Pour obtenir le titre de Docteur en Sciences de l Université Louis Pasteur de Strasbourg Sciences du Vivant Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie
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Description

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
Thèse présentée par Sara HARDY Pour obtenir le titre de Docteur en Sciences de l'Université Louis Pasteur de Strasbourg Sciences du Vivant – Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie Etudes fonctionnelles des complexes multiprotéiques contenant la protéine TRRAP Implication de hTRRAP dans la réparation des cassures double-brin de l'ADN Soutenue publiquement le 24 juin 2005 JURY : Directeur de Thèse : Dr Làszlò Tora, IGBMC, Illkirch Rapporteur interne : Dr Régine Losson, IGBMC, Illkirch Rapporteur externe : Dr Geneviève Almouzni, Institut Curie, Paris Rapporteur externe : Dr Didier Trouche, Institut d'Exploration Fonctionnelle des Génomes, Toulouse Examinateur : Pr Etienne Weiss, ESBS, Illkirch

  • travaux sur trrap et sur ataxin

  • etudes fonctionnelles des complexes multiprotéiques contenant la protéine trrap

  • implication de htrrap dans la réparation des cassures double-brin de l'adn


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Informations

Publié par
Publié le 01 juin 2005
Nombre de lectures 71
Langue Français
Poids de l'ouvrage 6 Mo

