Fiche TD avec le logiciel ter6

Description

• fiche - matière potentielle : td avec le logiciel

Fiche TD avec le logiciel : ter6 ————— Un tableau et une carte S. Dray ————— La fiche presente les principes d'une methode permettant la prise en compte de l'espace en analyse multivariee. La mise en oeuvre de la fonction multispati de la librairie ade4 est detaillee. Table des matieres 1 Introduction 2 2 Une carte et p variables 2 2.1 Analyse multivariee . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2.2 Structures spatiales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3 Hesitations methodologiques 9 3.1 L'ecole de Lebart : variances et covariances locales . . . . . . . . 9 3.2 L'ecole de l'auto-correlation spatiale multivariee . . . . . . . . . . 10 4 La fonction multispati 12 4.1 Parametres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 4.2 Principes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 5 Illustrations 13 5.1 Analyse des correspondances a composantes cartographiables .

• tableau contenant des polynomes des coordonnees


• resume des donnees faunistiques


• analyse multivariee


• variable qualitative


• expression du lien entre les variables par le lien


• litter subst


• ecole de l'auto-correlation spatiale


• numeric row

Sujets

• Variable qualitative

Informations

• Publié par: profil-urra-2012
• Nombre de lectures: 76
• Langue: Français

Extrait

Fiche TD avec le logiciel : ter6 ————— Un tableau et une carte S. Dray —————

Lafichepr´esentelesprincipesd’unem´ethodepermettantlapriseen comptedel’espaceenanalysemultivari´ee.Lamiseenoeuvredela fonction multispati de la librairie ade4 estd´etaill´ee.

Tabledesmati`eres 1 Introduction 2 2 Une carte et p variables 2 2.1Analysemultivari´ee..........................3 2.2 Structures spatiales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3Hesitationsme´thodologiques9 ´ 3.1L’e´coledeLebart:variancesetcovarianceslocales........9 3.2L’e´coledel’auto-corre´lationspatialemultivarie´e..........10 4 La fonction multispati 12 4.1Parame`tres..............................12 4.2 Principes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 5 Illustrations 13 5.1Analysedescorrespondances`acomposantescartographiables..13 5.2 Gradients . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 5.3 Croissance et alternance, global et local . . . . . . . . . . . . . . 18 Re´f´erences22

1

S. Dray

1 Introduction Ilexisteungrandnombredem´ethodespouranalyserunestructurespa- tialeunivari´ee(voir http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/ter4.pdf ). De nombreusestentativesd’extensionsaucasmultivari´eonte´t´epublie´esdansla litt´erature.Onpeutdistinguerdeuxgrandstypesd’approches.Certainesme´- thodesvisenta`repr´esenterl’espacesouslaformed’untableaucontenantdes polynomesdescoordonn´ees[BorcardandLegendre,1994,Borcardetal.,1992] oudesvecteurspropresdevoisinage[M´eotetal.,1998,BorcardandLegendre, 2002,Borcardetal.,2004,Drayetal.,2006].Lamiseene´videncedestructures spatialesestobtenueenliantletableaufaunistiqueautableaurepr´esentant l’espaceparunem´ethodedecouplagecommel’analysecanoniquedescorres- pondances ou l’analyse des redondances. La prise en compte de variables envi- ronmentalespardesme´thodesditespartielles[terBraak,1988]conduitsouvent au partitionnement de la variation [Borcard et al., 1992, Peres-Neto et al., 2006]. Ledei`emetyped’approcheconsistea`introduirelacontraintespatialedirecte-ux mentdansl’analysed’untableau.On´etendalorslesmesuresd’autocorr´elation univari´eeaucasmultivari´e.Danscedocument,ons’inte´resseuniquement`ace deuxi`emetypedem´ethodes. 2 Une carte et p variables Onconside`relesdonne´esmise`adisposition`a http://www.fas.umontreal. ca/biol/casgrain/fr/labo/oribates.html .Onaunedescriptioncomple`te dans [Borcard and Legendre, 1994] et [Borcard et al., 1992].

library(ade4) data(oribatid) names(oribatid) [1] "fau" "envir" "xy" dim(oribatid$fau) [1] 70 35 Onauntableaufaunistiqueavec35esp`eces(colonnes)x70´el´ementsd’e´chan- tillonnage(lignes).Les´el´ementsd’e´chantillonnagesontdescarottesdesolde5 cmdediam`etreet10cmdeprofondeur.Onalescoordonn´eesdansl’espace(en xy) des carottes. On a un tableau de 70 carottes (lignes) et 5 variables environnementales (colonnes) : names(oribatid$envir) [1] "substrate" "shrubs" "topo" "density" "water" summary(oribatid$envir)

LogicielRversion2.10.0(2009-10-26)–ter6.rnw–Page2/23–Compile´le2009-11-19 Maintenance : S. Penel, URL : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pdf / ter6.pdf