetableauxe´cologiques S. Dray, D. Chessel
Cettecheillustrelutilisationdesprincipalesme´thodesdecouplage en´ecologie.Ellesappuieessentiellementsurlutilisationdupaquet ade4.
Tabledesmatie`res 1 Introduction 2 1.1 Ordination directe et indirecte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Juxtaposition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 Croisement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2Analysecanoniquedescorr´elations5 2.1 Analyse discriminante . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2 Analyse factorielle des correspondances . . . . . . . . . . . . . . 8 3 Analyses sur variables instrumentales 8 3.1 Analyse des redondances . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 3.2 Analyses inter et intra-classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 3.3 Analyse canonique des correspondances . . . . . . . . . . . . . . 15 3.3.1 Analyse discriminante . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 3.3.2Moyennesr´eciproquesetre´gression.............17 4 Analyse de co-inertie 19 Re´f´erences23
1
S. Dray, D. Chessel
1 Introduction Onconsid`ereuntableauY(nxs) avec l’abondance desnsseesdap`ecnsites. Undeuxie`metableauXcontient les mesures depseneivornnmeneatles`albairav nesnianylnadtudsiripleuxtetssites.Chaqateuaelbueputeˆttrret´aiarepeaun d’analyse simple (X,Q1,D) et (Y,Q2,D). Ilyatroisstrat´egiesprincipalesdassociationdedeuxtableaux.Ellesre-couvrent,a`causedesnombreuxjeuxdeparam`etres,unvasteensemblede pratiques. Il suffit de saisir ces trois principes pour faire un choix, voire pour construire des associations originales dont on peut avoir besoin. Lecouplagededeuxtableauxdedonne´esestuneop´erationfondamentaleen e´cologiestatistique.Ondisposedune´enormelitt´tusurlesujet.Parmiles era re baseshistoriquesondoitrappelerquelquesope´rationsfondamentales. 1.1 Ordination directe et indirecte En face du tableauYqu,euipettˆsore,noitanidrodeodth´eemun`aisum onretrouvedelinformationme´sologiquecontenuedansletableauX. Deux strat´egiessontenvisageables[Jongmanetal.,1987]: 1.uneordinationdirectedesreleve´setdesesp`eceslelongdu(oudes)gra-dient(s) de variables environnementales. 2.uneordinationdesrelev´esselonleurcompositionsp´ecique,suiviedune interpr´etationdur´esultatobtenua`lalumi`eredeconnaissancesexte´rieures surlesespe`cesoulessites. Whittaker[1967]qualiecesdeuxstrat´egies,respectivement,direct gradient analysisetindirect gradient analysis.
1.2 Juxtaposition Deuxtableauxayantlesmˆemeslignessontsimplementaccol´espourformer un nouveau tableau qui appelle une analyse simple.
LogicielRversion2.10.0(2009-10-26)ter3.rnwPage2/24Compile´le2009-11-18 Maintenance : S. Penel, URL :tth-vylu.inbpli:p///pdffr/Ron1./ter3.pdf