Extrait

Thèse présentée par
Sara HARDY
Pour obtenir le titre de
Docteur en Sciences de l’Université Louis Pasteur de Strasbourg
Sciences du Vivant – Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie
Etudes fonctionnelles des complexes multiprotéiques
contenant la protéine TRRAP
Implication de hTRRAP dans la réparation des cassures
double-brin de l’ADN
Soutenue publiquement le 24 juin 2005
JURY :
Directeur de Thèse : Dr Làszlò Tora, IGBMC, Illkirch
Rapporteur interne : Dr Régine Losson, IGBMC, Illkirch
Rapporteur externe : Dr Geneviève Almouzni, Institut Curie, Paris
Rapporteur externe : Dr Didier Trouche, Institut d'Exploration Fonctionnelle
des Génomes, Toulouse
Examinateur : Pr Etienne Weiss, ESBS, IllkirchREMERCIEMENTS
Je remercie les Professeurs Pierre Chambon et Jean-Louis Mandel de m'avoir
accueillie dans leur Institut, ce qui m'a permis d'effectuer ma thèse dans des conditions
matérielles et scientifiques tout à fait exceptionnelles.
Je remercie particulièrement le Docteur L.Tora de m'avoir intégrée à son équipe dès
l'obtention de mon DEA, d'avoir accepté d'encadrer mon travail de recherche et de devenir
mon directeur de thèse. Je remercie le Docteur L.Tora de ses conseils scientifiques avisés, de
la confiance qu'il m'a témoignée et de l'intéret soutenu qu'il a manifesté pour mon travail.
Je remercie les membres du jury, le Docteur Didier Trouche, le Docteur Geneviève
Almouzni, le Docteur Régine Losson, et le professeur Etienne Weiss d’avoir accepter de juger
mon travail de thèse.
Je remercie particulièrement Flavie Robert et Dominique Helmlinger avec lesquels j’ai été en
étroite collaboration durant mon travail de thèse, en ce qui concerne les travaux sur TRRAP et
sur Ataxin 7, respectivement. Flavie, pour son dynamisme et ses discussions, Dominique pour
sa passion de la recherche très communicative.
Je remercie également les collaborateurs externes à l’institut, l’équipe de Dora Papadopoulo à
l’Institut Curie, notamment Céline Baldeyron et Céline Jacquemont, l’équipe de Herceg,
Rabih Murr, l’équipe de S.Kato, J.Yanagisawa, l’équipe de M. Meisterernst, G.Mittler.
Je remercie tous les membres du laboratoire de L.Tora que j’ai rencontré pendant ma thèse.
Eli, toi qui a guidé mes premiers pas à la paillasse, je te souhaite toute la réussite et le bonheur
pour la suite.
Didier Devys, les post-docs Mattia, Elmar, Brendan, Bill, Traci, Zita, Evi, Nathalie, je vous
remercie pour vos précieux conseils et votre bonne humeur.
Flavie, Claire, Mate, Laure, Adrien, Emese, Antoinette, je n’oublie pas les petits
moments sympas passés ensemble : l’ambiance du labo est vraiment bien : merci !
Je tiens également à remercier les personnes qui se sont attaquées à relire et corriger
ma thèse, Fabien Moritz, Irina Holfert, Martine Moritz, Laure Jobert, Mattia Frontini.
Enfin, je remercie tous ceux qui ont contribués à me remonter le moral durant cette
thèse, Valérie Kedinger, Simone de Beauvoir, Fabien Moritz, Jean Hardy, les papous dans la
tête, Bernadette Hardy, Pascal Drane, Louis Calaferte, Claire Leurent, Haruki Murakami,
Louise Hardy, Jean Genet, Aurélie Rossin, Witold Gombrowicz, Emmanuel Compe, Pierre
Bourdieu, Claire Becquart, Colin Logie.
- 1 -SOMMAIRESOMMAIRE
REMERCIEMENTS....................................................................................................... 1
SOMMAIRE ....................................................................................................................... 2
LISTE DES FIGURES .................................................................................................. 9
LISTE DES ABREVIATIONS ............................................................................... 11
1 – INTRODUCTION.............................................................................................................. 15
1.1 – L’initiation de la transcription des gènes chez les eucaryotes supérieurs, étape très
contrôlée............................................................................................................................... 15
1.2 – Plusieurs ARN polymérases assurent la transcription des gènes chez les eucaryotes
supérieurs............................................................................................................................. 15
1.3 – La transcription des gènes de classe II décomposée en diverses étapes................... 16
1.4 – Le laboratoire du Dr TORA découvre un nouveau complexe multiprotéique
impliqué dans l’initiation de la transcription..................................................................... 17
1.5 – Focalisation de la présente thèse ............................................................................... 18
2 – L’INITIATION DE LA TRANSCRIPTION DES GENES DE CLASSE II CHEZ LES
EUCARYOTES SUPERIEURS .............................................................................................. 20
2.1 – Les différents types de promoteurs ............................................................................ 20
2.1.1 – Le promoteur minimal........................................................................................ 20
2.1.2 – Les éléments de régulation ................................................................................. 21
2.1.2.1 – Les séquences régulatrices proximales ......................................................... 21
2.1.2.2 – Les séquences régulatrices distales ............................................................... 22
2.2 – Modèles d’assemblage des différents facteurs dits «généraux» de la transcription 22
2.2.1 – L’acteur principal de la transcription, l’ARN polymérase II ............................. 23
2.2.2 – Modèle séquentiel de l’assemblage du PIC........................................................ 24
2.2.2.1 – Reconnaissance du promoteur minimal par TFIID....................................... 25
2.2.2.2 – Reconnaissance du complexe TFIID/promoteur par TFIIA ......................... 26
2.2.2.3 – Reconnaissance du complexe TFIID/TFIIA/promoteur par TFIIB .............. 26
2.2.2.4 – Recrutement du complexe TFIIF/ARN pol II............................................... 26
2.2.2.5 – Liaison de TFIIE et TFIIH au PIC alors complet.......................................... 27
Modèle de l’holoenzyme .................................................................................... 272.2.3 –
2.2.4 – Intermédiaire entre les deux modèles d’assemblage du PIC.............................. 28
2.3 – Déroulement de l’initiation de la transcription......................................................... 28
2.3.1 – L’ouverture de l’ADN ou « bulle » de transcription et l’allongement de la bulle
.......................................................................................................................................... 28
2.3.2 – Le relargage des facteurs d’initiation, simultanément au recrutement des facteurs
d’élongation...................................................................................................................... 28
2.4 – Elongation et terminaison de la transcription .......................................................... 29
2.4.1 – Présentation de quelques facteurs qui stimulent l’élongation de la transcription
par phosphorylation du CTD............................................................................................ 29
2.4.2 – Stabilisation de la polymérase sur l’ADN 29
2.4.3 – Reprise de la transcription après l’arrêt de la polymérase.................................. 29
- 2 -2.4.4 – Facteurs favorisant l’arrêt de la polymérase....................................................... 30
2.4.5 – Importance de l’environnement créé par la chromatine..................................... 30
2.4.6 – Terminaison de la transcription.......................................................................... 31
3 – L’ACTIVATION DE LA TRANSCRIPTION : IMPORTANCE DE
L’ENVIRONNEMENT CREE PAR LA STRUCTURE DE LA CHROMATINE ................ 32
3.1 – Brève introduction sur les activateurs de la transcription........................................ 32
3.1.1 – Quelques mécanismes d’action des activateurs.................................................. 32
3.1.2 – Quelques exemples d’activateurs transcriptionnels ........................................... 33
3.1.3 – Les activateurs ont besoin de cofacteurs pour activer la transcription............... 33
3.2 – Implication de la structure de la chromatine dans la régulation de la transcription :
contexte répressif mais informatif ...................................................................................... 34
3.2.1 – Structure de la chromatine.................................................................................. 34
3.2.1.1 – Structure du nucléosome .............................................................

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