Impact des duplications de génome sur la biodiversité : analyse

Dgaliana

Sujets

• Construction à biodiversité positive
• Nesploy
• Teleostei
• Fonction digamma
• Lignages de Bruxelles
• Événements du Chaudron

Informations

• Publié par: Chawyog
• Nombre de lectures: 245
• Langue: Français

Extrait

Impact des duplications de génome sur la biodiversité : analyse

fonctionnelle systématique des gènes

sox

chez les poissons téléostéens

Laboratoire d’accueil

: IGFL, équipe Génomique évolutive des Vertébrés dirigée par le Pr.

Jean-Nicolas Volff, voir le site web : http://igfl.ens-lyon.fr/

Contact pour la thèse : Delphine Galiana au 04 72 72 89 87 ou delphine.galiana-arnoux@ens-

lyon.fr

Financement : contrat région CIBLE 2010 pour 3 ans.

Résumé du projet de thèse :

Les duplications de gènes et de génomes sont un mécanisme important pour l’évolution des

organismes. Dans le lignage des vertébrés, au moins trois évènements de duplication de génomes ont

eu lieu, dont une (3R) spécifique du lignage des poissons téléostéens. Ces événements de

polyploïdisations sont considérés comme pouvant être impliqués dans les mécanismes de spéciation

via l’apport de matériel génétique supplémentaire pouvant servir à la création de nouveaux gènes.

Cependant, l’impact direct des duplications de génomes sur la biodiversité et la complexité des

organismes reste controversé. C’est dans ce contexte que se place le projet de thèse proposé. Nous

souhaitons aborder cette question à travers l’analyse systématique d’une famille de gènes (les gènes

sox

) au sein des vertébrés, et plus particulièrement au sein des poissons téléostéens présentant une

biodiversité étonnante qui en fait un modèle de choix pour ce type d’études. Les gènes

sox

, codant

pour des facteurs de transcription, sont impliqués dans de nombreux processus biologiques

fondamentaux, en particulier pendant le développement embryonnaire. Le plus connu d’entre eux est

le gène maître du déterminisme du sexe chez les mammifères

sry

, localisé sur le chromosome Y des

mâles. Malgré une possible redondance fonctionnelle, il semble que chaque gène

sox

puisse présenter

un profil d’expression et/ou une fonction spécifique indiquant leur spécialisation au cours de

l’évolution. Dans un premier temps, nous proposons d’identifier de manière systématique, par

analyses bioinformatiques, tous les membres de la famille

sox

chez les vertébrés, en particulier chez

les cinq poissons téléostéens à génomes séquencés. Ce travail permettra de donner une vue d’ensemble

du contenu en gènes

sox

de chaque espèce, ainsi qu’une idée de l’impact de la duplication de génome

spécifique des poissons sur le nombre et le type de gènes

sox

présents dans chaque espèce. Dans un

second temps, nous proposons d’analyser le profil d’expression de tous les gènes

sox

chez trois

espèces de poissons : le poisson-zèbre, le médaka et le platyfish

Xiphophorus maculatus

. Ces analyses

permettront l’identification de candidats intéressants sur lesquels une étude fonctionnelle plus poussée

sera réalisée. Ce projet de thèse présente l’intérêt d’associer plusieurs domaines de la biologie

(bioinformatique, biologie moléculaire, biologie cellulaire) afin de pouvoir aborder la question de la

relation entre contenu en gène

sox

(duplication puis perte ou évolution différentielle en fonction de

l’espèce), fonction du gène considéré et spéciation.